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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G388170
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 96434310-96439512 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2366 bp · TkA05G388170|TK1151|cDNA

ATTTTCCAGGCTACAATCCCGGCACGTGATAGCAACTCCGCATGTCATTTGTGGTCGTTATTATCCCATCCACTCTAACTCATTCATCTCCACTGGGAATACCTGAATAACTCTCCTAAAACTCCACTTTGGTTTATCTCCCCCACACAAAATCATATGTGCTGCACAAAAACAAGAACACAGAGAGGTGTTACTGTTTCAAATTCAAGCAAGATCCAGCTGAAAAGAAAAGAGTATATGTAAATGTAAATATGTACGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1899 bp · TkA05G388170|TK1151|CDS

ATGTACGTACATACATCGACTGATATGGCAACTGTAGCAGCAGCAGCAGGAGTAGGACTAGGATTTGGAGGTGGTTCCTTAAACCTCCACTCCCTCAATTCGTTTCCACCATCTCCATTTTTAGGCAAAAGGTTAAAACTCAAGCCTTTACAAGAAACAACTTCACATGGATCAAAAGTCACAGTCTTCCGGCCAAATTTACACTCAACTGTTGTCGCTGGATTTCAATTGGTTAATTATGTTCATGATGTTTTCTTGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

632 aa · TkA05G388170|TK1151|PROTEIN

MYVHTSTDMATVAAAAGVGLGFGGGSLNLHSLNSFPPSPFLGKRLKLKPLQETTSHGSKVTVFRPNLHSTVVAGFQLVNYVHDVFLGVGVGLPCTVMECGDMIYRSTLPKSNALTLTIPGAVLALGTLSYLWATPGVAPGFWDMFVLAFVERLFRPTYKKEGDLVLKKATEYGAVEIWMNERVRRACANSCADFLYGFLEKSSKKEAEYWLIWRFEGESTLAELIQSKEFPYNVESMILGEVQDLPKGLERENRIIQTVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G388170
TK1151 IDTkA05G388170
OH-1004 IDLXL04_035943
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 50.316 / OH-1004 63.147
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G388170
位置Chr05:96434310-96439512 (+)
描述Similar to STN8: Serine/threonine-protein kinase STN8, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68830 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过磷酸化光捕获复合物 II 外触角 进行状态转换。
State transitions and light adaptation require chloroplast thylakoid protein kinase STN7.2005 · DOI: 10.1038/nature03286
Photosystem II core phosphorylation and photosynthetic acclimation require two different protein kinases.2005 · DOI: 10.1038/nature04016
State transitions revisited-a buffering system for dynamic low light acclimation of Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-9044-8
Intrinsically unstructured phosphoprotein TSP9 regulates light harvesting in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1021/bi8016334
Arabidopsis STN7 kinase provides a link between short- and long-term photosynthetic acclimation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064964
Phosphoproteomics of Arabidopsis chloroplasts reveals involvement of the STN7 kinase in phosphorylation of nucleoid protein pTAC16.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2012.03.061
At5g01920 可能磷酸化光系统Ⅱ核心复合体的相关蛋白。
STN8 protein kinase in Arabidopsis thaliana is specific in phosphorylation of photosystem II core proteins.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m505729200
Photosystem II core phosphorylation and photosynthetic acclimation require two different protein kinases.2005 · DOI: 10.1038/nature04016
Light regulation of CaS, a novel phosphoprotein in the thylakoid membrane of Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2008.06335.x
Visualizing the mobility and distribution of chlorophyll proteins in higher plant thylakoid membranes: effects of photoinhibition and protein phosphorylation.2010 · DOI: 10.1111/j.0960-7412.2010.04207.x
At2g38620 与CDKB1-1一起，促进气孔细胞谱系的最后一次分裂以及气孔数量。 暂无已核实直接文献
At3g54180 可能控制 G2/M期进展。
An Arabidopsis cell cycle -dependent kinase-related gene, CDC2b, plays a role in regulating seedling growth in darkness.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.10.1883

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009643 photosynthetic acclimation 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0042149 cellular response to glucose starvation 生物过程
GO:0042548 regulation of photosynthesis, light reaction 生物过程
GO:0042549 photosystem II stabilization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009579 thylakoid 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12680
ath:AT1G68830
ath:AT5G01920
mmu:381393
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.955
排名 1 · TkA05G388170 · TK1151
细胞核0.040
排名 2 · TkA05G388170 · TK1151
线粒体0.037
排名 3 · TkA05G388170 · TK1151
细胞质0.030
排名 4 · TkA05G388170 · TK1151
细胞膜0.022
排名 5 · TkA05G388170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr208-327 aa
PF13095FTA2235-287 aa
PF00069Pkinase251-327 aa
PF01636APH251-300 aa
PF17667Pkinase_fungal259-305 aa
PF00069Pkinase358-452 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G388170PF07714PK_Tyr_Ser-Thr2083270.0006319.8
TkA05G388170PF13095FTA22352870.01116.2
TkA05G388170PF00069Pkinase2513279.1e-2071.9
TkA05G388170PF01636APH2513000.05114.0
TkA05G388170PF17667Pkinase_fungal2593050.02713.9
TkA05G388170PF00069Pkinase3584529.1e-2071.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S713拟南芥sp|Q9S713|STT7_ARATH Serine/threonine-protein kinase STN7, chloroplastic75.200%Swiss-Prot高置信
Q9LZV4拟南芥sp|Q9LZV4|STN8_ARATH Serine/threonine-protein kinase STN8, chloroplastic43.100%Swiss-Prot低置信
Q2V419拟南芥sp|Q2V419|CKB12_ARATH Cyclin-dependent kinase B1-230.600%Swiss-Prot低置信
P25859拟南芥sp|P25859|CKB11_ARATH Cyclin-dependent kinase B1-128.200%Swiss-Prot低置信

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