TkA05G360910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G360910

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 89604975-89606237 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

668 bp · TkA05G360910|TK1151|cDNA

GGTCTGAAACTTCACTTAGTGTCATCACATGACCTGTTTCGCTTTGAGTTCTGGGTAAATGAAGATTATCAAGTTGTGATTGTATCTGTAAAGTCTGATACAGGCACTTCTGAGATTTTCGGCAACATTGCTGATCCAAGACAACAATCACTTTTCTTTTGCCGTAAGCCATTGAGTCGCAAGGAACCAGAGGACCCAACTTTAAAAACCAATCACGTGCTGCCATCTGTATTGGATTCTGACGTCCCTGCAACTCTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · TkA05G360910|TK1151|CDS

GGTCTGAAACTTCACTTAGTGTCATCACATGACCTGTTTCGCTTTGAGTTCTGGGTAAATGAAGATTATCAAGTTGTGATTGTATCTGTAAAGTCTGATACAGGCACTTCTGAGATTTTCGGCAACATTGCTGATCCAAGACAACAATCACTTTTCTTTTGCCGTAAGCCATTGAGTCGCAAGGAACCAGAGGACCCAACTTTAAAAACCAATCACGTGCTGCCATCTGTATTGGATTCTGACGTCCCTGCAACTCTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · TkA05G360910|TK1151|PROTEIN

GLKLHLVSSHDLFRFEFWVNEDYQVVIVSVKSDTGTSEIFGNIADPRQQSLFFCRKPLSRKEPEDPTLKTNHVLPSVLDSDVPATLANLRGDSEPMEIDIYSPNAKDVTGPESPQTLPGTKLLQFAKTRKLSVERSNPRNHALLQKRKFFHSHRAQGLGVAVHEIISSIYHMGEFKRSRKTTCYWIRVP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G360910`
TK1151 ID	TkA05G360910
OH-1004 ID	LXL04_012085
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.656 / OH-1004 25.363 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G360910

位置 Chr05:89604975-89606237 (-)

描述 Similar to EMF2: Polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8L6Y4`	多梳族 (PcG) 蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0306800`	多梳族 (PcG) 蛋白。	Expression, imprinting, and evolution of rice homologs of the polycomb group genes.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp036

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012085 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0141044 epigenetic programming in the endosperm 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005677 chromatin silencing complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16845

ath:AT5G51230

dosa:Os04g0162100

dosa:Os09g0306800

osa:4335036

osa:4346674

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.855

排名 1 · TkA05G360910 · TK1151

细胞质0.234

排名 2 · TkA05G360910 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA05G360910 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA05G360910 · TK1151

内质网0.013

排名 5 · TkA05G360910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23320Zn_SUZ121-32 aa

PF09733VEFS-Box139-159 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G360910	`PF23320`	Zn_SUZ12	1	32	7.9e-10	39.1
TkA05G360910	`PF09733`	VEFS-Box	139	159	0.22	12.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L6Y4`	拟南芥	sp\|Q8L6Y4\|EMF2_ARATH Polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2	37.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q69KN0`	水稻	sp\|Q69KN0\|EMF2B_ORYSJ Polycomb group protein EMF2B	40.600%	Swiss-Prot	中等置信

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