TkA05G354700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G354700

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 87882432-87887376 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2817 bp · TkA05G354700|TK1151|cDNA

ACTGTACAACACGCTGTCTTTAGTATGACGATGGTTTAGGGTTTAATCTTTAAACACGGTTTGATTAGTATTGGTGTTTCAATTCCGATTGAGTTGCTGTAATATCGATTTTCCATACGACTGCGATTTCGTGGATCTAACTGTTCAATCCTGTTTGATCACGGCAACGTTTAGTGCATTTCCTCCGGCGACGTTCATCTTCTCAGGCCGGTTCACATCGCCGCCACACCACCGGAGGAACTGAAAGGGAGTATTAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2172 bp · TkA05G354700|TK1151|CDS

ATGGCATCTTCATCATCATCTTCTCTTATCGTTCCAACTTCTTCTTCTCAATTATCAAAGTACAAGGTTTTTCTCAATTTTAGAGGAGTGGATACTCGTAAGAATATTGTGGATCATCTCTACACAGCTCTTGAACAAAAAGGAATCTACACTTACAAGGATGACAAAACACTTCCTCGTGGCGAATCAATTCGCCAGTCCCTTATGAAGGCTATTGAAGAATCATATATAGCCGTTATTGTATTCTCTAAGAACTATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

723 aa · TkA05G354700|TK1151|PROTEIN

MASSSSSSLIVPTSSSQLSKYKVFLNFRGVDTRKNIVDHLYTALEQKGIYTYKDDKTLPRGESIRQSLMKAIEESYIAVIVFSKNYANSPWPLDELEHIMKCRDTRGLIVIPFFHNVDPKTVRYQKGRYGVAFFKHKLKNKKRAKSWRKAMVDASNISGWETKCIANGHEAECIKVIVKTISAELHPDTSSVNGGLIGIETRMQPLMSNLETGLGGVRMIGIWGIGGGGKTTLATFLYNKICTEFDDSCFITNIREVSSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G354700`
TK1151 ID	TkA05G354700
OH-1004 ID	LXL04_021110
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G354700

位置 Chr05:87882432-87887376 (+)

描述 Similar to ROQ1: Disease resistance protein Roq1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11170`	推定的抗病蛋白At4g11170。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.498

排名 1 · TkA05G354700 · TK1151

细胞核0.345

排名 2 · TkA05G354700 · TK1151

细胞膜0.229

排名 3 · TkA05G354700 · TK1151

内质网0.088

排名 4 · TkA05G354700 · TK1151

线粒体0.052

排名 5 · TkA05G354700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582TIR20-191 aa

PF13676TIR_223-136 aa

PF13401AAA_2224-78 aa

PF02223Thymidylate_kin37-85 aa

PF08937ThsB_TIR60-111 aa

PF00931NB-ARC205-372 aa

PF13191AAA_16215-314 aa

PF20720nSTAND3218-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G354700	`PF01582`	TIR	20	191	4.2e-46	157.7
TkA05G354700	`PF13676`	TIR_2	23	136	7.9e-15	56.1
TkA05G354700	`PF13401`	AAA_22	24	78	1.4e-06	29.4
TkA05G354700	`PF02223`	Thymidylate_kin	37	85	0.035	14.5
TkA05G354700	`PF08937`	ThsB_TIR	60	111	0.019	16.1
TkA05G354700	`PF00931`	NB-ARC	205	372	1.7e-20	74.0
TkA05G354700	`PF13191`	AAA_16	215	314	0.0064	17.7
TkA05G354700	`PF20720`	nSTAND3	218	259	0.63	10.4
TkA05G354700	`PF13401`	AAA_22	219	318	1.4e-06	29.4
TkA05G354700	`PF01637`	ATPase_2	219	315	0.016	15.7
TkA05G354700	`PF24883`	NPHP3_N	220	288	0.063	14.2
TkA05G354700	`PF13238`	AAA_18	220	299	4.2	8.6
TkA05G354700	`PF05729`	NACHT	222	340	0.0088	16.6
TkA05G354700	`PF00004`	AAA	222	314	0.034	15.3
TkA05G354700	`PF02223`	Thymidylate_kin	224	247	0.035	14.5
TkA05G354700	`PF19842`	YqeC	225	303	0.16	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82500`	拟南芥	sp\|O82500\|Y4117_ARATH Putative disease resistance protein At4g11170	38.700%	Swiss-Prot	中等置信

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