TkA05G347360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G347360

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 86054196-86054621 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

390 bp · TkA05G347360|TK1151|cDNA

ATGACGCAAGGAATGGTGATGAACGATCTGATGAGGAAGGATGGTCAGCCGCCGGCTTCTCAAACGTCGATTGACACCATGCCTAGCGTCGAGATCAAAGGTACGGATGAATTGGAGTGTTTAGAGGGTGAGTGTGTGATATGTTTAGAAGAATGGGGGGTTGGTGATGTGGTGAAAGAGATGCCATGTAAGCATAAGTTTCATGGTGGGTGTGTTGAAAAATGGCTGAAGATTCATGGGTATTGTCCTGTTTGTAGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

390 bp · TkA05G347360|TK1151|CDS

ATGACGCAAGGAATGGTGATGAACGATCTGATGAGGAAGGATGGTCAGCCGCCGGCTTCTCAAACGTCGATTGACACCATGCCTAGCGTCGAGATCAAAGGTACGGATGAATTGGAGTGTTTAGAGGGTGAGTGTGTGATATGTTTAGAAGAATGGGGGGTTGGTGATGTGGTGAAAGAGATGCCATGTAAGCATAAGTTTCATGGTGGGTGTGTTGAAAAATGGCTGAAGATTCATGGGTATTGTCCTGTTTGTAGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

129 aa · TkA05G347360|TK1151|PROTEIN

MTQGMVMNDLMRKDGQPPASQTSIDTMPSVEIKGTDELECLEGECVICLEEWGVGDVVKEMPCKHKFHGGCVEKWLKIHGYCPVCRHQMPVDCSDKKTGDERREIWVTFSFADGRSTSEGSVESNQESV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G347360`
TK1151 ID	TkA05G347360
OH-1004 ID	LXL04_021056
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 42.522 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G347360

位置 Chr05:86054196-86054621 (+)

描述 Similar to MPSR1: E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26800`	参与蛋白质质量控制（PQC）应对蛋白毒性应激的E3泛素蛋白连接酶。	MPSR1 is a cytoplasmic PQC E3 ligase for eliminating emergent misfolded proteins in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1713574114

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0167500`	参与液泡蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021056 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26800

ath:AT3G19950

ath:AT3G46620

ath:AT5G20910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.619

排名 1 · TkA05G347360 · TK1151

细胞核0.493

排名 2 · TkA05G347360 · TK1151

细胞膜0.071

排名 3 · TkA05G347360 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA05G347360 · TK1151

线粒体0.050

排名 5 · TkA05G347360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11793FANCL_C36-52 aa

PF00097zf-C3HC437-52 aa

PF13771zf-HC5HC2H39-74 aa

PF12678zf-rbx143-86 aa

PF13920zf-C3HC4_343-88 aa

PF13639zf-RING_244-86 aa

PF17123zf-RING_1144-72 aa

PF13923zf-C3HC4_244-85 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G347360	`PF11793`	FANCL_C	36	52	0.44	11.6
TkA05G347360	`PF00097`	zf-C3HC4	37	52	3.5e-08	33.9
TkA05G347360	`PF13771`	zf-HC5HC2H	39	74	0.17	12.8
TkA05G347360	`PF12678`	zf-rbx1	43	86	1.9e-06	28.7
TkA05G347360	`PF13920`	zf-C3HC4_3	43	88	0.00026	21.4
TkA05G347360	`PF13639`	zf-RING_2	44	86	5.7e-16	59.2
TkA05G347360	`PF17123`	zf-RING_11	44	72	1.3e-09	38.3
TkA05G347360	`PF13923`	zf-C3HC4_2	44	85	3.7e-08	33.7
TkA05G347360	`PF14634`	zf-RING_5	44	87	0.03	15.0
TkA05G347360	`PF00097`	zf-C3HC4	45	85	3.5e-08	33.9
TkA05G347360	`PF13445`	zf-RING_UBOX	45	75	0.025	15.3
TkA05G347360	`PF08746`	zf-RING-like	45	85	0.13	13.1
TkA05G347360	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	45	88	0.43	11.4
TkA05G347360	`PF22191`	IBR_1	45	53	4.8	7.9
TkA05G347360	`PF14570`	zf-RING_4	46	88	0.43	11.1
TkA05G347360	`PF11793`	FANCL_C	57	92	0.44	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQX2`	拟南芥	sp\|Q9LQX2\|MPSR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1	56.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q10R93`	水稻	sp\|Q10R93\|RMR1_ORYSJ Receptor homology region, transmembrane domain- and RING domain-containing protein 1	36.400%	Swiss-Prot	中等置信

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