TkA05G328580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G328580

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 80921605-80925239 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3247 bp · TkA05G328580|TK1151|cDNA

AAGCAACCGGAACTTGGGAGGCCTAAATGTAAATATATAATCCCTAAGCTCAACTCGTACTAGTCTACTCTTCCGAGACTGTCTGCTCCCAAAACCTATCATTTCGATCTCCAAATATCCCTAGTATGATCACACCACCGATCGAAGCACCATGAAATCCATTGTAGTTCTTCATCATTTTCTCTGTCTCCTTCTCCTGTTTTCACATCTAAAATCCGTTTCTTCATGGAAAAAAGAAGAATTCAGAAACTGTGATCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2793 bp · TkA05G328580|TK1151|CDS

ATGAAATCCATTGTAGTTCTTCATCATTTTCTCTGTCTCCTTCTCCTGTTTTCACATCTAAAATCCGTTTCTTCATGGAAAAAAGAAGAATTCAGAAACTGTGATCAAACCCCTTTCTGCAAAAGAGCTAGATCAAGAAAACCCCAACACTGTAAAGTCATTGCCACCGATGTAGCAATCGCAAATGGAGATCTAACTGCCAAACTCATAACCCCTAAGAATTTTAAAGAAAACGCAGAGGAAGATTCATCAGAAATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

930 aa · TkA05G328580|TK1151|PROTEIN

MKSIVVLHHFLCLLLLFSHLKSVSSWKKEEFRNCDQTPFCKRARSRKPQHCKVIATDVAIANGDLTAKLITPKNFKENAEEDSSEIASKPLILSLSVYQNGILRLKIDEDPSQNPPKKRFEVPDVVLPEFESKKLWLQRHTKEVIKGDSADSFVVYLFDGYEAVLRSDPLEIFVREQGSGNRVLSFNSHGLFDFEQLRVKKEGDDWEERFRSHTDSRPYGPQSISFDISFHGADFVYGIPEHATTLSLKPTNGPGVEQSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G328580`
TK1151 ID	TkA05G328580
OH-1004 ID	LXL04_003393
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G328580

位置 Chr05:80921605-80925239 (+)

描述 Similar to PSL5: Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63840`	顺序切割未成熟糖蛋白的Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)寡糖前体中最内侧的两个α-1,3联葡萄糖残基（按相似性）。	The cellulose-deficient Arabidopsis mutant rsw3 is defective in a gene encoding a putative glucosidase II, an enzyme processing N-glycans during ER quality control.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01483.x Uncoupling of sustained MAMP receptor signaling from early outputs in an Arabidopsis endoplasmic reticulum glucosidase II allele.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0907711106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0216600`	从未成熟糖蛋白的Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)寡糖前体中依次切割最内侧的两个α-1,3-连接的葡萄糖残基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003393 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050830 defense response to Gram-positive bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63840

ddi:DDB_G0269154

dosa:Os03g0216600

mmu:14376

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.749

排名 1 · TkA05G328580 · TK1151

细胞质0.131

排名 2 · TkA05G328580 · TK1151

溶酶体／液泡0.096

排名 3 · TkA05G328580 · TK1151

高尔基体0.087

排名 4 · TkA05G328580 · TK1151

细胞外0.052

排名 5 · TkA05G328580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13802Gal_mutarotas_293-310 aa

PF21365Glyco_hydro_31_3rd124-149 aa

PF01055Glyco_hydro_31_2nd367-694 aa

PF21365Glyco_hydro_31_3rd583-608 aa

PF21365Glyco_hydro_31_3rd702-788 aa

PF17137DUF5110807-849 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G328580	`PF13802`	Gal_mutarotas_2	93	310	2e-39	136.5
TkA05G328580	`PF21365`	Glyco_hydro_31_3rd	124	149	8.5e-27	94.2
TkA05G328580	`PF01055`	Glyco_hydro_31_2nd	367	694	5.3e-122	407.9
TkA05G328580	`PF21365`	Glyco_hydro_31_3rd	583	608	8.5e-27	94.2
TkA05G328580	`PF21365`	Glyco_hydro_31_3rd	702	788	8.5e-27	94.2
TkA05G328580	`PF17137`	DUF5110	807	849	3.6e-05	24.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN05`	拟南芥	sp\|Q9FN05\|PSL5_ARATH Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase	75.200%	Swiss-Prot	高置信
`B9F676`	水稻	sp\|B9F676\|GLU2A_ORYSJ Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase	66.200%	Swiss-Prot	高置信

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