TkA05G323560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G323560

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 79768144-79775834 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2778 bp · TkA05G323560|TK1151|cDNA

ATGTTTCTTCTTCGCGAGCACCCCACGATAAACCCTAACGCGCGGCGCTGTTCTTCCTCGCAACCTCCGGCAGCGACCAACTCCAAGTCGGCGAGCTGCTGCAGCGACGGCCTTCTCCAGCCTCCTTCTCCGTTGTGCGGCCAACAGCAGTTTCCCGGCGAACATCAGCAGCGGGAACAGACTCCTGTTTCCGGCAGATTTCACTGCCTTAGGTGCCGGCTGTCATCCTCAGTTTTCCGGCGAGTATCCTTCCACTCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2778 bp · TkA05G323560|TK1151|CDS

ATGTTTCTTCTTCGCGAGCACCCCACGATAAACCCTAACGCGCGGCGCTGTTCTTCCTCGCAACCTCCGGCAGCGACCAACTCCAAGTCGGCGAGCTGCTGCAGCGACGGCCTTCTCCAGCCTCCTTCTCCGTTGTGCGGCCAACAGCAGTTTCCCGGCGAACATCAGCAGCGGGAACAGACTCCTGTTTCCGGCAGATTTCACTGCCTTAGGTGCCGGCTGTCATCCTCAGTTTTCCGGCGAGTATCCTTCCACTCTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

925 aa · TkA05G323560|TK1151|PROTEIN

MFLLREHPTINPNARRCSSSQPPAATNSKSASCCSDGLLQPPSPLCGQQQFPGEHQQREQTPVSGRFHCLRCRLSSSVFRRVSFHSRLLLRTTTLLLFRRGSFEAKPPIPGVFCVGQARQPHRSSFRPSLHHSPALVHLRTTGEVCTRRVWVVYIHSPMPSTPPITNSDSVDVGPSNRNAFVRRSRRRLFFSDSNRPSFERPLPSYSDSGDPIFVCQKFAIGLVLFVLVPIPHLEIADVENLDVFSVRLYYDPSKKQNEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G323560`
TK1151 ID	TkA05G323560
OH-1004 ID	LXL04_013938
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 66.270 / OH-1004 38.829 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G323560`
位置	Chr05:79768144-79775834 (-)
描述	Similar to rpa1: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013938` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006284 base-excision repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006298 mismatch repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006312 mitotic recombination 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dre:327491 hsa:6117 pon:100173266 spo:2541158 xla:397937 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.837

排名 1 · TkA05G323560 · TK1151

细胞质0.197

排名 2 · TkA05G323560 · TK1151

线粒体0.057

排名 3 · TkA05G323560 · TK1151

细胞膜0.017

排名 4 · TkA05G323560 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA05G323560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF31203DDB_G0293016231-268 aa

PF14214Helitron_like_N311-328 aa

PF23343REP_ORF2-G2P312-339 aa

PF20199RepSA313-335 aa

PF23343REP_ORF2-G2P443-466 aa

PF20199RepSA454-478 aa

PF01637ATPase_2520-546 aa

PF04851ResIII676-716 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G323560	`PF31203`	DDB_G0293016	231	268	0.23	12.4
TkA05G323560	`PF14214`	Helitron_like_N	311	328	0.00018	22.5
TkA05G323560	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	312	339	0.0013	19.6
TkA05G323560	`PF20199`	RepSA	313	335	0.002	18.1
TkA05G323560	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	443	466	0.0013	19.6
TkA05G323560	`PF20199`	RepSA	454	478	0.002	18.1
TkA05G323560	`PF01637`	ATPase_2	520	546	0.18	12.3
TkA05G323560	`PF04851`	ResIII	676	716	0.15	12.7
TkA05G323560	`PF00697`	PRAI	757	817	0.076	13.5
TkA05G323560	`PF05970`	PIF1	763	919	1.5e-56	192.2
TkA05G323560	`PF13604`	AAA_30	763	879	0.00041	20.9
TkA05G323560	`PF04851`	ResIII	763	818	0.15	12.7
TkA05G323560	`PF01637`	ATPase_2	774	815	0.18	12.3
TkA05G323560	`PF13191`	AAA_16	780	815	0.039	15.2
TkA05G323560	`PF24883`	NPHP3_N	781	816	0.019	15.9
TkA05G323560	`PF00931`	NB-ARC	781	811	0.21	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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