TkA05G278480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G278480

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 68865470-68873818 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1851 bp · TkA05G278480|TK1151|cDNA

ATGGGTCGTAAATGCGGTATCAGCTTACATTACGAGCATCCAGAAATGCATTTCGTTATCAAGATGGTTGACGACAGTGATTTTGGTCGTTTGAAACAAGTAATTTGTGCAGTTACTACGCCTTTATGTATTTATATTATGGAAGAAGAAGAGGTGGTATACCGCCGATGCATCGTGAAGGTTCTGGTAGTAAACGTTCTAGTGGGAGGGGGAGCAACAATCTCACAGATACGTTCATTTCAAAATACTTGTAGGAGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1851 bp · TkA05G278480|TK1151|CDS

ATGGGTCGTAAATGCGGTATCAGCTTACATTACGAGCATCCAGAAATGCATTTCGTTATCAAGATGGTTGACGACAGTGATTTTGGTCGTTTGAAACAAGTAATTTGTGCAGTTACTACGCCTTTATGTATTTATATTATGGAAGAAGAAGAGGTGGTATACCGCCGATGCATCGTGAAGGTTCTGGTAGTAAACGTTCTAGTGGGAGGGGGAGCAACAATCTCACAGATACGTTCATTTCAAAATACTTGTAGGAGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

616 aa · TkA05G278480|TK1151|PROTEIN

MGRKCGISLHYEHPEMHFVIKMVDDSDFGRLKQVICAVTTPLCIYIMEEEEVVYRRCIVKVLVVNVLVGGGATISQIRSFQNTCRRAIVVDGAHLKGEYKGNMLVAVGTDGNNQILPIAFAISRSETNENWILFFQKLYESIGEIHGLCVISDRNQGIANACALIFPNAKHVTRHARKMPIMMLMEFYYRSIMQQWYFQHRNLGGGGRKLVDSLEGQETMIVFHLKERALSLESVAGAKPSAMLGRILLSRADKVCQVRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G278480`
TK1151 ID	TkA05G278480
OH-1004 ID	LXL04_039636
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	66.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.058 / OH-1004 49.330 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G278480`
位置	Chr05:68865470-68873818 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039636` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.480

排名 1 · TkA05G278480 · TK1151

细胞质0.439

排名 2 · TkA05G278480 · TK1151

内质网0.070

排名 3 · TkA05G278480 · TK1151

细胞膜0.058

排名 4 · TkA05G278480 · TK1151

线粒体0.052

排名 5 · TkA05G278480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10551MULE88-171 aa

PF00872Transposase_mut105-171 aa

PF27939DUF8363148-179 aa

PF19259Ty3_capsid320-481 aa

PF03732PEG10_N-capsid327-405 aa

PF10551MULE351-371 aa

PF27939DUF8363520-542 aa

PF27939DUF8363542-595 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G278480	`PF10551`	MULE	88	171	3.2e-15	57.0
TkA05G278480	`PF00872`	Transposase_mut	105	171	0.00076	19.2
TkA05G278480	`PF27939`	DUF8363	148	179	0.095	13.3
TkA05G278480	`PF19259`	Ty3_capsid	320	481	1.6e-10	41.5
TkA05G278480	`PF03732`	PEG10_N-capsid	327	405	4e-09	37.4
TkA05G278480	`PF10551`	MULE	351	371	3.2e-15	57.0
TkA05G278480	`PF27939`	DUF8363	520	542	0.095	13.3
TkA05G278480	`PF27939`	DUF8363	542	595	0.095	13.3
TkA05G278480	`PF00098`	zf-CCHC	544	558	2.2e-06	28.2
TkA05G278480	`PF30379`	SLU7_N	544	561	7.9	6.8
TkA05G278480	`PF00098`	zf-CCHC	574	591	2.2e-06	28.2
TkA05G278480	`PF30379`	SLU7_N	575	589	7.9	6.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情