TkA05G252240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G252240

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 62731967-62741557 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3141 bp · TkA05G252240|TK1151|cDNA

ACCTAGTTTTTGTGTTCGATTATGGAGTTGGCTGCAGGCGATTTTCAAACAGATATAGCTGCCGCGCCACCACCGCCCGAACGGACTCCGCCGGTGGACGAGGATGACGAAGACGAGGAATATGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGATGATGACGACGAAGAAACAAATAACGAAGACGAAACTCTGATAGCGAAAGCTCAGGGACTGATTGACAAGATCGCCGCCTCCCCTGAAAACGTTAAGCCTCCCTGTCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4599 bp · TkA05G252240|TK1151|CDS

ATGGAGTTGGCTGCAGGCGATTTTCAAACAGATATAGCTGCCGCGCCACCACCGCCCGAACGGACTCCGCCGGTGGACGAGGATGACGAAGACGAGGAATATGAAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGATGATGACGACGAAGAAACAAATAACGAAGACGAAACTCTGATAGCGAAAGCTCAGGGACTGATTGACAAGATCGCCGCCTCCCCTGAAAACGTTAAGCCTCCCTGTCTTCATGCCTTAGCTTCCATTCTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1532 aa · TkA05G252240|TK1151|PROTEIN

MELAAGDFQTDIAAAPPPPERTPPVDEDDEDEEYEEEEEEEEDDDDEETNNEDETLIAKAQGLIDKIAASPENVKPPCLHALASILETQEARYREETGHSSLSNGRASYNIGRLGNLIRDNDEFFELISAKFLSETRYPISVQAASLRLVYSCSLTWVYPHVFEEPVLENIKGWVMDGSTKFFAEDCKGKNGQASDSEMLKTYSTGLVAACLAGGGQLVEDVLTSGLSAKLMRYLRICVLGEASTSQKESNFLLDKKNST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G252240`
TK1151 ID	TkA05G252240
OH-1004 ID	LXL04_020596
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.282 / OH-1004 88.902 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G252240

位置 Chr05:62731967-62741557 (+)

描述 Similar to DCAF1: DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g31160`	作为 CUL4-RBX1-DDB1-DCAF1 E3 泛素-蛋白质连接酶复合物的组成部分，DCAF1 可能充当该复合物内的底物识别模块。	Arabidopsis DDB1-CUL4 ASSOCIATED FACTOR1 forms a nuclear E3 ubiquitin ligase with DDB1 and CUL4 that is involved in multiple plant developmental processes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058891

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020596 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0035212 cell competition in a multicellular organism 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G31160

cel:CELE_ZK1251.9

hsa:9730

mmu:321006

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.636

排名 1 · TkA05G252240 · TK1151

细胞质0.312

排名 2 · TkA05G252240 · TK1151

细胞膜0.061

排名 3 · TkA05G252240 · TK1151

高尔基体0.042

排名 4 · TkA05G252240 · TK1151

内质网0.037

排名 5 · TkA05G252240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04281Tom2225-69 aa

PF04931DNA_pol_phi27-68 aa

PF27635Mahjong_helical197-212 aa

PF27635Mahjong_helical469-616 aa

PF27600DCAF1_helical529-617 aa

PF24768ARM_ARMC5558-593 aa

PF23410Beta-prop_VPS8570-601 aa

PF00514Arm620-643 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G252240	`PF04281`	Tom22	25	69	0.2	12.2
TkA05G252240	`PF04931`	DNA_pol_phi	27	68	3.1	6.6
TkA05G252240	`PF27635`	Mahjong_helical	197	212	2.1e-19	71.1
TkA05G252240	`PF27635`	Mahjong_helical	469	616	2.1e-19	71.1
TkA05G252240	`PF27600`	DCAF1_helical	529	617	9e-47	160.0
TkA05G252240	`PF24768`	ARM_ARMC5	558	593	0.19	11.8
TkA05G252240	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	570	601	0.00076	19.3
TkA05G252240	`PF00514`	Arm	620	643	3.1	8.7
TkA05G252240	`PF27600`	DCAF1_helical	708	891	9e-47	160.0
TkA05G252240	`PF00514`	Arm	855	870	3.1	8.7
TkA05G252240	`PF24768`	ARM_ARMC5	931	1003	0.19	11.8
TkA05G252240	`PF00514`	Arm	933	950	3.1	8.7
TkA05G252240	`PF27600`	DCAF1_helical	934	950	9e-47	160.0
TkA05G252240	`PF27601`	DCAF1_4th	946	1051	1.5e-25	90.0
TkA05G252240	`PF27600`	DCAF1_helical	1006	1054	9e-47	160.0
TkA05G252240	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	1014	1070	0.00076	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M086`	拟南芥	sp\|Q9M086\|DCAF1_ARATH DDB1- and CUL4-associated factor homolog 1	49.600%	Swiss-Prot	中等置信

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