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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G110700
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 29688557-29690565 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1905 bp · TkA05G110700|TK1151|cDNA

ATGCAGCAAGCAGAATCCTCAACTTCTCTACTGACAAATTATCCAAAAGAGACCATCTTTCTTTACGGTTTAATGTTAAATAACAAGAACAATGTTTATCCGGATAGCTACACTTACCCTCTACTAATTCAAGCGTGCATCGCTAGGTGTTCAAATTTGGAGGGGAAAGAGATACATAATCATGTAGTAAAAATAGGTTTCGATACAGATGTTTATGTACGAAACACTTTGATTAATATGTACGGTGTCTGTGGGGATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · TkA05G110700|TK1151|CDS

ATGCAGCAAGCAGAATCCTCAACTTCTCTACTGACAAATTATCCAAAAGAGACCATCTTTCTTTACGGTTTAATGTTAAATAACAAGAACAATGTTTATCCGGATAGCTACACTTACCCTCTACTAATTCAAGCGTGCATCGCTAGGTGTTCAAATTTGGAGGGGAAAGAGATACATAATCATGTAGTAAAAATAGGTTTCGATACAGATGTTTATGTACGAAACACTTTGATTAATATGTACGGTGTCTGTGGGGATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

634 aa · TkA05G110700|TK1151|PROTEIN

MQQAESSTSLLTNYPKETIFLYGLMLNNKNNVYPDSYTYPLLIQACIARCSNLEGKEIHNHVVKIGFDTDVYVRNTLINMYGVCGDMSDARKVFDESPVRDSVTWNSILAVYVQMGNVEEAKLIYDQMPEKNIIASNSMIVLFGRCARVPEAYQLFITMKEKDLVSWTALISCYEQNGMHQKALIMFIKMNRIGIKTDEVAVISVLSVCAHLSVMNTGASIHGLILTRGTASYVNIQNALIHMYSSWGDISASEKLFNSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G110700
TK1151 IDTkA05G110700
OH-1004 IDLXL04_019992
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.580 / OH-1004 92.047
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G110700
位置Chr05:29688557-29690565 (+)
描述Similar to PCMP-H12: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g15930 推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。 暂无已核实直接文献
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019992 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009644 response to high light intensity 生物过程
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0010380 regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G13600
ath:AT3G22690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.564
排名 1 · TkA05G110700 · TK1151
质体0.275
排名 2 · TkA05G110700 · TK1151
细胞核0.053
排名 3 · TkA05G110700 · TK1151
细胞质0.042
排名 4 · TkA05G110700 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA05G110700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_229-46 aa
PF13812PPR_329-47 aa
PF12854PPR_131-45 aa
PF13812PPR_360-96 aa
PF23276TPR_2469-94 aa
PF13041PPR_270-96 aa
PF00637Clathrin71-128 aa
PF01535PPR75-96 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G110700PF13041PPR_229463.2e-65216.7
TkA05G110700PF13812PPR_329473.5e-2898.2
TkA05G110700PF12854PPR_131451.6e-42143.6
TkA05G110700PF13812PPR_360963.5e-2898.2
TkA05G110700PF23276TPR_2469944.6e-1143.5
TkA05G110700PF13041PPR_270963.2e-65216.7
TkA05G110700PF00637Clathrin711280.05513.9
TkA05G110700PF01535PPR75962.7e-72234.8
TkA05G110700PF12854PPR_175961.6e-42143.6
TkA05G110700PF29070MSC6_N761214.2e-0833.4
TkA05G110700PF00515TPR_176950.1213.0
TkA05G110700PF13428TPR_1477960.0001323.0
TkA05G110700PF11772EpuA81970.08813.2
TkA05G110700PF14559TPR_1984984e-0524.6
TkA05G110700PF05843Suf911320.09511.9
TkA05G110700PF12854PPR_11001281.6e-42143.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic40.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial38.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LSB8拟南芥sp|Q9LSB8|PP235_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1593035.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FND7拟南芥sp|Q9FND7|PP410_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040546.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LUJ2拟南芥sp|Q9LUJ2|PP249_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269034.800%Swiss-Prot中等置信

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