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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G107280
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 28751080-28752183 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1056 bp · TkA05G107280|TK1151|cDNA

ATGGATGGTGTTTATCCAGAACAAGAACACAGTAAGTTTCTGTACCTTGCAAGCAAGAAATCCTTCCGGGACCTCGACATCCCACCTCGCAAGCTTCTCAGTCGCCGACTTCAACAACAAAATGACTCCCCTAGGGTCCTCCCAGAAGAAACACTGCTACAGAAATTCCTCCCTTACAATTCCGGTCACGACAATGACTCCGATCCCTACGCTTCCGACGAATTTCGGATGTACGAGTTCAAGATTCGGAAGTGTACTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1056 bp · TkA05G107280|TK1151|CDS

ATGGATGGTGTTTATCCAGAACAAGAACACAGTAAGTTTCTGTACCTTGCAAGCAAGAAATCCTTCCGGGACCTCGACATCCCACCTCGCAAGCTTCTCAGTCGCCGACTTCAACAACAAAATGACTCCCCTAGGGTCCTCCCAGAAGAAACACTGCTACAGAAATTCCTCCCTTACAATTCCGGTCACGACAATGACTCCGATCCCTACGCTTCCGACGAATTTCGGATGTACGAGTTCAAGATTCGGAAGTGTACTCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

351 aa · TkA05G107280|TK1151|PROTEIN

MDGVYPEQEHSKFLYLASKKSFRDLDIPPRKLLSRRLQQQNDSPRVLPEETLLQKFLPYNSGHDNDSDPYASDEFRMYEFKIRKCTRSRSHDWTDCPFAHPGEKARRRCPRRYNYSGNVCADFRRGSCSRGDACEFAHGVFECWLHPFRYRTEACKDGKNCQRKICFFAHTPKQLRSMPVESVISPGKHLNSGHCSSCRCHPGIHHANSPTSILDIDKLSPPTSPPFSTAPTGSGFSPVSRFSDRLALGNFDSSYRDSMN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G107280
TK1151 IDTkA05G107280
OH-1004 IDLXL04_019936
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.732 / OH-1004 95.041
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G107280
位置Chr05:28751080-28752183 (+)
描述Similar to TZF4: Zinc finger CCCH domain-containing protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g03790 可能的转录抑制因子，作为光敏色素介导的种子萌发促进的负调控因子。 暂无已核实直接文献
At5g44260 含锌指CCCH结构域蛋白 61。 暂无已核实直接文献
At2g25900 含锌指CCCH结构域蛋白23。 暂无已核实直接文献
At2g19810 含锌指CCCH结构域蛋白20。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0192000 参与延缓叶片衰老。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019936 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0000932 P-body 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03790
ath:AT2G19810
ath:AT4G29190
ath:AT5G44260
dosa:Os05g0195200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560
排名 1 · TkA05G107280 · TK1151
细胞核0.399
排名 2 · TkA05G107280 · TK1151
线粒体0.075
排名 3 · TkA05G107280 · TK1151
细胞膜0.053
排名 4 · TkA05G107280 · TK1151
高尔基体0.033
排名 5 · TkA05G107280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25512zf-CCCH_AtC3H2374-107 aa
PF22628zf-CCCH_1084-103 aa
PF00642zf-CCCH95-101 aa
PF18345zf_CCCH_495-100 aa
PF21803Nab2-zf495-101 aa
PF14608zf-CCCH_295-101 aa
PF25427zf-CCCH_UNK95-104 aa
PF18044zf-CCCH_496-101 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G107280PF25512zf-CCCH_AtC3H23741071.5e-2073.4
TkA05G107280PF22628zf-CCCH_10841037.56.9
TkA05G107280PF00642zf-CCCH951016e-0730.0
TkA05G107280PF18345zf_CCCH_4951006.7e-0523.5
TkA05G107280PF21803Nab2-zf4951010.08413.4
TkA05G107280PF14608zf-CCCH_2951010.2312.8
TkA05G107280PF25427zf-CCCH_UNK951044.97.9
TkA05G107280PF18044zf-CCCH_4961010.002818.1
TkA05G107280PF25512zf-CCCH_AtC3H231081131.5e-2073.4
TkA05G107280PF16131Torus1171400.6511.3
TkA05G107280PF00642zf-CCCH1191396e-0730.0
TkA05G107280PF18044zf-CCCH_41191380.002818.1
TkA05G107280PF22628zf-CCCH_101191387.56.9
TkA05G107280PF18345zf_CCCH_41201386.7e-0523.5
TkA05G107280PF14608zf-CCCH_21201390.2312.8
TkA05G107280PF25427zf-CCCH_UNK1241404.97.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZWA1拟南芥sp|Q9ZWA1|C3H2_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 247.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FKW2拟南芥sp|Q9FKW2|C3H61_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 6144.200%Swiss-Prot中等置信
O82307拟南芥sp|O82307|C3H23_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2355.900%Swiss-Prot中等置信
O82199拟南芥sp|O82199|C3H20_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2062.100%Swiss-Prot低置信
Q9FU27水稻sp|Q9FU27|C3H2_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 263.800%Swiss-Prot低置信

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