TkA05G093660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G093660

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 25278852-25280443 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

432 bp · TkA05G093660|TK1151|CDS

ATGCAAGGTGTATTTCGTGGTTTTAAGGATACCAAAACCCCATTATATGCCACCGTGGCAGGTGATGTGGCAAACATAATTTTGGATCCAATTCTCATCTTTGTATGCAAGTTAGGAGTTAGTGGTGCAGCCATTTCACATGTTCTTTCCCAGTACTTAATATCGTTAATTTTGTTGGTCAAACTGATGCAAAAAGTTGACTTACTTCCTCCGAATCTTAAGGTTTTACAGTTCAGTCGATTTCTTAAAAATGGTTTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

143 aa · TkA05G093660|TK1151|PROTEIN

MQGVFRGFKDTKTPLYATVAGDVANIILDPILIFVCKLGVSGAAISHVLSQYLISLILLVKLMQKVDLLPPNLKVLQFSRFLKNGFYLLFKVIASTICVTLAASFAARLGAKPMAAFQICLQVWMASSLLADGLAVAGQVDTT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G093660`
TK1151 ID	TkA05G093660
OH-1004 ID	LXL04_033092
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.203 / OH-1004 13.942 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G093660

位置 Chr05:25278852-25280443 (-)

描述 Similar to DTX42: Protein DETOXIFICATION 42

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08040`	柠檬酸盐转运蛋白负责将柠檬酸盐装载到木质部组织中，这有助于促进铁向芽的运输。	FRD3, a member of the multidrug and toxin efflux family, controls iron deficiency responses in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001495 FRD3 controls iron localization in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.045633 The FRD3-mediated efflux of citrate into the root vasculature is necessary for efficient iron translocation.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.097162 The FRD3 citrate effluxer promotes iron nutrition between symplastically disconnected tissues throughout Arabidopsis development.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088088
`At1g51340`	柠檬酸盐转运蛋白对于铝耐受性至关重要。	Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x A promoter-swap strategy between the AtALMT and AtMATE genes increased Arabidopsis aluminum resistance and improved carbon-use efficiency for aluminum resistance.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04994.x
`At2g38330`	蛋白质解毒 44，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At4g38380`	蛋白解毒45，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033092 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0015695 organic cation transport 生物过程

GO:0015746 citrate transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0030001 metal ion transport 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程

GO:1990961 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51340

ath:AT2G38330

ath:AT3G08040

ath:AT4G38380

dre:560024

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.430

排名 1 · TkA05G093660 · TK1151

细胞膜0.257

排名 2 · TkA05G093660 · TK1151

内质网0.137

排名 3 · TkA05G093660 · TK1151

细胞质0.119

排名 4 · TkA05G093660 · TK1151

高尔基体0.102

排名 5 · TkA05G093660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01554MatE2-31 aa

PF01554MatE44-55 aa

PF01554MatE89-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G093660	`PF01554`	MatE	2	31	1.5e-06	28.7
TkA05G093660	`PF01554`	MatE	44	55	1.5e-06	28.7
TkA05G093660	`PF01554`	MatE	89	138	1.5e-06	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFB0`	拟南芥	sp\|Q9SFB0\|DTX43_ARATH Protein DETOXIFICATION 43	70.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SYD6`	拟南芥	sp\|Q9SYD6\|DTX42_ARATH Protein DETOXIFICATION 42	70.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q84K71`	拟南芥	sp\|Q84K71\|DTX44_ARATH Protein DETOXIFICATION 44, chloroplastic	54.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVE7`	拟南芥	sp\|Q9SVE7\|DTX45_ARATH Protein DETOXIFICATION 45, chloroplastic	47.500%	Swiss-Prot	中等置信

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