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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA05G075130
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 20000730-20003302 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

1506 bp · TkA05G075130|TK1151|cDNA

TTTCAGGCAAGCCGGCAAAGTATTGAAGTTGGTAACTTCAAAAGTCGGAGAAAAGCATTATATGGGTAAAGCTGACCCGCATCCAAAATATGCGGGTGTGCTTCCACGTCTATCATTTATATAGATTCTCGGTAGTAAAAATAGGCAAGAAATACCATATGATCACGTTATCTTTATGAAATTTCTGTCATGCTGGATCAGATAACGGATAAACCCTAAAAACTCAGTTTGAATCACACCTAAAGCAAGCAAATTATACA...

966 bp · TkA05G075130|TK1151|CDS

ATGGATAATCGATTTCCTCCAAATTCAGAGAAGTTTCAGCTTGCTCCATCTGATAGTCGCTCACCCCCAAATCAATTGAACGCTGAATTAAGGCCTGGATTGGAACATAAAGACAGAAAGCTTCAAAAAGCTGACCGTGAGAAGCTAAGGAGGGATCGTCTTAATGAGCAGTTCACTGAATTGGGAAAGACACTAGATCCTGAAAGACCTAAATTTGACAAGGCAACTATACTCTGTGATACAATCCAGATGCTAAATGA...

321 aa · TkA05G075130|TK1151|PROTEIN

MDNRFPPNSEKFQLAPSDSRSPPNQLNAELRPGLEHKDRKLQKADREKLRRDRLNEQFTELGKTLDPERPKFDKATILCDTIQMLNDLTAQVGRLKSEYATLTEESRELTQEKHDLREEKASLKSDIETLNLQYQQRARPVYPWGHMDQSVVMHPHPPSYPYPVPMQMPMPMAPMQPYPFFGNQNPANPCSTFFQSVQYVSPVVQPSSRSHVSSRPASRNKSSECGSGKDEDSNDVATDLELKTPGSTADQEGLGLGSGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G075130
TK1151 IDTkA05G075130
OH-1004 IDLXL04_019684
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G075130
位置Chr05:20000730-20003302 (+)
描述Similar to BHLH121: Transcription factor bHLH121
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19860 转录因子 bHLH121。 暂无已核实直接文献
At4g36060 转录因子bHLH11。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0628500 在盐胁迫耐受中起正调控作用的转录因子。
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_019684 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程
GO:0010039 response to iron ion 生物过程
GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能
GO:1990837 sequence-specific double-stranded DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G19860
ath:AT4G36060
ath:AT5G54680
dosa:Os03g0379300
dosa:Os07g0628500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞核0.978
排名 1 · TkA05G075130 · TK1151
细胞质0.106
排名 2 · TkA05G075130 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA05G075130 · TK1151
内质网0.012
排名 4 · TkA05G075130 · TK1151
质体0.008
排名 5 · TkA05G075130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19220Rod_CreS25-48 aa
PF28907ZapB_rel26-47 aa
PF29997SPC25_N27-61 aa
PF06785UPF024228-49 aa
PF08317Spc729-52 aa
PF17675APG6_N34-60 aa
PF00010HLH39-88 aa
PF27575Map3k7cl40-62 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G075130PF19220Rod_CreS25485.56.8
TkA05G075130PF28907ZapB_rel26471.110.6
TkA05G075130PF29997SPC25_N27613.18.8
TkA05G075130PF06785UPF024228491.110.0
TkA05G075130PF08317Spc729521.98.5
TkA05G075130PF17675APG6_N34604.28.5
TkA05G075130PF00010HLH39883.1e-0834.0
TkA05G075130PF27575Map3k7cl40620.003318.4
TkA05G075130PF23177bHLH_IRO3411261.7e-2589.9
TkA05G075130PF24319DUF749143510.008917.0
TkA05G075130PF06005ZapB45500.0005521.1
TkA05G075130PF04977DivIC47570.04214.4
TkA05G075130PF29599Rv0250c52671.99.2
TkA05G075130PF30919CRWN_second_CC631310.1512.2
TkA05G075130PF08172CASP_C741304.47.3
TkA05G075130PF06785UPF0242771371.110.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LT23拟南芥sp|Q9LT23|BH121_ARATH Transcription factor bHLH12156.900%Swiss-Prot中等置信
Q8W2F2拟南芥sp|Q8W2F2|BH011_ARATH Transcription factor bHLH1172.800%Swiss-Prot低置信
Q69V10水稻sp|Q69V10|BH062_ORYSJ Transcription factor BHLH06244.400%Swiss-Prot低置信

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