TkA05G050670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G050670

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 13500503-13506577 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3939 bp · TkA05G050670|TK1151|cDNA

GTTTGTAATAAAATGGCGTTCTAGTTATACCAGTTTTAACCGAACCTTGTCGTCATTTCGATGCATAACCCTTTATGTTTTACTAATTTATTTTTGTGTACATTACCTTGCGCCCGAGTCAACTCAATGAGTCCCATATTCCATCACACCTCAAGAAACACATCGCAACCACGTCCTGCTCAGATCAGCTCTCCCTGAACATTGCCGAAAAACCACCACCACCACCACCACCTTCCTCGTCCTCCATCTACCTCCGTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3201 bp · TkA05G050670|TK1151|CDS

ATGGAAGATTACCCGGAAGAAATCCGAACACCACCGGTCACACTAGTATCTATCGTCGGTCACCAAGACCTCCATGCCACGATCTCAACTCACCTCCACTCCGAACAACCGCCGATCAATACACTCGCATTGCCAGATTTTTCCAAGATCTCCGTTATAGCCAAAACCCCTAAGGAAAAAGAAAATCAATTGCCGTCAAGTTTCACTTCTAGCGGCATTCTAAAAAGAGATTGGCTCTCGAAGCATCGTACTAGGGTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1066 aa · TkA05G050670|TK1151|PROTEIN

MEDYPEEIRTPPVTLVSIVGHQDLHATISTHLHSEQPPINTLALPDFSKISVIAKTPKEKENQLPSSFTSSGILKRDWLSKHRTRVPAVVAALFDSDQLSGDPALWQQVCTDIENLKAVIKGRNIKLVVVVVVRFNSRDKPWSLPFRLGGIFAELAVNFYRDEGRRVKMRLEKKNYSSIEFNIRYCFKVAIYAEFRRDWVEALRMYEDGYHALREMIGTSTRLPAIQRLVEIKAVAEQLHFKISTLLLHGGKVVEAIRWF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G050670`
TK1151 ID	TkA05G050670
OH-1004 ID	LXL04_019423
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.311 / OH-1004 98.107 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G050670`
位置	Chr05:13500503-13506577 (+)
描述	Similar to TRAPPC11: Trafficking protein particle complex subunit 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_019423` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006487 protein N-linked glycosylation 生物过程 GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0007030 Golgi organization 生物过程 GO:0009306 protein secretion 生物过程 GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0045054 constitutive secretory pathway 生物过程 GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程 GO:0055088 lipid homeostasis 生物过程 GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程 GO:0099022 vesicle tethering 生物过程 GO:1905897 regulation of response to endoplasmic reticulum stress 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:537211 gga:428748 hsa:60684 mmu:320714 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529

排名 1 · TkA05G050670 · TK1151

高尔基体0.235

排名 2 · TkA05G050670 · TK1151

细胞核0.225

排名 3 · TkA05G050670 · TK1151

内质网0.137

排名 4 · TkA05G050670 · TK1151

溶酶体／液泡0.109

排名 5 · TkA05G050670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29907TRAPPC11_N71-133 aa

PF11817Foie-gras_1228-465 aa

PF22860DUF7017421-472 aa

PF28382DUF8387451-474 aa

PF30053Ig_TRAPPC11_3rd504-536 aa

PF28382DUF8387650-799 aa

PF30053Ig_TRAPPC11_3rd890-933 aa

PF12742Gryzun-like939-1033 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G050670	`PF29907`	TRAPPC11_N	71	133	1.7e-06	28.4
TkA05G050670	`PF11817`	Foie-gras_1	228	465	7.8e-48	164.1
TkA05G050670	`PF22860`	DUF7017	421	472	0.2	12.4
TkA05G050670	`PF28382`	DUF8387	451	474	1.1e-70	237.0
TkA05G050670	`PF30053`	Ig_TRAPPC11_3rd	504	536	0.033	14.7
TkA05G050670	`PF28382`	DUF8387	650	799	1.1e-70	237.0
TkA05G050670	`PF30053`	Ig_TRAPPC11_3rd	890	933	0.033	14.7
TkA05G050670	`PF12742`	Gryzun-like	939	1033	2.1e-14	54.1
TkA05G050670	`PF12584`	TRAPPC10_C	980	1023	0.055	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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