TkA05G043310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G043310

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 11511776-11515652 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1897 bp · TkA05G043310|TK1151|cDNA

AGAAGAAAAAATTCCCAATTGAACTCCAGTTCAGTGGAGTTGCCCCAAAGGATCGAAAGGATCACAGCCCTCGTTTGTCGTCATTATCATCAATTAGGTCGTAATCAGCAGCTGATGCTACTGGTTATGGAGGGGTTTGGTGGTAGCGGTGGTAGCAGAAATAGGAGAATTTCGATGGCGAGCAGCTCGAGTAGAGGTGGGAATAGACCGCCACCGCTGTGCAATGGTCGGAGGAGAGTAGTTGCAACAAAGAAGCGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1581 bp · TkA05G043310|TK1151|CDS

AGAAGAAAAAATTCCCAATTGAACTCCAGTTCAGTGGAGTTGCCCCAAAGGATCGAAAGGATCACAGCCCTCGTTTGTCGTCATTATCATCAATTAGGTCGTAATCAGCAGCTGATGCTACTGGTTATGGAGGGGTTTGGTGGTAGCGGTGGTAGCAGAAATAGGAGAATTTCGATGGCGAGCAGCTCGAGTAGAGGTGGGAATAGACCGCCACCGCTGTGCAATGGTCGGAGGAGAGTAGTTGCAACAAAGAAGCGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

526 aa · TkA05G043310|TK1151|PROTEIN

RRKNSQLNSSSVELPQRIERITALVCRHYHQLGRNQQLMLLVMEGFGGSGGSRNRRISMASSSSRGGNRPPPLCNGRRRVVATKKRGWSNPLTVNNSVKKLQRREISSKPDRSSAITKSLHRFRNFRLTERYDIHDPVGQCSLVLPLLMKRAKIIEIVVVHDIVFALASSGVCAAFSRDTNKRICFLNIYPDEVIRSLFYNKNNDSLITVSVYASDNFSSLKCRSIRIEYIQRGKPDEGFPLFESESLKWPGFVEFDDVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G043310`
TK1151 ID	TkA05G043310
OH-1004 ID	LXL04_035929
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.981 / OH-1004 92.149 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G043310`
位置	Chr05:11511776-11515652 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035929` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.541

排名 1 · TkA05G043310 · TK1151

细胞质0.415

排名 2 · TkA05G043310 · TK1151

细胞膜0.056

排名 3 · TkA05G043310 · TK1151

线粒体0.055

排名 4 · TkA05G043310 · TK1151

内质网0.036

排名 5 · TkA05G043310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25463DUF7899114-524 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd147-196 aa

PF23756Beta-prop_HPS5150-209 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz179-224 aa

PF23409Beta-prop_EML182-209 aa

PF00400WD40195-211 aa

PF25174Beta-prop_THOC3254-330 aa

PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd258-330 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G043310	`PF25463`	DUF7899	114	524	1e-215	716.5
TkA05G043310	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	147	196	0.00026	21.0
TkA05G043310	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	150	209	0.0023	17.9
TkA05G043310	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	179	224	0.0012	19.0
TkA05G043310	`PF23409`	Beta-prop_EML	182	209	0.071	13.3
TkA05G043310	`PF00400`	WD40	195	211	0.085	14.2
TkA05G043310	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	254	330	5.9e-05	22.9
TkA05G043310	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	258	330	0.00026	21.0
TkA05G043310	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	260	292	0.035	14.5
TkA05G043310	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	267	330	0.077	12.9
TkA05G043310	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	283	373	0.0012	19.0
TkA05G043310	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	314	395	0.0023	17.9
TkA05G043310	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	315	405	0.077	12.9
TkA05G043310	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	325	440	0.00026	21.0
TkA05G043310	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	335	415	0.0043	17.2
TkA05G043310	`PF23409`	Beta-prop_EML	339	411	0.071	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情