TkA05G018810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G018810

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 5176499-5181847 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3411 bp · TkA05G018810|TK1151|cDNA

ATGTATTTAAATCAAAGAAAGGCAAATAAGCTGCAAAACTCTTCATACGTAGATAGAAACATTCATTGTCAAAATTCAATTTCTTCAACAAACAGCATTTCTAAATGCTATGGCAATGAGAATATAAACCCAAATATTATATTTACATACAGACATCCAATGTTACAATATAAGTCTTCCATTGAGAGAATCCCTTTATCAAACATTACAAATGCGATTTCTAATCCTCAAATACACAGCCCTTATATTGCATCAACCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3411 bp · TkA05G018810|TK1151|CDS

ATGTATTTAAATCAAAGAAAGGCAAATAAGCTGCAAAACTCTTCATACGTAGATAGAAACATTCATTGTCAAAATTCAATTTCTTCAACAAACAGCATTTCTAAATGCTATGGCAATGAGAATATAAACCCAAATATTATATTTACATACAGACATCCAATGTTACAATATAAGTCTTCCATTGAGAGAATCCCTTTATCAAACATTACAAATGCGATTTCTAATCCTCAAATACACAGCCCTTATATTGCATCAACCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1136 aa · TkA05G018810|TK1151|PROTEIN

MYLNQRKANKLQNSSYVDRNIHCQNSISSTNSISKCYGNENINPNIIFTYRHPMLQYKSSIERIPLSNITNAISNPQIHSPYIASTSTQYNLLPTLSTSTPLSEIISNSYFQKLSSGKHNFKRKKTDLGDIPIFDLSSDDEEIDEPIVDDRILPISKDYLDHGDQIIECMVCKAKLWKKEARICNKVKNKTCFSVCCSYGKVQLPEFKEPPPEYINLFRSLHPKSKNFMKNIRCFNSMFSFTSMGGKIDNSINKGKGPYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G018810`
TK1151 ID	TkA05G018810
OH-1004 ID	LXL04_033271
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	73.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.838 / OH-1004 69.055 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G018810`
位置	Chr05:5176499-5181847 (+)
描述	Similar to Pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033271` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程 GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cal:CAALFM_CR07360WA dosa:Os02g0776800 hsa:80119 mmu:208084 rno:367645 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.893

排名 1 · TkA05G018810 · TK1151

细胞质0.169

排名 2 · TkA05G018810 · TK1151

线粒体0.044

排名 3 · TkA05G018810 · TK1151

细胞膜0.013

排名 4 · TkA05G018810 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA05G018810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05970PIF1152-179 aa

PF14214Helitron_like_N334-360 aa

PF23343REP_ORF2-G2P343-374 aa

PF20199RepSA345-362 aa

PF01656CbiA566-675 aa

PF01656CbiA722-752 aa

PF05970PIF1801-869 aa

PF13604AAA_30801-862 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G018810	`PF05970`	PIF1	152	179	2e-25	90.4
TkA05G018810	`PF14214`	Helitron_like_N	334	360	1.2e-05	26.4
TkA05G018810	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	343	374	0.0045	17.9
TkA05G018810	`PF20199`	RepSA	345	362	0.18	11.7
TkA05G018810	`PF01656`	CbiA	566	675	0.14	12.8
TkA05G018810	`PF01656`	CbiA	722	752	0.14	12.8
TkA05G018810	`PF05970`	PIF1	801	869	2e-25	90.4
TkA05G018810	`PF13604`	AAA_30	801	862	0.011	16.3
TkA05G018810	`PF25201`	nSTAND6	815	855	0.1	13.4
TkA05G018810	`PF13191`	AAA_16	817	848	0.1	13.8
TkA05G018810	`PF13481`	AAA_25	818	850	0.016	15.6
TkA05G018810	`PF07728`	AAA_5	825	854	0.11	13.2
TkA05G018810	`PF01656`	CbiA	826	853	0.14	12.8
TkA05G018810	`PF25201`	nSTAND6	924	952	0.1	13.4
TkA05G018810	`PF21530`	Pif1_2B_dom	975	1019	2.1e-18	66.5
TkA05G018810	`PF02689`	Herpes_Helicase	1061	1109	3.4e-05	22.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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