TkA05G015260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G015260

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 4299493-4307629 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5700 bp · TkA05G015260|TK1151|cDNA

TATATTTTCGAAAGTTTTCACTAAAAGTAGTTTAAGTTACATTTGCTGCTCTTGCTTCTTGTGGCTACTCTGAAACGACGAGAGGAGAAAGAGTTTAAGGGGTTTAGGCTCCCTGAAATGACGAGCGAAGAAATGGTTTAGGGTTTCCTCTTGTTTTTTTATCAATTCCAAACACCTGCAAGTAAGTATGTTAGTCTCTCAGATGCTCCTTTGAACACGAAGACAGCGGCTGATGCCGCCATTACCAATGGTGTGGAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · TkA05G015260|TK1151|CDS

ATGCCGCCATTACCAATGGTGTGGAGGCGCTTCCTTTGCACCCAGACATCTAACTTCTCCTTCAACAAAAAACCCGGCGGTGGCCGCCGTCTTCAATGGCCTATAAAACAGGTTACTAAGTCCAATTTCTTAAATTCACTCGATGAAATTAAGAACCATATAGCGGACTCAGATTTCGTGGCGGTTTCGTTGAAGTGCACGGGCTCTTACTCGTCCCCATGGCATCGAATTCTGCCCTTCGACACCCCTGAAATCGCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · TkA05G015260|TK1151|PROTEIN

MPPLPMVWRRFLCTQTSNFSFNKKPGGGRRLQWPIKQVTKSNFLNSLDEIKNHIADSDFVAVSLKCTGSYSSPWHRILPFDTPEIAYLKAKYAAERFQILQLAVCPFSIRASNKLTAHPFNFHLFPRDELKIGMPCYSFSCQPSYLASMARDDFDFNVCIYDGISYLSRAQESAAKSKIGNPVSSDYVAQSPSSRSVADNVFVERIKSKVGHWISACTRSVTKTDDALVNSLRKLILGGEDYGSRPSLNIDVCSERQVQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G015260`
TK1151 ID	TkA05G015260
OH-1004 ID	LXL04_019053
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G015260

位置 Chr05:4299493-4307629 (+)

描述 Similar to At3g25430: Poly(A)-specific ribonuclease PARN-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25430`	3'-外切核糖核酸酶，偏爱 mRNA 的聚 (A) 尾，从而有效降解聚 (A) 尾。	暂无已核实直接文献
`At1g55870`	3'-外切核糖核酸酶，偏爱 mRNA 的聚尾，从而有效降解聚尾。	AtPARN is an essential poly(A) ribonuclease in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.gene.2003.11.028 mRNA deadenylation by PARN is essential for embryogenesis in higher plants.2004 · DOI: 10.1261/rna.7540204 Analysis of ABA hypersensitive germination2 revealed the pivotal functions of PARN in stress response in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02589.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019053 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0000495 box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007292 female gamete generation 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55870

ath:AT3G25430

hsa:5073

pon:100172259

xla:394409

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.262

排名 1 · TkA05G015260 · TK1151

细胞质0.254

排名 2 · TkA05G015260 · TK1151

线粒体0.233

排名 3 · TkA05G015260 · TK1151

质体0.201

排名 4 · TkA05G015260 · TK1151

过氧化物酶体0.058

排名 5 · TkA05G015260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04857CAF138-416 aa

PF28940RRM_PARN_C220-262 aa

PF28940RRM_PARN_C487-589 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G015260	`PF04857`	CAF1	38	416	3.4e-67	227.7
TkA05G015260	`PF28940`	RRM_PARN_C	220	262	5.7e-07	30.5
TkA05G015260	`PF28940`	RRM_PARN_C	487	589	5.7e-07	30.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4C3`	拟南芥	sp\|Q8W4C3\|PARNL_ARATH Poly(A)-specific ribonuclease PARN-like	50.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LG26`	拟南芥	sp\|Q9LG26\|PARN_ARATH Poly(A)-specific ribonuclease PARN	26.300%	Swiss-Prot	低置信

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