RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G012680
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 3609619-3610695 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1077 bp · TkA05G012680|TK1151|cDNA

ATGTCTCGCGCTGGGGTCTACCCAGATACATACACGCTGCCCGTTATTCTAACATCCATCTCTCAGAAAAACGACATTTCAATCATCACACAGTTTCACACGGTTGCTAAAAAACACGGGTTAGATACGAATTTGTTTTGCGAGAGTGGGTTCATTAGACTGTACGCCAAAGCGGGTGAATTCAACAACGCACGTAAACTGTTCGACGAAAGTCCTGAGAGAAACCTCGGTTCTTGGAATGCTATTATAGGCGGGTTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA05G012680|TK1151|CDS

ATGTCTCGCGCTGGGGTCTACCCAGATACATACACGCTGCCCGTTATTCTAACATCCATCTCTCAGAAAAACGACATTTCAATCATCACACAGTTTCACACGGTTGCTAAAAAACACGGGTTAGATACGAATTTGTTTTGCGAGAGTGGGTTCATTAGACTGTACGCCAAAGCGGGTGAATTCAACAACGCACGTAAACTGTTCGACGAAAGTCCTGAGAGAAACCTCGGTTCTTGGAATGCTATTATAGGCGGGTTATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

358 aa · TkA05G012680|TK1151|PROTEIN

MSRAGVYPDTYTLPVILTSISQKNDISIITQFHTVAKKHGLDTNLFCESGFIRLYAKAGEFNNARKLFDESPERNLGSWNAIIGGLSKSGRAREAVNMFLELKRSGLAPDDVTMVSVTSACGSLGDLGLSLQLHKCVLQAKTLEKSDLLMLNSLIDMYGKCGRMDLANIIFSRMKEKNVSSYTSLIVGYATHGPINKALDCFNTMRSEQKTSPNGVTFVGVLTACVHGGFVEKGRDYFKMMKDEYGIEPWLEHYGCMVDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G012680
TK1151 IDTkA05G012680
OH-1004 IDLXL04_019031
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 76.660
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G012680
位置Chr05:3609619-3610695 (-)
描述Similar to PCMP-E21: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77170, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g77170 含五基重复肽的蛋白 At1g77170，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At1g59720 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g05240 推定含有五个三肽重复序列的蛋白 At3g05240。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019031 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G59720
ath:AT1G77170
ath:AT2G02980
ath:AT4G21065
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.711
排名 1 · TkA05G012680 · TK1151
质体0.121
排名 2 · TkA05G012680 · TK1151
细胞核0.061
排名 3 · TkA05G012680 · TK1151
细胞质0.027
排名 4 · TkA05G012680 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA05G012680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-18 aa
PF13812PPR_31-41 aa
PF12854PPR_15-12 aa
PF23276TPR_2416-42 aa
PF17177PPR_long29-116 aa
PF29070MSC6_N49-96 aa
PF14559TPR_1951-75 aa
PF01535PPR52-75 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G012680PF13041PPR_21187.7e-32109.9
TkA05G012680PF13812PPR_31411.2e-1042.1
TkA05G012680PF12854PPR_15122.2e-1660.0
TkA05G012680PF23276TPR_2416423.6e-0524.4
TkA05G012680PF17177PPR_long291160.0002821.1
TkA05G012680PF29070MSC6_N49960.01515.1
TkA05G012680PF14559TPR_1951750.003718.3
TkA05G012680PF01535PPR52752.4e-39131.6
TkA05G012680PF13041PPR_252707.7e-32109.9
TkA05G012680PF12854PPR_152702.2e-1660.0
TkA05G012680PF20431E_motif55651.5e-1764.3
TkA05G012680PF22330Rib_mS39_PPR61880.01615.6
TkA05G012680PF13041PPR_2751217.7e-32109.9
TkA05G012680PF12854PPR_175992.2e-1660.0
TkA05G012680PF13812PPR_3751221.2e-1042.1
TkA05G012680PF01535PPR781072.4e-39131.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3ECB8拟南芥sp|Q3ECB8|PP128_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77170, mitochondrial62.000%Swiss-Prot高置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic39.800%Swiss-Prot中等置信
Q0WQW5拟南芥sp|Q0WQW5|PPR85_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g59720, chloroplastic/mitochondrial41.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial33.900%Swiss-Prot中等置信
Q9MA95拟南芥sp|Q9MA95|PP214_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0524039.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看