TkA05G011420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G011420

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 3267463-3268277 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

627 bp · TkA05G011420|TK1151|cDNA

ATGCTAATTAAATTGGTTCCAGGGAACTCTGCAGGAACTGTCACAGCATATTATCTTTCATCTACGGGTGACTATCATGATGAAATCGACTTTGAGTTCTTAGGGAATTCATCCGGAGAACCTTACACCATGCACACAAACATCTTCACACAAGGAAAAGGAAACAGGGAGCAACAATTTAAGTTGTGGTTTGATCCAACTTCCGATTTTCACAACTACACCATTCACTGGAACCCAACCGCAGTTGTGTGGTATGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · TkA05G011420|TK1151|CDS

ATGCTAATTAAATTGGTTCCAGGGAACTCTGCAGGAACTGTCACAGCATATTATCTTTCATCTACGGGTGACTATCATGATGAAATCGACTTTGAGTTCTTAGGGAATTCATCCGGAGAACCTTACACCATGCACACAAACATCTTCACACAAGGAAAAGGAAACAGGGAGCAACAATTTAAGTTGTGGTTTGATCCAACTTCCGATTTTCACAACTACACCATTCACTGGAACCCAACCGCAGTTGTGTGGTATGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · TkA05G011420|TK1151|PROTEIN

MLIKLVPGNSAGTVTAYYLSSTGDYHDEIDFEFLGNSSGEPYTMHTNIFTQGKGNREQQFKLWFDPTSDFHNYTIHWNPTAVVWYVDSIPIRVYRNYIHEGVGFPNQQGMQVYSSLWNADNWATRGGLVKIDWNCAPFMAGLRKFNARACKWNGPLSIFQCAFPTQQLSTEQQGQLKWVRDNYMIYNYCTDYKRFNGKMAPECYKPQY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G011420`
TK1151 ID	TkA05G011420
OH-1004 ID	LXL04_019016
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 74.914 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G011420

位置 Chr05:3267463-3268277 (+)

描述 Similar to XTH26: Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28850`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献
`At4g25810`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献
`At5g57550`	催化木葡聚糖内水解 (XEH) 和/或内转糖基化 (XET)。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019016 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0070726 cell wall assembly 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25810

ath:AT4G28850

ath:AT5G57550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.487

排名 1 · TkA05G011420 · TK1151

细胞质0.193

排名 2 · TkA05G011420 · TK1151

溶酶体／液泡0.168

排名 3 · TkA05G011420 · TK1151

内质网0.136

排名 4 · TkA05G011420 · TK1151

细胞核0.087

排名 5 · TkA05G011420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00722Glyco_hydro_163-134 aa

PF06955XET_C165-203 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G011420	`PF00722`	Glyco_hydro_16	3	134	4e-50	170.4
TkA05G011420	`PF06955`	XET_C	165	203	5.3e-19	68.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVV2`	拟南芥	sp\|Q9SVV2\|XTH26_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 26	61.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q38910`	拟南芥	sp\|Q38910\|XTH23_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 23	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q38907`	拟南芥	sp\|Q38907\|XTH25_ARATH Probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 25	58.700%	Swiss-Prot	高置信

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