TkA05G008410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G008410

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 2467207-2472076 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2478 bp · TkA05G008410|TK1151|cDNA

GAGGAACAAAACTACGAAAGGAGGAAGCCTCTATTTTGCTCCTCTTTTTTCCCCCTTTTCGATTTTTCATCAATTTTTCACATCCAAATTAATTTCGTCTTTCATCATAATCACTGGCTTCCTATGCTTTCACGACGCTGGGTGGATCGGCCTTGTGGTGATTTGAGGCAAATCTTTGGCGAATTCAAGTTGTGAATCTGAGCTGTTGGAGTTGAGTGATAGAAGCTTTTGATGATTTTTGTTCTCGGTTTTCTCTGGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · TkA05G008410|TK1151|CDS

ATGGAGAAAGGTGAAGGCGGAGGGGATTCGAATTTCCCTCCGAAAATTACTCAAACCGAGGCTGCAGCGGCAGCGCCGCCGACGCCAGTGACGGATTTCCCGGCGGCAAAGAAGCTCGCGCGTCAGCTGGATTTTAATAGTGTTGGTGGCAGTGCATCAGTTACGGCGACTACTGTTGTTTTCCCGGAGCAACCTCAAAGGATGGTGGTTGGACAGATGCAACAGCCACCGCCGTCTCCATCACAGCCAAGGCTGCCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

598 aa · TkA05G008410|TK1151|PROTEIN

MEKGEGGGDSNFPPKITQTEAAAAAPPTPVTDFPAAKKLARQLDFNSVGGSASVTATTVVFPEQPQRMVVGQMQQPPPSPSQPRLPPPQPQPQPQLHPQPHPIPLNPTMQQSHASTTHQQPPIRPVKIESPKARPRQNIETKDATPKKQKQCNCKHSRCLKLYCECFASGIYCDGCNCVNCHNNVDNEAARRDAVEATLERNPNAFRPKIASSPHGTRDHNREEAGEVVVIGKHNKGCNCKKSGCLKKYCECFQANILCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G008410`
TK1151 ID	TkA05G008410
OH-1004 ID	LXL04_027978
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	57.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.833 / OH-1004 99.826 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G008410

位置 Chr05:2467207-2472076 (-)

描述 Similar to TCX5: Protein tesmin/TSO1-like CXC 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29000`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g20110`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g25790`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007307 eggshell chorion gene amplification 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0031523 Myb complex 细胞组分

GO:0070176 DRM complex 细胞组分

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20110

ath:AT3G16160

ath:AT4G29000

ath:AT5G25790

dme:Dmel_CG6061

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA05G008410 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA05G008410 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA05G008410 · TK1151

内质网0.012

排名 4 · TkA05G008410 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA05G008410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03638TCR149-184 aa

PF16682MSL2-CXC154-184 aa

PF03638TCR236-270 aa

PF16682MSL2-CXC237-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G008410	`PF03638`	TCR	149	184	2e-24	86.3
TkA05G008410	`PF16682`	MSL2-CXC	154	184	2.2	9.2
TkA05G008410	`PF03638`	TCR	236	270	2e-24	86.3
TkA05G008410	`PF16682`	MSL2-CXC	237	270	2.2	9.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZD1`	拟南芥	sp\|Q9SZD1\|TCX5_ARATH Protein tesmin/TSO1-like CXC 5	52.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SL70`	拟南芥	sp\|Q9SL70\|TCX6_ARATH Protein tesmin/TSO1-like CXC 6	55.800%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JY84`	拟南芥	sp\|F4JY84\|TCX7_ARATH Protein tesmin/TSO1-like CXC 7	40.800%	Swiss-Prot	中等置信

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