RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G004060
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1222891-1224842 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1212 bp · TkA05G004060|TK1151|cDNA

GGGAGCCCCTGGAATGTAAACCGTGTCTCACACGGCTACAAACTTACACAACACAATCCCCCCTTTCAGTTCCTTCTTATTCCCAATTCTCTCTCGATTTTCATCCCACCTCAAACTTACAGAGACGTGGTCTCCCAGCGCCTGATAAACAACGCGAGAAACTGTGAATTCAGTCAATTTATAAGAACCCTTTTCGACTGTCTGCAAATTAATCTGCATATATTCATATGCACACTGATTTGCATCTGTAAACTTTCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · TkA05G004060|TK1151|CDS

ATGCGAAACTCAATCGGAGACGATGAATCATTCGACTGTCGTATTCTGAAGCAGAAAGCTCGTCTCCCTCTTCCAGTTGATAGTTTCATCGATCTCGAGGATAGTGACGAGGAGGAGGAAGAATCGGATTTGGAAATTGGATGCCCTTATTGCTCAGAGGGATTCGATGCCCTAGGTTTGTGTGTTCATCTCGAGGATCAACATCCAATTGAAATCAAGTCGGGGGTATGTCCTCTTTGTGCTACTAACATGGGAAGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

216 aa · TkA05G004060|TK1151|PROTEIN

MRNSIGDDESFDCRILKQKARLPLPVDSFIDLEDSDEEEEESDLEIGCPYCSEGFDALGLCVHLEDQHPIEIKSGVCPLCATNMGRNMISHLIIQHESILRGFCKRKVYDDESFSIMSLLRKKLQEHSKSLQKESMSSVTSSSNNSATDPLLLSFVYNPPKTQDPQIVHQSTEPNLLSKDDTSDCDIPACKEQEEKAEKSDFIQTILLSTIFPDNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G004060
TK1151 IDTkA05G004060
OH-1004 IDLXL04_018916
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G004060
位置Chr05:1222891-1224842 (-)
描述Similar to DI19-7: Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05700 脱水诱导蛋白19同源物3。 暂无已核实直接文献
At3g06760 蛋白质脱水诱导19同源物4。 暂无已核实直接文献
At5g26990 蛋白 DEHYDRATION-INDUCED 19 同源物 6。 暂无已核实直接文献
At5g49230 参与红光和蓝光信号传输。
HYPERSENSITIVE TO RED AND BLUE 1, a ZZ-type zinc finger protein, regulates phytochrome B-mediated red and cryptochrome-mediated blue light responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.029165

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0358000 脱水诱导蛋白19同源物2。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018916 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程
GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990578 perinuclear endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G05700
ath:AT3G06760
ath:AT4G02200
ath:AT5G49230
dosa:Os05g0358000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.660
排名 1 · TkA05G004060 · TK1151
细胞质0.419
排名 2 · TkA05G004060 · TK1151
细胞膜0.031
排名 3 · TkA05G004060 · TK1151
内质网0.029
排名 4 · TkA05G004060 · TK1151
线粒体0.028
排名 5 · TkA05G004060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14369Zn_ribbon_1941-55 aa
PF24110DUF738545-83 aa
PF05605zf-Di1947-96 aa
PF04423Rad50_zn_hook48-56 aa
PF13894zf-C2H2_448-68 aa
PF04423Rad50_zn_hook74-101 aa
PF14369Zn_ribbon_1976-81 aa
PF13894zf-C2H2_477-96 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G004060PF14369Zn_ribbon_1941550.2112.5
TkA05G004060PF24110DUF738545830.09113.2
TkA05G004060PF05605zf-Di1947962.1e-1970.2
TkA05G004060PF04423Rad50_zn_hook48560.07813.5
TkA05G004060PF13894zf-C2H2_448680.2712.8
TkA05G004060PF04423Rad50_zn_hook741010.07813.5
TkA05G004060PF14369Zn_ribbon_1976810.2112.5
TkA05G004060PF13894zf-C2H2_477960.2712.8
TkA05G004060PF05605zf-Di191121302.1e-1970.2
TkA05G004060PF14571Di19_C1172113.3e-1247.5
TkA05G004060PF04423Rad50_zn_hook1181340.07813.5
TkA05G004060PF13894zf-C2H2_41221290.2712.8
TkA05G004060PF24110DUF73851861920.09113.2
TkA05G004060PF05605zf-Di191891932.1e-1970.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84J70拟南芥sp|Q84J70|DI193_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 332.900%Swiss-Prot中等置信
Q8VXU6拟南芥sp|Q8VXU6|DI194_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 433.900%Swiss-Prot中等置信
Q6NM26拟南芥sp|Q6NM26|DI196_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 631.300%Swiss-Prot中等置信
Q9FJ17拟南芥sp|Q9FJ17|DI197_ARATH Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 733.700%Swiss-Prot中等置信
Q5W794水稻sp|Q5W794|DI192_ORYSJ Protein DEHYDRATION-INDUCED 19 homolog 238.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看