TkA05G003450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G003450

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 1016887-1021301 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2089 bp · TkA05G003450|TK1151|cDNA

TTACCCCCTAGCCCCCCTACAGATACACAGTTTCCTCTTATATATCCCACCATATCTCCAATCCCTGTCTTGTCCCATTGTGCATTTACAATTCCACCTTCCACCACCATGCATACCAATCTTACTTCAGAAACCCACAAACGCCGTCGTTTGATAATGCTCGTTATGCCATTATCAGCCCTCCTTTTACTAGCACTCACTGTTTCTTCTTTCCTTACATTTACAAATCACCACCCGTCACTTTCATTATTTGCGAGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1845 bp · TkA05G003450|TK1151|CDS

TTACCCCCTAGCCCCCCTACAGATACACAGTTTCCTCTTATATATCCCACCATATCTCCAATCCCTGTCTTGTCCCATTGTGCATTTACAATTCCACCTTCCACCACCATGCATACCAATCTTACTTCAGAAACCCACAAACGCCGTCGTTTGATAATGCTCGTTATGCCATTATCAGCCCTCCTTTTACTAGCACTCACTGTTTCTTCTTTCCTTACATTTACAAATCACCACCCGTCACTTTCATTATTTGCGAGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

614 aa · TkA05G003450|TK1151|PROTEIN

LPPSPPTDTQFPLIYPTISPIPVLSHCAFTIPPSTTMHTNLTSETHKRRRLIMLVMPLSALLLLALTVSSFLTFTNHHPSLSLFARRPTSHLHIHKRLQTENAKLQCAGALYHDLCISTLTRIVPDLSSKSLPDIISATVSETISDVRSTDFNVTNIRRKLPHLTLLEIRALEDCHSLFLDTVSQLKSAVSDLSKSSSSKYNNFRTMLSAAMTNQDTCLDGFAGSKSEVKISRHFRKALKGISRQVSNSLALLKKINGTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G003450`
TK1151 ID	TkA05G003450
OH-1004 ID	LXL04_018901
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.254 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G003450

位置 Chr05:1016887-1021301 (+)

描述 Similar to PME40: Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02320`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At4g02300`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At1g53830`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0004857 enzyme inhibitor activity 分子功能

GO:0030599 pectinesterase activity 分子功能

GO:0046910 pectinesterase inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02300

ath:AT4G02320

sly:544016

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.295

排名 1 · TkA05G003450 · TK1151

细胞膜0.283

排名 2 · TkA05G003450 · TK1151

溶酶体／液泡0.139

排名 3 · TkA05G003450 · TK1151

内质网0.138

排名 4 · TkA05G003450 · TK1151

细胞质0.121

排名 5 · TkA05G003450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043PMEI107-252 aa

PF20669Exo70_N179-213 aa

PF01095Pectinesterase295-592 aa

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim316-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G003450	`PF04043`	PMEI	107	252	3.7e-26	92.8
TkA05G003450	`PF20669`	Exo70_N	179	213	0.014	16.3
TkA05G003450	`PF01095`	Pectinesterase	295	592	1.9e-143	477.3
TkA05G003450	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	316	370	0.033	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81301`	拟南芥	sp\|O81301\|PME40_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 40	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`O81415`	拟南芥	sp\|O81415\|PME39_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 39	54.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q42534`	拟南芥	sp\|Q42534\|PME2_ARATH Pectinesterase 2	48.200%	Swiss-Prot	中等置信

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