TkA05G003290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G003290

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 981407-985447 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2914 bp · TkA05G003290|TK1151|cDNA

ATCTGGTCACCTACAGGCTACAGGCTACATCACCCGCTGCCAGCTCTCCAATATTTCTCTCATAAATATATTTCGTGTCTAACGTCTCCGTTAATCATTCACTGACGGTAACTCTTTTGTCGGAGAAAAGAAACCGCAACGAAAGTCGATGAACTCATCCAAAACACGCCGGAAAGTCGTCATCGCGTCGGCGGAGAATGGAGACTCTGGCGACAAGCTCGACCAGCTCCTCCTATCCTCCGCCATATCCAACGGCGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2421 bp · TkA05G003290|TK1151|CDS

ATGAACTCATCCAAAACACGCCGGAAAGTCGTCATCGCGTCGGCGGAGAATGGAGACTCTGGCGACAAGCTCGACCAGCTCCTCCTATCCTCCGCCATATCCAACGGCGAGGACTTATCCCCTTTCATCCGTAAAACCTTCGCCTCGGGTAAGCCTGAAACCCTACTCCACCACCTCCGTCATTTCTGCAGATCCAAAGAGGCTGAGATCGAAGAAGTCTGCAAGGTTCATTATCAGGACTTCATAATGGCTGTCGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

806 aa · TkA05G003290|TK1151|PROTEIN

MNSSKTRRKVVIASAENGDSGDKLDQLLLSSAISNGEDLSPFIRKTFASGKPETLLHHLRHFCRSKEAEIEEVCKVHYQDFIMAVDDLRSLLSGVEALKSNISSSNSQLQSVAGPLLTSLDSFIEARNKCQNISLAIESLRICVRLMELCSRVNFHMSKNNFYMALKSIDSIERDFIQKTPSSTLRRMLEKNIPAIRAHIERRIGKEFGDWLVEIRTVSRNLGQVAIGQASAGRQREEELRIRQRQAEEQSRLSVRDTVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G003290`
TK1151 ID	TkA05G003290
OH-1004 ID	LXL04_018898
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.752 / OH-1004 81.707 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G003290

位置 Chr05:981407-985447 (-)

描述 Similar to SEC15B: Exocyst complex component SEC15B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02350`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	The Arabidopsis exocyst complex is involved in cytokinesis and cell plate maturation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.074351
`At3g56640`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018898 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程

GO:0090148 membrane fission 生物过程

GO:0090522 vesicle tethering involved in exocytosis 生物过程

GO:0000145 exocyst 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G56640

ath:AT4G02350

hsa:23233

mmu:75914

rno:50556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531

排名 1 · TkA05G003290 · TK1151

高尔基体0.435

排名 2 · TkA05G003290 · TK1151

细胞膜0.178

排名 3 · TkA05G003290 · TK1151

溶酶体／液泡0.162

排名 4 · TkA05G003290 · TK1151

细胞核0.112

排名 5 · TkA05G003290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10474Syndetin_C52-129 aa

PF01843DIL56-101 aa

PF20355DUF665057-91 aa

PF20651EXOC6_Sec15_N58-227 aa

PF08700VPS51_Exo84_N65-112 aa

PF10392COG5_N67-152 aa

PF12022COG2_C72-112 aa

PF14837INTS5_N100-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G003290	`PF10474`	Syndetin_C	52	129	1.3e-05	25.6
TkA05G003290	`PF01843`	DIL	56	101	0.014	16.3
TkA05G003290	`PF20355`	DUF6650	57	91	0.18	12.4
TkA05G003290	`PF20651`	EXOC6_Sec15_N	58	227	1.8e-45	155.7
TkA05G003290	`PF08700`	VPS51_Exo84_N	65	112	0.017	15.9
TkA05G003290	`PF10392`	COG5_N	67	152	0.094	13.7
TkA05G003290	`PF12022`	COG2_C	72	112	0.076	13.3
TkA05G003290	`PF14837`	INTS5_N	100	151	0.051	13.8
TkA05G003290	`PF20355`	DUF6650	166	200	0.18	12.4
TkA05G003290	`PF01843`	DIL	363	405	0.014	16.3
TkA05G003290	`PF10474`	Syndetin_C	364	396	1.3e-05	25.6
TkA05G003290	`PF10392`	COG5_N	386	445	0.094	13.7
TkA05G003290	`PF12022`	COG2_C	422	455	0.076	13.3
TkA05G003290	`PF04091`	Sec15_C	423	769	6e-90	302.8
TkA05G003290	`PF14837`	INTS5_N	597	678	0.051	13.8
TkA05G003290	`PF20355`	DUF6650	611	647	0.18	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JHH5`	拟南芥	sp\|F4JHH5\|SC15B_ARATH Exocyst complex component SEC15B	70.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LXX6`	拟南芥	sp\|Q9LXX6\|SC15A_ARATH Exocyst complex component SEC15A	47.400%	Swiss-Prot	中等置信

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