RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G001950
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 543964-545235 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

609 bp · TkA05G001950|TK1151|cDNA

ATGTCACACAATGAATTCACCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAACAAAATCTTCAAATACAAATTTGTTCATTTAGGAGGACACGAAGTTGACACCAGTAGCTGGAGTGCCACTCCCTATATAAAAAAGTGGTTAGAACAAAAAGGATTTAACGAATCCCAAGCATACGAATACTTTGAGGAAACTTTCAACAACTTTGGTAGTAAACTTGACAGAAAAAACGGGGTTCATAACTGGCTTTGGAGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA05G001950|TK1151|CDS

ATGTCACACAATGAATTCACCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAACAAAATCTTCAAATACAAATTTGTTCATTTAGGAGGACACGAAGTTGACACCAGTAGCTGGAGTGCCACTCCCTATATAAAAAAGTGGTTAGAACAAAAAGGATTTAACGAATCCCAAGCATACGAATACTTTGAGGAAACTTTCAACAACTTTGGTAGTAAACTTGACAGAAAAAACGGGGTTCATAACTGGCTTTGGAGTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

202 aa · TkA05G001950|TK1151|PROTEIN

MSHNEFTFKLINGVLSDFNKIFKYKFVHLGGHEVDTSSWSATPYIKKWLEQKGFNESQAYEYFEETFNNFGSKLDRKNGVHNWLWSGVAMKVVESRLREVVDKCWEACKYSSINYRFSKQKFQIRNLEADNWFKVHPELESRNSIPKPLICPSKKGSCGCTRFQLLEGNKVCHDYQEIKIQESTQVLGVGVEGFYYNAHDFE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G001950
TK1151 IDTkA05G001950
OH-1004 IDLXL04_018862
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)86.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G001950
位置Chr05:543964-545235 (+)
描述Similar to HEXO3: Beta-hexosaminidase 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65590 具有广泛的底物特异性。
Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200
Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162
Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020
At2g14050 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: B8B406 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献
Os06g0218500 可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018862 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006491 N-glycan processing 生物过程
GO:0030203 glycosaminoglycan metabolic process 生物过程
GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65590
ath:AT2G14050
ath:AT3G55260
dosa:Os06g0218500
osa:4340503
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.321
排名 1 · TkA05G001950 · TK1151
细胞外0.289
排名 2 · TkA05G001950 · TK1151
细胞核0.161
排名 3 · TkA05G001950 · TK1151
内质网0.079
排名 4 · TkA05G001950 · TK1151
线粒体0.079
排名 5 · TkA05G001950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00728Glyco_hydro_204-110 aa
PF18735HEPN_RiboL-PSP6-72 aa
PF18735HEPN_RiboL-PSP108-125 aa
PF17207MCM_OB112-190 aa
PF07610DUF1573117-165 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G001950PF00728Glyco_hydro_2041101.1e-1042.1
TkA05G001950PF18735HEPN_RiboL-PSP6720.3711.4
TkA05G001950PF18735HEPN_RiboL-PSP1081250.3711.4
TkA05G001950PF17207MCM_OB1121900.0002521.5
TkA05G001950PF07610DUF15731171650.01815.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L7S6拟南芥sp|Q8L7S6|HEXO3_ARATH Beta-hexosaminidase 351.700%Swiss-Prot低置信
F4IFF3拟南芥sp|F4IFF3|MCM9_ARATH Probable DNA helicase MCM952.900%Swiss-Prot低置信
B8B406水稻sp|B8B406|MCM9_ORYSI Probable DNA helicase MCM952.100%Swiss-Prot低置信
Q69QA6水稻sp|Q69QA6|MCM9_ORYSJ DNA helicase MCM952.100%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看