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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G509820
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 128785379-128788967 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2005 bp · TkA04G509820|TK1151|cDNA

AGATTAACCCGGTTCGCTTTCGATAGCTTATAGCTCCTAAATACGTCTTGGTTTCTTGCGGCTCGTCCTGTAAAGTGTAAACCCCAGAGTGGAAAAATAATAACATTTGCAACGTTGGGTTTCTCATTTCCCTCAACGCAGCAGCGAACAGCGAGGAGTGTCACAGTTCAAGGGTTTCCACAGGTTATATTCGATTGGTTTTGGTAAAAGAAAAAAAAAAAACTTGAGGGAGGGCATGAGTGGCAAACGCAGAAGGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1512 bp · TkA04G509820|TK1151|CDS

ATGAGTGGCAAACGCAGAAGGTCATGGGAGAAAATGGCTCCACACTCAAAATCCAATGATGGTGGTTGGGAAGGGAACTTCAAGAATGATGACATCAGCAGAGGCAGAGATAGGAATATTCGGAGCTTTCATAATGACTGGGAAACACATTATACCACCACCACCCGCAAGCCATACAGGAGCAGGAGTAGAGGCAGAGAGTGGGAAACATATAACAAATCTTGTAGTAATGAATACAGTAGGCGTAGAGATGATGTAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

503 aa · TkA04G509820|TK1151|PROTEIN

MSGKRRRSWEKMAPHSKSNDGGWEGNFKNDDISRGRDRNIRSFHNDWETHYTTTTRKPYRSRSRGREWETYNKSCSNEYSRRRDDVRKEFYGARDQSNSKSRQISNIQCKFFAAGKCYRDDCRFSHHNPRSHDTWQPHDDDEEIHRSHNKPSWDWDDLDNKKRSWNGRPWDHDHDDNKTKSWNGEVNFRDRNDNNHNNYNNGHLNQNANVLDTSGKGQVEIEKSPKKKQEEEEEVVGNLQGRKVAENEQDGNYEKSRSTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G509820
TK1151 IDTkA04G509820
OH-1004 IDLXL04_039155
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)91.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.831 / OH-1004 98.557
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G509820
位置Chr04:128785379-128788967 (+)
描述Similar to At3g18640: Zinc finger CCCH domain-containing protein 38
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18640 含锌指 CCCH 结构域的蛋白 38。 暂无已核实直接文献
At2g33835 转录激活因子，参与 FRIGIDA 介导的春化途径，但不参与自主开花途径。
FRIGIDA-ESSENTIAL 1 interacts genetically with FRIGIDA and FRIGIDA-LIKE 1 to promote the winter-annual habit of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1242/dev.02170
The FRIGIDA complex activates transcription of FLC, a strong flowering repressor in Arabidopsis, by recruiting chromatin modification factors.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.075911

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0135800 含锌指 CCCH 结构域的蛋白 55。 暂无已核实直接文献
Os05g0497500 含锌指CCCH结构域的蛋白质36。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039155 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010220 positive regulation of vernalization response 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G33835
ath:AT3G18640
dosa:Os05g0497500
dosa:Os08g0135800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941
排名 1 · TkA04G509820 · TK1151
细胞质0.134
排名 2 · TkA04G509820 · TK1151
细胞膜0.030
排名 3 · TkA04G509820 · TK1151
内质网0.016
排名 4 · TkA04G509820 · TK1151
线粒体0.012
排名 5 · TkA04G509820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29102Su_sable_N105-133 aa
PF01409tRNA-synt_2d105-129 aa
PF15663zf-CCCH_3106-128 aa
PF14608zf-CCCH_2108-126 aa
PF18044zf-CCCH_4109-126 aa
PF25261zf-CCCH_PARP12109-127 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L109-126 aa
PF00642zf-CCCH109-127 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G509820PF29102Su_sable_N1051330.03615.2
TkA04G509820PF01409tRNA-synt_2d1051290.2411.6
TkA04G509820PF15663zf-CCCH_31061281.1e-0629.4
TkA04G509820PF14608zf-CCCH_21081261.2e-0732.7
TkA04G509820PF18044zf-CCCH_41091260.003417.8
TkA04G509820PF25261zf-CCCH_PARP121091270.008517.0
TkA04G509820PF25585zf-CCCH_DUS3L1091260.01615.9
TkA04G509820PF00642zf-CCCH1091270.02415.3
TkA04G509820PF22623zf-CCCH_91091270.05314.0
TkA04G509820PF18345zf_CCCH_41091260.1113.3
TkA04G509820PF22628zf-CCCH_101091260.7410.1
TkA04G509820PF17807zf-UBP_var1161332.28.8
TkA04G509820PF29102Su_sable_N3113340.03615.2
TkA04G509820PF01409tRNA-synt_2d3113280.2411.6
TkA04G509820PF15663zf-CCCH_33133821.1e-0629.4
TkA04G509820PF22623zf-CCCH_93133370.05314.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LIH5拟南芥sp|Q9LIH5|C3H38_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3853.300%Swiss-Prot低置信
Q84VG7拟南芥sp|Q84VG7|FES1_ARATH Protein FRIGIDA-ESSENTIAL 145.700%Swiss-Prot低置信
Q6YYC0水稻sp|Q6YYC0|C3H55_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 5552.200%Swiss-Prot低置信
Q75K81水稻sp|Q75K81|C3H36_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3654.700%Swiss-Prot低置信

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