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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G506630
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 127995307-128001689 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3015 bp · TkA04G506630|TK1151|cDNA

TTTCGGGTCGGAATATTAGATGACCGACGAAATCACGTCTGTTGATGCTTAGACAAATTCGTTTCTTTCTTATTTTCACCTTTTGAGATTTTTCACACACAAAAAGCCCTAAAATCTTGATTTTGCAAATTTCCGAATTTAAGTCGCGAACAACTGATTGTGGAAGTCGCCATTAAATTTTTCCAAATTCACTTCAAAAGTTTTGGTTTATGATTCATTGATACGATGTTTATGAACCGCCATCATCATCGCAAGCATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2163 bp · TkA04G506630|TK1151|CDS

ATGCCTGTTGGAAGGGATCTAGGGCTTCCAAGCCTGGTGGTCCTGGTAGTGATATTCGTGATATTGCCGGTGGTCGGCTTTGTTATCCGCAGAAAATTGCGACATGCGGCGGCGAGGAACGAGGAGATTAAGAAACTTTTGATATTTGCATCGGAAGAGGCAGCTAGGGCTGAGATTGAGGCTACAGATGGATACTTTTTCACGGCGAACACTAGCTCATCGATTCCTCCTCCAAATTCAGCCTGGGCACCGGCTCCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

720 aa · TkA04G506630|TK1151|PROTEIN

MPVGRDLGLPSLVVLVVIFVILPVVGFVIRRKLRHAAARNEEIKKLLIFASEEAARAEIEATDGYFFTANTSSSIPPPNSAWAPAPESAWVQPRASVPLVSSLKPPYQCAVCFSPTSTRCAKCKAVRYCSGRCQIVHWRQGHKDECRPYVGTKDVATSCLKKEDDKDSNKAKFHEPETDSFTQSASDTSPSEESCAFSSTSRSSAETSSVSSGESDDFVSVQFQSTKVKPSNEDTTSSDFWSGTIDSKKSTIDEPSSNGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G506630
TK1151 IDTkA04G506630
OH-1004 IDLXL04_039137
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.056 / OH-1004 77.872
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G506630
位置Chr04:127995307-128001689 (-)
描述Similar to UBP17: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g65450 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献
At4g24560 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。
Ubiquitin-specific protease16 modulates salt tolerance in Arabidopsis by regulating Na(+)/H(+) antiport activity and serine hydroxymethyltransferase stability.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.106393
UBIQUITIN-SPECIFIC PROTEASE16 interacts with a HEAVY METAL ASSOCIATED ISOPRENYLATED PLANT PROTEIN27 and modulates cadmium tolerance.2013 · DOI: 10.4161/psb.25680
At1g17110 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。
Functional characterization of the Arabidopsis ubiquitin-specific protease gene family reveals specific role and redundancy of individual members in development.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03557.x
The ubiquitin receptor DA1 regulates seed and organ size by modulating the stability of the ubiquitin-specific protease UBP15/SOD2 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.122663
At4g31670 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0244300 识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。
Ubiquitin Specific Protease 15 Has an Important Role in Regulating Grain Width and Size in Rice.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00065
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010154 fruit development 生物过程
GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程
GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048367 shoot system development 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17110
ath:AT2G24640
ath:AT4G24560
ath:AT5G65450
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.411
排名 1 · TkA04G506630 · TK1151
细胞核0.336
排名 2 · TkA04G506630 · TK1151
线粒体0.129
排名 3 · TkA04G506630 · TK1151
细胞膜0.125
排名 4 · TkA04G506630 · TK1151
内质网0.112
排名 5 · TkA04G506630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01753zf-MYND109-146 aa
PF24324MYND_ZMYND11_ZMYD8109-146 aa
PF13423UCH_1171-171 aa
PF00443UCH310-348 aa
PF00443UCH376-627 aa
PF13423UCH_1377-635 aa
PF24324MYND_ZMYND11_ZMYD8384-393 aa
PF01753zf-MYND410-418 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G506630PF01753zf-MYND1091461.4e-0835.4
TkA04G506630PF24324MYND_ZMYND11_ZMYD81091460.01616.0
TkA04G506630PF13423UCH_11711712.3e-1970.9
TkA04G506630PF00443UCH3103485.6e-42144.8
TkA04G506630PF00443UCH3766275.6e-42144.8
TkA04G506630PF13423UCH_13776352.3e-1970.9
TkA04G506630PF24324MYND_ZMYND11_ZMYD83843930.01616.0
TkA04G506630PF01753zf-MYND4104181.4e-0835.4
TkA04G506630PF01753zf-MYND5025071.4e-0835.4
TkA04G506630PF01753zf-MYND5485571.4e-0835.4
TkA04G506630PF24324MYND_ZMYND11_ZMYD85525560.01616.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FKP5拟南芥sp|Q9FKP5|UBP17_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1745.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SB51拟南芥sp|Q9SB51|UBP16_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1637.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FPS9拟南芥sp|Q9FPS9|UBP15_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1537.800%Swiss-Prot中等置信
Q67XW5拟南芥sp|Q67XW5|UBP18_ARATH Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1852.900%Swiss-Prot低置信
Q0E2F9水稻sp|Q0E2F9|UBP15_ORYSJ Ubiquitin C-terminal hydrolase 1533.100%Swiss-Prot中等置信

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