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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G500930
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 126476441-126485075 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1854 bp · TkA04G500930|TK1151|cDNA

CGTGCTTCCATCAAACTCCCATCCAACATCCATATTTATACACACGTACCAGAATACACCAACAGACGGAAAATTTATCAAAATATTATTATAGCATGGCTTCAAGGCCATTCATTTCAAAGCAAAAACCTCTCCCGCTCTTCTTCTTCTCCTCCTTTGTCTCGCCATCACGCTTCTAATCCACACCACCACCACCAGCCTCCGCCTTGACCACCATGTTCAACCAGTAACAACCGCCCTCAACCTTCTAGCCACAGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · TkA04G500930|TK1151|CDS

ATGTGGGAGATATTTAGGTGTGATGATATGATATTGAAAGAAGACGATTATAGGATATACAAACCAGATTTAAAAAGACTCCGGCAAATGGTGAATATGCCCGTCGGCTCTTGCAACATTCCATCTCTACAACCTCCTGGTCAATTGCCGTCCAACACATACAATTCAAGAGAGGCATATGTAACTGTCCTCCATTCCTCCGAAACATATGTTTGTGGAGCAATAGCATTGGCACAAAGCATCCTACAAACCAACTCTAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

344 aa · TkA04G500930|TK1151|PROTEIN

MWEIFRCDDMILKEDDYRIYKPDLKRLRQMVNMPVGSCNIPSLQPPGQLPSNTYNSREAYVTVLHSSETYVCGAIALAQSILQTNSTKDLLLLADDSISPKSLRGLKAAGWKIKHIERIRSPRAKKAAYNEYNYSKLRIWQLIEYDKVIFIDADLIVLKNLDEFFNYPQLSAVGNDKYIFNSGVIVVEPSECMFNGLMEKRFTFESYNGGDQGFLNEAFTWWHRFHSKVNHLKVFEGTNNPRREIPENVHTVHYLGLKPW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G500930
TK1151 IDTkA04G500930
OH-1004 IDLXL04_039068
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 64.540
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G500930
位置Chr04:126476441-126485075 (+)
描述Similar to GUX4: Putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g54940 可能参与茎中葡萄糖醛酸木聚糖的木聚糖主链修饰。 暂无已核实直接文献
At1g08990 可能参与茎中葡萄糖醛酸木聚糖的木聚糖主链修饰。 暂无已核实直接文献
UniProt: Q8GWW4 将葡萄糖醛酸和 4-O-甲基葡萄糖醛酸分支添加到干细胞壁中的木聚糖所需的糖基转移酶。 暂无已核实直接文献
At3g18660 将葡萄糖醛酸和 4-O-甲基葡萄糖醛酸分支添加到干细胞壁中的木聚糖所需的糖基转移酶。
Absence of branches from xylan in Arabidopsis gux mutants reveals potential for simplification of lignocellulosic biomass.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005456107
An integrative approach to the identification of Arabidopsis and rice genes involved in xylan and secondary wall development.2010 · DOI: 10.1371/journal.pone.0015481
At1g77130 可能参与茎中葡萄糖醛酸木聚糖的木聚糖主链修饰。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039068 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0010417 glucuronoxylan biosynthetic process 生物过程
GO:0045492 xylan biosynthetic process 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0015020 glucuronosyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08990
ath:AT1G54940
ath:AT1G77130
ath:AT3G18660
ath:AT4G33330
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.705
排名 1 · TkA04G500930 · TK1151
内质网0.119
排名 2 · TkA04G500930 · TK1151
细胞外0.087
排名 3 · TkA04G500930 · TK1151
细胞质0.083
排名 4 · TkA04G500930 · TK1151
细胞膜0.065
排名 5 · TkA04G500930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28720GUX1-5_N1-38 aa
PF19518RHG35-p190PhoGP_pG116-110 aa
PF01501Glyco_transf_863-260 aa
PF11051Mannosyl_trans3145-168 aa
PF11141DUF2914311-337 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G500930PF28720GUX1-5_N1382.4e-0937.7
TkA04G500930PF19518RHG35-p190PhoGP_pG1161100.09112.7
TkA04G500930PF01501Glyco_transf_8632607e-2072.4
TkA04G500930PF11051Mannosyl_trans31451680.01215.8
TkA04G500930PF11141DUF29143113370.07813.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FZ37拟南芥sp|Q9FZ37|GUX4_ARATH Putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 456.800%Swiss-Prot高置信
F4HZC3拟南芥sp|F4HZC3|GUX5_ARATH Putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 555.600%Swiss-Prot高置信
Q8GWW4拟南芥sp|Q8GWW4|GUX2_ARATH UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 254.000%Swiss-Prot高置信
Q9LSB1拟南芥sp|Q9LSB1|GUX1_ARATH UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 149.300%Swiss-Prot中等置信
Q8W4A7拟南芥sp|Q8W4A7|GUX3_ARATH Putative UDP-glucuronate:xylan alpha-glucuronosyltransferase 348.100%Swiss-Prot中等置信

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