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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G489130
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 123690855-123692687 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1243 bp · TkA04G489130|TK1151|cDNA

GGCATTTTTTAACACTTGTCCCAAAAACCTTCTCTCTTCCCCCTACGAAATTCTCTTCTCTTCTTCTTCTCCAGCATCTACTTCTTCCTCTTCCGTAGTTCTTCCTCTGGATTTACGATCTAAGTAGTTGTTTATTTTGATCGTTTCTTGGTAAAAATCGAAATTCAAGTGTCTTTTATTGTTGTTAATTTGGATCGTTTCTTGGTAAAATTTGAAATTCGAGGTTTACAAATTGAAATCCTTTGATGCTTCCTTCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

411 bp · TkA04G489130|TK1151|CDS

ATGCAATATGATCGATCAAATGCTCTGTTAACAGTCCAGACTCTTCTTTCACATCTCTCAAATTTAAATTCCAGAATTGAAAAACTTGAAGCAGCTGCCTCCAAGATATTTGGTGGTGACAGGTTTAGAGTTAGGAAAATTGAAGAGTTGAAAGAAACCATGAGGGTTACAGATGAAGCTAAAAACTTTCCAGTTAGAGAACATGAACGCATAAAGTCCCAAGCAGAAGCACTTAACCAGCTAACAACTGATGATCTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

136 aa · TkA04G489130|TK1151|PROTEIN

MQYDRSNALLTVQTLLSHLSNLNSRIEKLEAAASKIFGGDRFRVRKIEELKETMRVTDEAKNFPVREHERIKSQAEALNQLTTDDLEGKFAMLESTSVSDHLASLKKELSGTTKKGELPPGRTSFSSQTASPSPAE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G489130
TK1151 IDTkA04G489130
OH-1004 IDLXL04_038976
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)97.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 48.529 / OH-1004 43.709
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G489130
位置Chr04:123690855-123692687 (+)
描述Similar to IM30: Membrane-associated 30 kDa protein, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58440 在囊泡蛋白筛选中发挥作用（由相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At5g07120 在囊泡蛋白分选中发挥作用。
Overexpression of Arabidopsis sorting nexin AtSNX2b inhibits endocytic trafficking to the vacuole.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn057
At1g65260 质体囊泡形成和类囊体膜生物发生所需，但不适用于类囊体蛋白复合物的功能组装。
VIPP1, a nuclear gene of Arabidopsis thaliana essential for thylakoid membrane formation.2001 · DOI: 10.1073/pnas.061500998
Vipp1 is required for basic thylakoid membrane formation but not for the assembly of thylakoid protein complexes.2007 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2007.01.005

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0895100 对质体囊泡形成和类囊体膜生物合成必需，但对类囊体蛋白复合物的功能性组装不必需。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038976 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程
GO:0016050 vesicle organization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分
GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65260
dosa:Os01g0895100
osa:4324967
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.749
排名 1 · TkA04G489130 · TK1151
细胞核0.266
排名 2 · TkA04G489130 · TK1151
细胞膜0.080
排名 3 · TkA04G489130 · TK1151
内质网0.065
排名 4 · TkA04G489130 · TK1151
线粒体0.064
排名 5 · TkA04G489130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28726CCDC1107-110 aa
PF07956DUF16908-32 aa
PF10224DUF220512-60 aa
PF26012HH_RND_rel14-38 aa
PF24423OVT118-28 aa
PF06569DUF112827-73 aa
PF30673CCDC170_2nd43-115 aa
PF24423OVT144-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G489130PF28726CCDC11071100.07912.5
TkA04G489130PF07956DUF16908320.1313.4
TkA04G489130PF10224DUF220512600.09213.6
TkA04G489130PF26012HH_RND_rel14380.02215.7
TkA04G489130PF24423OVT118280.05614.6
TkA04G489130PF06569DUF112827730.1412.9
TkA04G489130PF30673CCDC170_2nd431150.06113.1
TkA04G489130PF24423OVT144970.05614.6
TkA04G489130PF07956DUF1690531170.1313.4
TkA04G489130PF26012HH_RND_rel57790.02215.7
TkA04G489130PF10224DUF220566800.09213.6
TkA04G489130PF06569DUF1128891070.1412.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L5Z7拟南芥sp|Q8L5Z7|SNX2A_ARATH Sorting nexin 2A68.100%Swiss-Prot中等置信
B9DFS6拟南芥sp|B9DFS6|SNX2B_ARATH Sorting nexin 2B66.700%Swiss-Prot中等置信
O80796拟南芥sp|O80796|VIPP1_ARATH Membrane-associated protein VIPP1, chloroplastic40.800%Swiss-Prot中等置信
Q8S0J7水稻sp|Q8S0J7|VIPP1_ORYSJ Membrane-associated protein VIPP1, chloroplastic66.700%Swiss-Prot低置信

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