TkA04G484530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G484530

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 122448552-122451829 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2804 bp · TkA04G484530|TK1151|cDNA

AGTTGGGCTGTACTAGACCAAACCCGTTTTGAATATTTGATATGGGCTGCAAACAAAAGCCCTTTAATCACATGAACAAGAACAACATCTCCTGCTATACAGCTCTCTTGTCTGGCTCGGGGGTTTAAGCTTCTTCGCCATCATCGCCGATGGAGGTTTAACCTTTTATTTCCGACGAAAGAAATGGGTTTATCTCACATCATCCAACTCCGACGCCTGCTTCCTCGAAGCCCTTATCTCCATAAAACCATTTTCATCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2400 bp · TkA04G484530|TK1151|CDS

ATGGGCTGCAAACAAAAGCCCTTTAATCACATGAACAAGAACAACATCTCCTGGCTTGGTGGACTGGTGGCCCCTGCTATACAGCTCTCTTGTCTGGCTCGGGGGTTTAAGCTTCTTCGCCATCATCGCCGATGGAGGTTTAACCTTTTATTTCCGACGAAAGAAATGGGTTTATCTCACATCATCCAACTCCGACGCCTGCTTCCTCGAAGCCCTTATCTCCATAAAACCATTTTCATCAGTCAACTGAATGTGAAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

799 aa · TkA04G484530|TK1151|PROTEIN

MGCKQKPFNHMNKNNISWLGGLVAPAIQLSCLARGFKLLRHHRRWRFNLLFPTKEMGLSHIIQLRRLLPRSPYLHKTIFISQLNVKPFSSSTPASDQSNEKPTSLSARMSFVFDQIDAIEKERSEKDETLQRIRAWRESKKEKQPIIEHEETLKHTNDVTVSGFKEKGLMTKGVELVHPWPEWIELMERLVQQNYFDCRRKDEDKMISDSGFGDVGADGGFMAEVMEEGFDFTRDWKTVQTAGLNFGKDRFDILRSLPRQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G484530`
TK1151 ID	TkA04G484530
OH-1004 ID	LXL04_038945
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G484530

位置 Chr04:122448552-122451829 (+)

描述 Similar to VAR3: Zinc finger protein VAR3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17790`	叶绿体和栅栏细胞发育所需的某些蛋白质复合物的可能成分。	Arabidopsis VARIEGATED 3 encodes a chloroplast-targeted, zinc-finger protein required for chloroplast and palisade cell development.2004 · DOI: 10.1242/jcs.01360

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038945 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:1900871 chloroplast mRNA modification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G17790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.458

排名 1 · TkA04G484530 · TK1151

细胞核0.323

排名 2 · TkA04G484530 · TK1151

线粒体0.164

排名 3 · TkA04G484530 · TK1151

细胞质0.052

排名 4 · TkA04G484530 · TK1151

细胞膜0.026

排名 5 · TkA04G484530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25429zf-POGZ288-309 aa

PF00641Zn_ribbon_RanBP296-301 aa

PF00641Zn_ribbon_RanBP404-432 aa

PF20864Zn_ribbon_TEX13408-427 aa

PF25429zf-POGZ408-415 aa

PF29318zf_C2H2_LIN26-LIR3_2nd410-428 aa

PF25429zf-POGZ422-448 aa

PF00641Zn_ribbon_RanBP438-465 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G484530	`PF25429`	zf-POGZ	288	309	0.22	12.7
TkA04G484530	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	296	301	8.6e-13	48.0
TkA04G484530	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	404	432	8.6e-13	48.0
TkA04G484530	`PF20864`	Zn_ribbon_TEX13	408	427	0.004	17.7
TkA04G484530	`PF25429`	zf-POGZ	408	415	0.22	12.7
TkA04G484530	`PF29318`	zf_C2H2_LIN26-LIR3_2nd	410	428	0.073	13.9
TkA04G484530	`PF25429`	zf-POGZ	422	448	0.22	12.7
TkA04G484530	`PF00641`	Zn_ribbon_RanBP	438	465	8.6e-13	48.0
TkA04G484530	`PF20864`	Zn_ribbon_TEX13	441	460	0.004	17.7
TkA04G484530	`PF29318`	zf_C2H2_LIN26-LIR3_2nd	443	463	0.073	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S9K3`	拟南芥	sp\|Q8S9K3\|VAR3_ARATH Zinc finger protein VAR3, chloroplastic	27.600%	Swiss-Prot	低置信

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