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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G476630
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 120334167-120336564 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1546 bp · TkA04G476630|TK1151|cDNA

TTATATCTAGCTTGCTTTCTCTCCAAGACGGAAGCTTAATAGAAAACTCATCCGCCCTCCCTTTTTTCTCCGTGAGGTAACGATGGCGACGCCGATGGCAGAAGACACGAGCTTTGAAGATGATCAGTTGGCATCCATGTCTACCGAAGACATTCAGAGGGCTTCTCGCCTTCTTGATAACGAGATTCGAATCCTTAAGGAAGAATTGCAGAGAACCAATCTCGAATTGGATTCGTTTAAGGAAAAGATAAAGGAGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · TkA04G476630|TK1151|CDS

ATGGCGACGCCGATGGCAGAAGACACGAGCTTTGAAGATGATCAGTTGGCATCCATGTCTACCGAAGACATTCAGAGGGCTTCTCGCCTTCTTGATAACGAGATTCGAATCCTTAAGGAAGAATTGCAGAGAACCAATCTCGAATTGGATTCGTTTAAGGAAAAGATAAAGGAGAATCAGGAGAAGATTAAACTTAACAAGCAACTTCCTTACTTAGTCGGAAACATCGTCGAGATTTTGGAAATGAACCCAGAGGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

423 aa · TkA04G476630|TK1151|PROTEIN

MATPMAEDTSFEDDQLASMSTEDIQRASRLLDNEIRILKEELQRTNLELDSFKEKIKENQEKIKLNKQLPYLVGNIVEILEMNPEDEAEEDGANIDLDSQRKGKCVVLKTSTRQTIFLPVVGLVDPDKLKPGDLVGVNKDSYLILDTLPSEYDSRVKAMEVDEKPTEDYNDIGGLEKQIQELVEAIVLPMTHKERFQKLGVRPPKGVLLYGPPGTGKTLMARACAAQTNATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFQLAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G476630
TK1151 IDTkA04G476630
OH-1004 IDLXL04_000872
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)49.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 73.995 / OH-1004 65.481
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G476630
位置Chr04:120334167-120336564 (-)
描述Similar to RPT2A: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g05530 26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。
The Arabidopsis proteasome RPT5 subunits are essential for gametophyte development and show accession-dependent redundancy.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062372
Arabidopsis thaliana 26S proteasome subunits RPT2a and RPT5a are crucial for zinc deficiency-tolerance.2011 · DOI: 10.1271/bbb.100794
Proteomic analysis of the 26S proteasome reveals its direct interaction with transit peptides of plastid protein precursors for their degradation.2014 · DOI: 10.1021/pr401245g
At1g09100 26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。
Regulatory functions of nuclear hexokinase1 complex in glucose signaling.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.09.028

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0803700 26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000872 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007292 female gamete generation 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009933 meristem structural organization 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010015 root morphogenesis 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010229 inflorescence development 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0035266 meristem growth 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20140
ath:AT4G29040
dme:Dmel_CG5289
dosa:Os07g0691800
rno:117263
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.570
排名 1 · TkA04G476630 · TK1151
细胞核0.483
排名 2 · TkA04G476630 · TK1151
线粒体0.074
排名 3 · TkA04G476630 · TK1151
细胞膜0.063
排名 4 · TkA04G476630 · TK1151
内质网0.048
排名 5 · TkA04G476630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01695IstB_IS2110-63 aa
PF20878REST_helical12-62 aa
PF13086AAA_1121-68 aa
PF06745ATPase29-55 aa
PF07728AAA_530-86 aa
PF01057Parvo_NS145-74 aa
PF27289YomX_N47-68 aa
PF13479AAA_2464-80 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G476630PF01695IstB_IS2110630.07213.3
TkA04G476630PF20878REST_helical12621.310.0
TkA04G476630PF13086AAA_1121680.1412.6
TkA04G476630PF06745ATPase29550.2811.2
TkA04G476630PF07728AAA_530863.8e-0730.9
TkA04G476630PF01057Parvo_NS145740.09712.4
TkA04G476630PF27289YomX_N47680.04514.5
TkA04G476630PF13479AAA_2464800.08813.2
TkA04G476630PF06068TIP49721410.04613.6
TkA04G476630PF16450Prot_ATP_ID_OB_C731492.2e-1040.9
TkA04G476630PF27289YomX_N911530.04514.5
TkA04G476630PF05673DUF8151622720.0005319.9
TkA04G476630PF25199nSTAND_NTPase51972770.09613.2
TkA04G476630PF12775AAA_71982730.005916.9
TkA04G476630PF02367TsaE2022300.2612.0
TkA04G476630PF20878REST_helical2022091.310.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SEI2拟南芥sp|Q9SEI2|PS6AA_ARATH 26S proteasome regulatory subunit 6A homolog A94.100%Swiss-Prot高置信
O04019拟南芥sp|O04019|PS6AB_ARATH 26S proteasome regulatory subunit 6A homolog B92.900%Swiss-Prot高置信
P46465水稻sp|P46465|PRS6A_ORYSJ 26S proteasome regulatory subunit 6A homolog92.400%Swiss-Prot高置信

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