TkA04G469840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G469840

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 118635576-118638882 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1748 bp · TkA04G469840|TK1151|cDNA

AAAGGAATTAATTCCAACTTGTGAAGGAAAGTGATTGATTACGTATTTACCCCTGTTTTAACTCAAAGTACCCTATCCCTGTTAATTTTTTCTCTAGCCGACGCACGACACAGTGAAATTGATTTTGCGTTCATCTCGTTCAAAGGAGCAGCCATCGACCTCCATTCTCTCCGACCAACAGCTTAGACCTCCGACCAGCCATCGTTTCCCCTTCCGGTGCAAAAGTACTAATTCCCTTCATACCTATCAGGCTATCAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · TkA04G469840|TK1151|CDS

ATGATTTACACAGCAATCGATACATTCTATCTAACGGAAGAACAACTTGAGAACACACCTTCTAGAAAAGAGGGAATAGATGAAGCCACTGAAACAACACTTAGAATATACGGATGCGATCTTATCCAAGAAAGTGGCATTTTACTGAAATTACCACAACAAGTGATGGCGACAGGTCAGGTTCTGTTTCACCGGTTTTACTGCAAAAAATCATTTGTTCGATTCAACGTGAAGAGGATAGCCGCCAGCTGTGTTTGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · TkA04G469840|TK1151|PROTEIN

MIYTAIDTFYLTEEQLENTPSRKEGIDEATETTLRIYGCDLIQESGILLKLPQQVMATGQVLFHRFYCKKSFVRFNVKRIAASCVWLASKLEENPRRARHVVNVFHRMECRRENLPIEHLDAFSKKYTDMKTDLIRSERHLLKEMAFICHVEHPHKFISNYLATLETPPELRQEAWNLANDSLRTTLCVRFKSAVVACGVVYAAARRFQVPLPENPPWWKAFDAEKSGIDEVCRVLAYLYSLPKARYIPVCKEEAGSTNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G469840`
TK1151 ID	TkA04G469840
OH-1004 ID	LXL04_035711
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	71.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 70.879 / OH-1004 79.128 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G469840

位置 Chr04:118635576-118638882 (+)

描述 Similar to CYCL1-1: Cyclin-L1-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26430`	CDKG1的同源细胞周期蛋白。	The splicing machinery promotes RNA-directed DNA methylation and transcriptional silencing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1038/emboj.2013.49

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0377500`	细胞周期蛋白L1-1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035711 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0046605 regulation of centrosome cycle 生物过程

GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26430

dosa:Os01g0377500

hsa:81669

mmu:56036

rno:298686

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.903

排名 1 · TkA04G469840 · TK1151

细胞质0.193

排名 2 · TkA04G469840 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkA04G469840 · TK1151

线粒体0.028

排名 4 · TkA04G469840 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA04G469840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00134Cyclin_N11-147 aa

PF00382TFIIB38-106 aa

PF02984Cyclin_C69-91 aa

PF21797CycT2-like_C70-90 aa

PF00382TFIIB152-210 aa

PF21797CycT2-like_C153-224 aa

PF02984Cyclin_C154-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G469840	`PF00134`	Cyclin_N	11	147	1.6e-11	44.8
TkA04G469840	`PF00382`	TFIIB	38	106	3e-05	24.7
TkA04G469840	`PF02984`	Cyclin_C	69	91	0.0046	17.7
TkA04G469840	`PF21797`	CycT2-like_C	70	90	4e-09	36.8
TkA04G469840	`PF00382`	TFIIB	152	210	3e-05	24.7
TkA04G469840	`PF21797`	CycT2-like_C	153	224	4e-09	36.8
TkA04G469840	`PF02984`	Cyclin_C	154	214	0.0046	17.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWV3`	拟南芥	sp\|Q8RWV3\|CCL11_ARATH Cyclin-L1-1	81.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9AS36`	水稻	sp\|Q9AS36\|CCL11_ORYSJ Cyclin-L1-1	76.200%	Swiss-Prot	高置信

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