TkA04G469830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G469830

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 118624107-118628405 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1314 bp · TkA04G469830|TK1151|cDNA

ATGCCCACAAAAGACGTCTTAAAGACATCCATATTATCCACAAGATGGAAGAATCTCTGGGCATTTGTTCCCAACATTGATATTGATGACAATTTGTTGTGTGAAACAAAGGTTGAAGGTAGTTGTAACCCTGATATGACTTCCTTTGTGGAATTTGTAGAAAGAGTCCTCCATTTACGGGATTCATCAAATATAAAAAAGTTCCGTCTTTCATGCGATGTTTTCCACGATGCATTTCAAATACACACATGGATTTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · TkA04G469830|TK1151|CDS

ATGCCCACAAAAGACGTCTTAAAGACATCCATATTATCCACAAGATGGAAGAATCTCTGGGCATTTGTTCCCAACATTGATATTGATGACAATTTGTTGTGTGAAACAAAGGTTGAAGGTAGTTGTAACCCTGATATGACTTCCTTTGTGGAATTTGTAGAAAGAGTCCTCCATTTACGGGATTCATCAAATATAAAAAAGTTCCGTCTTTCATGCGATGTTTTCCACGATGCATTTCAAATACACACATGGATTTTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

437 aa · TkA04G469830|TK1151|PROTEIN

MPTKDVLKTSILSTRWKNLWAFVPNIDIDDNLLCETKVEGSCNPDMTSFVEFVERVLHLRDSSNIKKFRLSCDVFHDAFQIHTWIFYSIMHNVQELDICLLPGIDPSVIPTAFCSSGSLVTLELEVNEVELPSHVSFPCLKTLHLSFLIFPDDDYADKLFSGIPVLENLVLSDCMWMHLDNILISSSSLKNLTIDDQTYYEPLDDTNGCKIKIDAVNLTYFEYIGHLSSEIILSNVPSLVIASIHISLPHERQKEVACRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G469830`
TK1151 ID	TkA04G469830
OH-1004 ID	LXL04_003447
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	64.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.483 / OH-1004 43.897 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G469830

位置 Chr04:118624107-118628405 (-)

描述 Similar to At3g59230: Putative F-box/LRR-repeat protein At3g59230

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59210`	F-box/LRR 重复蛋白 At3g59210。	暂无已核实直接文献
`At3g59200`	F-box/LRR重复蛋白 At3g59200。	暂无已核实直接文献
`At4g14096`	F-box/LRR重复蛋白 At4g14096。	暂无已核实直接文献
`At3g59240`	推定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At3g59240。	暂无已核实直接文献
`At1g78760`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78760。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003447 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59190

ath:AT3G59210

ath:AT3G59230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810

排名 1 · TkA04G469830 · TK1151

细胞质0.298

排名 2 · TkA04G469830 · TK1151

内质网0.031

排名 3 · TkA04G469830 · TK1151

细胞膜0.030

排名 4 · TkA04G469830 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA04G469830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box1-21 aa

PF12799LRR_456-67 aa

PF24758LRR_At5g5637083-196 aa

PF12799LRR_490-98 aa

PF12799LRR_4118-146 aa

PF07723LRR_2139-162 aa

PF07723LRR_2166-175 aa

PF12799LRR_4166-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G469830	`PF00646`	F-box	1	21	0.032	14.9
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	56	67	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF24758`	LRR_At5g56370	83	196	7.4e-14	52.7
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	90	98	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	118	146	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF07723`	LRR_2	139	162	0.00065	20.9
TkA04G469830	`PF07723`	LRR_2	166	175	0.00065	20.9
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	166	193	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF07723`	LRR_2	177	192	0.00065	20.9
TkA04G469830	`PF08387`	FBD	183	194	1.7e-06	28.5
TkA04G469830	`PF07723`	LRR_2	188	196	0.00065	20.9
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	263	277	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF24758`	LRR_At5g56370	284	338	7.4e-14	52.7
TkA04G469830	`PF12799`	LRR_4	296	305	5.7	8.1
TkA04G469830	`PF08387`	FBD	352	392	1.7e-06	28.5
TkA04G469830	`PF00646`	F-box	354	360	0.032	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GW80`	拟南芥	sp\|Q8GW80\|FBL65_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59210	30.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LX51`	拟南芥	sp\|Q9LX51\|FBL64_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59200	29.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q94B46`	拟南芥	sp\|Q94B46\|FBL74_ARATH F-box/LRR-repeat protein At4g14096	27.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LX47`	拟南芥	sp\|Q9LX47\|FDL46_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g59240	30.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZV94`	拟南芥	sp\|Q9ZV94\|FDL11_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760	26.500%	Swiss-Prot	低置信

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