TkA04G456060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G456060

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 114941810-114944129 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1621 bp · TkA04G456060|TK1151|cDNA

CCAAACAAACTCGGCCCAACGCCATTAAGGCAAGCAAAACCCTTCCCTCGTCTCTCAAAAGCTACGATCTTCACTCCATCTCTTTCCCCCCTTTCCCTCCGATTCTCGGACCTTCAAAGAACCCCCAAAATCAAATCTTTTAACTTCCGATTCACACTAAATTCAAAGCAAAATCTACTGCGATTTCGACCAAATTATGGGTAAAGACGAAGACGATATGCGAGGTGAGATAGAGGAAAGACTCATCAACGAAGAATACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · TkA04G456060|TK1151|CDS

ATGGGTAAAGACGAAGACGATATGCGAGGTGAGATAGAGGAAAGACTCATCAACGAAGAATACAAAATTTGGAAAAAGAACACACCGTTTTTGTACGATTTGGTCATCACGCACGCCCTCGAGTGGCCTTCGCTCACCGTGGAATGGCTCCCGGACCGCGATGAGCCCGCGGGAAAAGACTACTCCGTTCAGAAGTTGATCCTTGGAACCCACACCTCCGAGAATGAGCCTAATTATCTCATGCTAGCCCAGGTTCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · TkA04G456060|TK1151|PROTEIN

MGKDEDDMRGEIEERLINEEYKIWKKNTPFLYDLVITHALEWPSLTVEWLPDRDEPAGKDYSVQKLILGTHTSENEPNYLMLAQVQLPLEDAEYDARHYDDDRSDFGGFGCANGKVQIIQQINHDGEVNRARYMPQNPFIIATKTVSAEVYVFDYSKHPSKPPLDGACSPDLRLRGHNTEGYGLSWSKFKQGHLLSGSDDAQICLWDINGTPKNKSLDAQQIFKVHDGVVEDVAWHLRHEYLFGSCGDDQYLHIWDLRSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G456060`
TK1151 ID	TkA04G456060
OH-1004 ID	LXL04_038714
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.690 / OH-1004 94.159 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G456060

位置 Chr04:114941810-114944129 (+)

描述 Similar to MSI1: WD-40 repeat-containing protein MSI1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58230`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Arabidopsis MSI1 is required for epigenetic maintenance of reproductive development.2003 · DOI: 10.1242/dev.00470 Arabidopsis MSI1 is a component of the MEA/FIE Polycomb group complex and required for seed development.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg444 Identification of new members of Fertilisation Independent Seed Polycomb Group pathway involved in the control of seed development in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1242/dev.01168 Loss of function of MULTICOPY SUPPRESSOR OF IRA 1 produces nonviable parthenogenetic embryos in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.066 Chromatin assembly factor CAF-1 is required for cellular differentiation during plant development.2006 · DOI: 10.1242/dev.02599 Retinoblastoma and its binding partner MSI1 control imprinting in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0060194

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0640100`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038714 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007307 eggshell chorion gene amplification 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007379 segment specification 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58230

ddi:DDB_G0282529

dme:Dmel_CG4236

dosa:Os03g0640100

sly:543534

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.752

排名 1 · TkA04G456060 · TK1151

细胞质0.371

排名 2 · TkA04G456060 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA04G456060 · TK1151

内质网0.033

排名 4 · TkA04G456060 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA04G456060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265CAF1C_H4-bd19-88 aa

PF12894ANAPC4_WD40110-122 aa

PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st110-123 aa

PF25174Beta-prop_THOC3115-210 aa

PF25460Beta-prop_Aladin115-158 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N115-156 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st116-143 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz117-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G456060	`PF12265`	CAF1C_H4-bd	19	88	1.3e-32	112.6
TkA04G456060	`PF12894`	ANAPC4_WD40	110	122	1.8e-08	35.2
TkA04G456060	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	110	123	0.015	15.3
TkA04G456060	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	115	210	9.7e-35	120.6
TkA04G456060	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	115	158	9.6e-11	42.1
TkA04G456060	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	115	156	0.00047	20.1
TkA04G456060	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	116	143	7.3e-13	49.3
TkA04G456060	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	117	236	3.3e-27	96.3
TkA04G456060	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	117	149	1.3e-20	74.6
TkA04G456060	`PF24805`	EIF3I	118	288	6e-07	29.6
TkA04G456060	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	118	169	0.013	15.4
TkA04G456060	`PF24796`	WDR55	120	280	7.6e-14	52.2
TkA04G456060	`PF00400`	WD40	123	143	1.4e-33	114.5
TkA04G456060	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	123	282	2.7e-25	89.8
TkA04G456060	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	124	214	4.2e-17	63.2
TkA04G456060	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	126	215	2.8e-14	53.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22467`	拟南芥	sp\|O22467\|MSI1_ARATH Histone-binding protein MSI1	89.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q10G81`	水稻	sp\|Q10G81\|MSI1_ORYSJ Histone-binding protein MSI1	85.800%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情