TkA04G454830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G454830

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 114680970-114682677 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1110 bp · TkA04G454830|TK1151|cDNA

CTGGAAACCATCGCAATGGCGGTGGAGGTCACATAACTCTCACATTGCAACTCCATCGAACGACCTCGGAATTCATCTCTCTGTTTCTCTGATCCGAAACTTCTCACCGGAACACCATTCACACAGATGGATAATCTCTATGGAATTAACGACTCAAAACTTCCTAAACGCAGCAGCATGTCACCTGTACAAAACTTCGGGACGCAGAATCCTTATTACCATTACAATAATCCTGTGATCGACCAATATCCATCACCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

837 bp · TkA04G454830|TK1151|CDS

ATGGATAATCTCTATGGAATTAACGACTCAAAACTTCCTAAACGCAGCAGCATGTCACCTGTACAAAACTTCGGGACGCAGAATCCTTATTACCATTACAATAATCCTGTGATCGACCAATATCCATCACCTGATGTCCACACTACTTCTATAAAGAATCCGAACTCCCCACTCCTCAGATATCTGCAATCTGATAGGTCACTTATGGCAACGCCTTCATCAATTGGATACAAGTATAATCGCAGCAATGTTACACGCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

278 aa · TkA04G454830|TK1151|PROTEIN

MDNLYGINDSKLPKRSSMSPVQNFGTQNPYYHYNNPVIDQYPSPDVHTTSIKNPNSPLLRYLQSDRSLMATPSSIGYKYNRSNVTRASQNSPRLEPSHRSSSPSIFRNTAVKVEEDVLVMDGVVVKNPPVDRARSSSSSLTDSGGSSSSSSSSPGVKNYKLDLCLSYMENSGFCRYGPKCQFAHGNKELRASQFSYKNTHEAPCKNYSITTSSTTPIKVDELTRNFANLKTSDWNPLDDGIDMGDNLTKEEVHAVINKFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G454830`
TK1151 ID	TkA04G454830
OH-1004 ID	LXL04_038678
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G454830`
位置	Chr04:114680970-114682677 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038678` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0000900 mRNA regulatory element binding translation repressor activity 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能 GO:0160134 protein-RNA sequence-specific adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	mmu:333473 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · TkA04G454830 · TK1151

细胞核0.365

排名 2 · TkA04G454830 · TK1151

细胞膜0.085

排名 3 · TkA04G454830 · TK1151

线粒体0.066

排名 4 · TkA04G454830 · TK1151

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · TkA04G454830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25427zf-CCCH_UNK158-191 aa

PF00642zf-CCCH159-185 aa

PF25585zf-CCCH_DUS3L161-184 aa

PF18044zf-CCCH_4163-184 aa

PF14608zf-CCCH_2164-185 aa

PF18345zf_CCCH_4170-184 aa

PF00642zf-CCCH202-210 aa

PF18044zf-CCCH_4203-207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G454830	`PF25427`	zf-CCCH_UNK	158	191	9e-06	26.2
TkA04G454830	`PF00642`	zf-CCCH	159	185	2e-07	31.4
TkA04G454830	`PF25585`	zf-CCCH_DUS3L	161	184	0.0025	18.5
TkA04G454830	`PF18044`	zf-CCCH_4	163	184	0.00071	20.0
TkA04G454830	`PF14608`	zf-CCCH_2	164	185	0.004	18.4
TkA04G454830	`PF18345`	zf_CCCH_4	170	184	0.00028	21.5
TkA04G454830	`PF00642`	zf-CCCH	202	210	2e-07	31.4
TkA04G454830	`PF18044`	zf-CCCH_4	203	207	0.00071	20.0
TkA04G454830	`PF14608`	zf-CCCH_2	203	207	0.004	18.4
TkA04G454830	`PF18345`	zf_CCCH_4	204	207	0.00028	21.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情