TkA04G452240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G452240

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 113947336-113948900 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1420 bp · TkA04G452240|TK1151|cDNA

AAGAATTTGAACTTTGAACCGCCATTGAAGATGAAAGAACCAGAACAAGAAACCAAAACCACAGAAGAAGAGAAAATGCAACATCTCAGACTCAAAGCCAACGAGCTTCTCCTTAGAGAAGAATGGGAGCAATCAATACAAACATATTCCCAGTTCATCTCCCTCTGTCAAACCCACATATCAAGTCGATCCGACCCGAAACTCCAAAAATCCCTCTGTTTAGCCTTTTCCAACAGAGCCGAAGCAAGATCCAAAACCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · TkA04G452240|TK1151|CDS

ATGAAAGAACCAGAACAAGAAACCAAAACCACAGAAGAAGAGAAAATGCAACATCTCAGACTCAAAGCCAACGAGCTTCTCCTTAGAGAAGAATGGGAGCAATCAATACAAACATATTCCCAGTTCATCTCCCTCTGTCAAACCCACATATCAAGTCGATCCGACCCGAAACTCCAAAAATCCCTCTGTTTAGCCTTTTCCAACAGAGCCGAAGCAAGATCCAAAACCCGTGATCTCGATCAAGCTCTCAGAGATTGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

420 aa · TkA04G452240|TK1151|PROTEIN

MKEPEQETKTTEEEKMQHLRLKANELLLREEWEQSIQTYSQFISLCQTHISSRSDPKLQKSLCLAFSNRAEARSKTRDLDQALRDCDEALQIDNAHIKTLICKGKILLNLDRYAMALNCFKTANLNHPSNQDSETLNGYLEKTKKLEFLSRSGAFDFSNWILNGFKGKLPELAEYIGALEIKKSEISGRGLFATKNIDAGSLLIVNKAIATERGILPESNTQDLGENAQMVMWKNFVDKVILSTSNCKRTQFLISKLSVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G452240`
TK1151 ID	TkA04G452240
OH-1004 ID	LXL04_038636
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.857 / OH-1004 78.137 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G452240`
位置	Chr04:113947336-113948900 (+)
描述	Similar to SET6: Potential protein lysine methyltransferase SET6 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038636` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程 GO:0006469 negative regulation of protein kinase activity 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0033138 positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation 生物过程 GO:0045184 establishment of protein localization 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0071549 cellular response to dexamethasone stimulus 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0292454 fgr:FGSG_00040 hsa:64754 mmu:69726 sce:YPL165C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.678

排名 1 · TkA04G452240 · TK1151

细胞质0.346

排名 2 · TkA04G452240 · TK1151

线粒体0.092

排名 3 · TkA04G452240 · TK1151

质体0.023

排名 4 · TkA04G452240 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA04G452240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12895ANAPC320-51 aa

PF07719TPR_221-48 aa

PF00515TPR_122-45 aa

PF13424TPR_1227-41 aa

PF13181TPR_833-48 aa

PF13424TPR_1264-120 aa

PF13431TPR_1764-83 aa

PF00515TPR_165-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G452240	`PF12895`	ANAPC3	20	51	0.29	12.2
TkA04G452240	`PF07719`	TPR_2	21	48	2.7e-08	34.0
TkA04G452240	`PF00515`	TPR_1	22	45	4.8e-09	36.4
TkA04G452240	`PF13424`	TPR_12	27	41	0.12	13.3
TkA04G452240	`PF13181`	TPR_8	33	48	0.0057	17.4
TkA04G452240	`PF13424`	TPR_12	64	120	0.12	13.3
TkA04G452240	`PF13431`	TPR_17	64	83	0.26	12.4
TkA04G452240	`PF00515`	TPR_1	65	93	4.8e-09	36.4
TkA04G452240	`PF07719`	TPR_2	65	94	2.7e-08	34.0
TkA04G452240	`PF13181`	TPR_8	68	96	0.0057	17.4
TkA04G452240	`PF14853`	Fis1_TPR_C	70	93	0.3	12.0
TkA04G452240	`PF12895`	ANAPC3	75	121	0.29	12.2
TkA04G452240	`PF13371`	TPR_9	76	136	0.017	15.8
TkA04G452240	`PF14559`	TPR_19	78	130	0.053	14.6
TkA04G452240	`PF13431`	TPR_17	86	117	0.26	12.4
TkA04G452240	`PF00515`	TPR_1	98	123	4.8e-09	36.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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