TkA04G448480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G448480

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 113052658-113054055 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

529 bp · TkA04G448480|TK1151|cDNA

CCTCGACGACCAGAGCCCTCGACGACCTCATCGCGATTCCTGGGCTATCGCACCCACCTGTCATCGGATTTAGCCATCGCACACACCAATCGACTTAATCCCGGCACATCATGGATGTGTAAATACTATTGCCTGGAACTCAAAACGCTCACTATTGATATCTGGATCTGATGACACCCGTGTAAATGTTTGGATTTATGAAAGCCGCAAGCTTATGCAATCCATTGAGAGTGGCCATACTTTAAACATATTCTGTACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

315 bp · TkA04G448480|TK1151|CDS

ATGCAATCCATTGAGAGTGGCCATACTTTAAACATATTCTGTACCAAGTTTTTTCCTGAAACATGTGATGATTTGGTAGCATCTGGAGCTGCTGATACTGAAGTTCGATTATTCAACTTGTCTCGCACACAAGAAGATTGCAATATTACCCCATCAGCTCTGTTTCAATGCCACACCAGAAGAGTTAAAAAATTAGCTGTGGAACCTGGGAATCCGAATGTTGTGTGGAGTGCCAACGAGGATGGGACGTTGAGACAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

105 aa · TkA04G448480|TK1151|PROTEIN

MQSIESGHTLNIFCTKFFPETCDDLVASGAADTEVRLFNLSRTQEDCNITPSALFQCHTRRVKKLAVEPGNPNVVWSANEDGTLRQHDLREVTSCPPAGECRNIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G448480`
TK1151 ID	TkA04G448480
OH-1004 ID	LXL04_005702
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 33.762 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G448480

位置 Chr04:113052658-113054055 (-)

描述 Similar to ASG2: Protein ALTERED SEED GERMINATION 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10940`	可能作为 CUL4-DDB1 E3 泛素蛋白连接酶复合体的底物适配器（可能）。	ASG2 is a farnesylated DWD protein that acts as ABA negative regulator in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/pce.12605 Remarkable Evolutionary Conservation of Antiobesity ADIPOSE/WDTC1 Homologs in Animals and Plants.2017 · DOI: 10.1534/genetics.116.198382

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0045717 negative regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0055082 intracellular chemical homeostasis 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10940

hsa:23038

mmu:230796

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.532

排名 1 · TkA04G448480 · TK1151

细胞核0.420

排名 2 · TkA04G448480 · TK1151

线粒体0.089

排名 3 · TkA04G448480 · TK1151

细胞膜0.076

排名 4 · TkA04G448480 · TK1151

溶酶体／液泡0.057

排名 5 · TkA04G448480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23754Beta-prop_IP5PC_F5-85 aa

PF24814WD40_Prp196-92 aa

PF25175Beta-prop_WDR56-91 aa

PF00400WD406-39 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st6-88 aa

PF25391WD40_Gbeta6-91 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st7-85 aa

PF23609Beta-prop_EIPR17-38 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G448480	`PF23754`	Beta-prop_IP5PC_F	5	85	0.021	14.4
TkA04G448480	`PF24814`	WD40_Prp19	6	92	1.8e-08	34.5
TkA04G448480	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	6	91	5.4e-06	26.6
TkA04G448480	`PF00400`	WD40	6	39	2.6e-05	25.3
TkA04G448480	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	6	88	0.00034	20.8
TkA04G448480	`PF25391`	WD40_Gbeta	6	91	0.068	12.9
TkA04G448480	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	7	85	0.00013	22.4
TkA04G448480	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	7	38	0.019	15.2
TkA04G448480	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	7	89	0.054	13.4
TkA04G448480	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	12	93	0.00025	21.2
TkA04G448480	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	14	43	0.019	15.0
TkA04G448480	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	23	91	0.0006	19.8
TkA04G448480	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	25	92	2e-09	37.6
TkA04G448480	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	30	96	0.019	15.2
TkA04G448480	`PF00400`	WD40	52	88	2.6e-05	25.3
TkA04G448480	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	55	89	0.019	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BQ3`	拟南芥	sp\|Q94BQ3\|ASG2_ARATH Protein ALTERED SEED GERMINATION 2	71.700%	Swiss-Prot	高置信

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