TkA04G443900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G443900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 111909438-111918586 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

591 bp · TkA04G443900|TK1151|cDNA

TTCGACCCTACAGCCGCCTTCCACACCTACACCATCGTATGGAACAACCAAAGAATCATTTTCCTGATAGACAACATTCCAGTAAGGGTGTTCCATAACAACGATGCGGCTGGAGTCCCGTTTCCCAAGAGCCAACCCATGAGGGTGTATGCCAGCCTGTGGAACGCCGATGACTGGGCCACCCAAGGTGGGCGGGTCAAGACCGATTGGACCAAAGCACCATTCACAGCTTCCTACCGGAAGTTCAATGTCAATGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

456 bp · TkA04G443900|TK1151|CDS

TTCGACCCTACAGCCGCCTTCCACACCTACACCATCGTATGGAACAACCAAAGAATCATTTTCCTGATAGACAACATTCCAGTAAGGGTGTTCCATAACAACGATGCGGCTGGAGTCCCGTTTCCCAAGAGCCAACCCATGAGGGTGTATGCCAGCCTGTGGAACGCCGATGACTGGGCCACCCAAGGTGGGCGGGTCAAGACCGATTGGACCAAAGCACCATTCACAGCTTCCTACCGGAAGTTCAATGTCAATGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

151 aa · TkA04G443900|TK1151|PROTEIN

FDPTAAFHTYTIVWNNQRIIFLIDNIPVRVFHNNDAAGVPFPKSQPMRVYASLWNADDWATQGGRVKTDWTKAPFTASYRKFNVNGNKVGLNSLSTTSEKKNQAWATQDIDATGRNRIRWVQTKHMIYNYCNDRKRFPNGLSAECKRSRFL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G443900`
TK1151 ID	TkA04G443900
OH-1004 ID	LXL04_038583
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 52.613 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G443900

位置 Chr04:111909438-111918586 (-)

描述 Similar to Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48070`	催化木葡聚糖内水解（XEH）（通过相似性）。	Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (XTH) overexpression affects growth and cell wall mechanics in etiolated Arabidopsis hypocotyls.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert107 XTH20 and XTH19 regulated by ANAC071 under auxin flow are involved in cell proliferation in incised Arabidopsis inflorescence stems.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12654
`At4g14130`	催化木葡聚糖内水解和/或内转糖基化。	Distinct catalytic capacities of two aluminium-repressed Arabidopsis thaliana xyloglucan endotransglucosylase/hydrolases, XTH15 and XTH31, heterologously produced in Pichia.2015 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2014.09.020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038583 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010411 xyloglucan metabolic process 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23730

ath:AT4G14130

ath:AT5G57560

gmx:547802

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.521

排名 1 · TkA04G443900 · TK1151

高尔基体0.166

排名 2 · TkA04G443900 · TK1151

内质网0.097

排名 3 · TkA04G443900 · TK1151

细胞质0.093

排名 4 · TkA04G443900 · TK1151

细胞膜0.072

排名 5 · TkA04G443900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00722Glyco_hydro_161-72 aa

PF01054MMTV_SAg47-95 aa

PF06955XET_C102-145 aa

PF00722Glyco_hydro_16107-115 aa

PF01054MMTV_SAg117-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G443900	`PF00722`	Glyco_hydro_16	1	72	9.4e-27	94.3
TkA04G443900	`PF01054`	MMTV_SAg	47	95	0.056	14.4
TkA04G443900	`PF06955`	XET_C	102	145	7.3e-19	68.0
TkA04G443900	`PF00722`	Glyco_hydro_16	107	115	9.4e-27	94.3
TkA04G443900	`PF01054`	MMTV_SAg	117	127	0.056	14.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI31`	拟南芥	sp\|Q9FI31\|XTH20_ARATH Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 20	59.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q38911`	拟南芥	sp\|Q38911\|XTH15_ARATH Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 15	58.900%	Swiss-Prot	高置信

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