TkA04G440440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G440440

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 111104608-111106224 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1572 bp · TkA04G440440|TK1151|cDNA

ATGGTATCCGTTAAAAACATGACTTGGTCAAGTAGTGTTTACAATGGCCAAAAGAACGTCGCGAGAGTAAGTTACAACTCGAGTGAAAAACGGCTAAGTGTTGCGTTTACTGGGTTTGATCAATCTGGAGTTTTCACGCAAAGATTTAGCCAAGTCGTTGATCTGAAAAAGTATCTACCGGAATACGTCACCATTGGTTTTTCCGCTTCAACCGGTGAGTACTTCGAGATTCACACTCTTCATTCATGGGATTTCATCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1572 bp · TkA04G440440|TK1151|CDS

ATGGTATCCGTTAAAAACATGACTTGGTCAAGTAGTGTTTACAATGGCCAAAAGAACGTCGCGAGAGTAAGTTACAACTCGAGTGAAAAACGGCTAAGTGTTGCGTTTACTGGGTTTGATCAATCTGGAGTTTTCACGCAAAGATTTAGCCAAGTCGTTGATCTGAAAAAGTATCTACCGGAATACGTCACCATTGGTTTTTCCGCTTCAACCGGTGAGTACTTCGAGATTCACACTCTTCATTCATGGGATTTCATCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

523 aa · TkA04G440440|TK1151|PROTEIN

MVSVKNMTWSSSVYNGQKNVARVSYNSSEKRLSVAFTGFDQSGVFTQRFSQVVDLKKYLPEYVTIGFSASTGEYFEIHTLHSWDFIGSDITMNSSAPSPSIPEIAMNPVYESQRRFKVVVGVGIGLGFSVCALITGFFMFGCLKKRRIILHEKDTPEFEIETGPKKYSYKELALATKNFSEGEKIGQGGFGGVYKGFLKETNCHVAVKKISSGSKQGIKEYAAEVKTISRLRHKNLVQLIGWCHEGKELLLVYEFMANGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G440440`
TK1151 ID	TkA04G440440
OH-1004 ID	LXL04_038538
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.748 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G440440

位置 Chr04:111104608-111106224 (-)

描述 Similar to LECRK91: L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10530`	促进过氧化氢H(2)O(2)的生成和细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`At5g65600`	促进过氧化氢H(2)O(2)的生成和细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`At3g53380`	含 L 型凝集素结构域的受体激酶 VIII.1。	暂无已核实直接文献
`At3g55550`	参与对病原性卵菌 Phytophthora infestans 和 Phytophthora capsici 以及病原性细菌 Pseudomonas syringae 的抗性反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0531400`	含凝集素结构域的受体激酶，参与盐胁迫反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038538 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0140426 pathogen-associated molecular pattern receptor signaling pathway 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53380

ath:AT3G53810

ath:AT5G10530

ath:AT5G55830

ath:AT5G65600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.850

排名 1 · TkA04G440440 · TK1151

细胞质0.091

排名 2 · TkA04G440440 · TK1151

内质网0.079

排名 3 · TkA04G440440 · TK1151

细胞核0.055

排名 4 · TkA04G440440 · TK1151

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · TkA04G440440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00139Lectin_legB2-93 aa

PF18483Lectin_L-type_dom12-78 aa

PF00069Pkinase180-446 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr182-386 aa

PF03109ABC1184-228 aa

PF01636APH287-325 aa

PF03109ABC1289-331 aa

PF17667Pkinase_fungal296-352 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G440440	`PF00139`	Lectin_legB	2	93	1.6e-18	67.8
TkA04G440440	`PF18483`	Lectin_L-type_dom	12	78	0.0051	17.4
TkA04G440440	`PF00069`	Pkinase	180	446	3e-50	171.8
TkA04G440440	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	182	386	5.6e-47	160.9
TkA04G440440	`PF03109`	ABC1	184	228	0.051	13.4
TkA04G440440	`PF01636`	APH	287	325	0.11	12.9
TkA04G440440	`PF03109`	ABC1	289	331	0.051	13.4
TkA04G440440	`PF17667`	Pkinase_fungal	296	352	0.0043	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXA5`	拟南芥	sp\|Q9LXA5\|LRK91_ARATH L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.1	47.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LSL5`	拟南芥	sp\|Q9LSL5\|LRK92_ARATH L-type lectin-domain containing receptor kinase IX.2	46.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LFH9`	拟南芥	sp\|Q9LFH9\|LRK81_ARATH L-type lectin-domain containing receptor kinase VIII.1	42.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M2S4`	拟南芥	sp\|Q9M2S4\|LRKS4_ARATH L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4	40.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XUN6`	水稻	sp\|Q7XUN6\|SIT2_ORYSJ L-type lectin-domain containing receptor kinase SIT2	44.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情