RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G434740
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 109646023-109647090 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

705 bp · TkA04G434740|TK1151|cDNA

ATGGAATCTGTGTCTGCCCTTTTAGAAGGAGAAAGGAACTACTTTAGTGAAACATATAATGTGAGTGAAGAGGCTGATTTCATGGCACATTTACTTGGTAACTTTTCGAATAATTTACCTAAACATTCTTCCACTTTTGAAGACTCTTCTTCTGCATTTTGGTCACCTTCAATATCCATGCCTTGTTTCCAAGACACTTATACAGATAACAACACTCTTCTTTTTCCCACTTCAAGTGGTGAAAGTTACCCTTCAATGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

705 bp · TkA04G434740|TK1151|CDS

ATGGAATCTGTGTCTGCCCTTTTAGAAGGAGAAAGGAACTACTTTAGTGAAACATATAATGTGAGTGAAGAGGCTGATTTCATGGCACATTTACTTGGTAACTTTTCGAATAATTTACCTAAACATTCTTCCACTTTTGAAGACTCTTCTTCTGCATTTTGGTCACCTTCAATATCCATGCCTTGTTTCCAAGACACTTATACAGATAACAACACTCTTCTTTTTCCCACTTCAAGTGGTGAAAGTTACCCTTCAATGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

234 aa · TkA04G434740|TK1151|PROTEIN

MESVSALLEGERNYFSETYNVSEEADFMAHLLGNFSNNLPKHSSTFEDSSSAFWSPSISMPCFQDTYTDNNTLLFPTSSGESYPSMGSSKGNSVIPCFSKKRSFSFDDVQMGWKKTKFTNIHDSDDECNRPKEEAMVNSSCKKRANNGTATDSQSVYAKKRRERINERLRILQSLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDELWMYAPLAYNGMNIGLLDVNLPSPR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G434740
TK1151 IDTkA04G434740
OH-1004 IDLXL04_038495
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G434740
位置Chr04:109646023-109647090 (+)
描述Similar to BHLH84: Transcription factor bHLH84
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g14760 转录因子 bHLH84。 暂无已核实直接文献
At4g33880 参与根毛延长调控的转录因子。
A mechanistic framework for auxin dependent Arabidopsis root hair elongation to low external phosphate.2018 · DOI: 10.1038/s41467-018-03851-3
At1g27740 参与根毛延长调控的转录因子。
A basic helix-loop-helix transcription factor controls cell growth and size in root hairs.2010 · DOI: 10.1038/ng.529
Intensity of a pulse of RSL4 transcription factor synthesis determines Arabidopsis root hair cell size.2015 · DOI: 10.1038/nplants.2015.138
ROOT HAIR DEFECTIVE SIX-LIKE4 (RSL4) promotes root hair elongation by transcriptionally regulating the expression of genes required for cell growth.2016 · DOI: 10.1111/nph.14095
A mechanistic framework for auxin dependent Arabidopsis root hair elongation to low external phosphate.2018 · DOI: 10.1038/s41467-018-03851-3
At5g43175 转录因子 bHLH139。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0508500 作为铁稳态调节因子的转录因子。
Identification of OsbHLH133 as a regulator of iron distribution between roots and shoots in Oryza sativa.2013 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2012.02569.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038495 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0048766 root hair initiation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能
GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27740
ath:AT2G14760
ath:AT4G33880
ath:AT5G43175
osa:107276670
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976
排名 1 · TkA04G434740 · TK1151
细胞质0.096
排名 2 · TkA04G434740 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA04G434740 · TK1151
内质网0.015
排名 4 · TkA04G434740 · TK1151
质体0.011
排名 5 · TkA04G434740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09808SNAPC196-125 aa
PF04281Tom22118-197 aa
PF09808SNAPC1151-179 aa
PF23177bHLH_IRO3153-205 aa
PF00010HLH159-199 aa
PF23173bHLH_SAC51159-204 aa
PF23176bHLH_LHW162-199 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G434740PF09808SNAPC1961250.2312.2
TkA04G434740PF04281Tom221181970.02415.2
TkA04G434740PF09808SNAPC11511790.2312.2
TkA04G434740PF23177bHLH_IRO31532050.003318.5
TkA04G434740PF00010HLH1591993.7e-0937.0
TkA04G434740PF23173bHLH_SAC511592043.3e-0834.0
TkA04G434740PF23176bHLH_LHW1621996.4e-0626.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7XHI9拟南芥sp|Q7XHI9|BH084_ARATH Transcription factor bHLH8483.100%Swiss-Prot低置信
Q84WK0拟南芥sp|Q84WK0|RSL2_ARATH Transcription factor RSL280.900%Swiss-Prot低置信
Q8LEG1拟南芥sp|Q8LEG1|RSL4_ARATH Transcription factor RSL381.900%Swiss-Prot低置信
Q3E7L7拟南芥sp|Q3E7L7|BH139_ARATH Transcription factor bHLH13978.600%Swiss-Prot低置信
Q2QQ32水稻sp|Q2QQ32|BH133_ORYSJ Transcription factor BHLH13348.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看