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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G426950
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 107759674-107763005 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2569 bp · TkA04G426950|TK1151|cDNA

GTGCGTCCATTTCGTAGGTTTCACCGTTTCAGCACTTCATCAACTTGCCGCCTGCAGTTTTTATTTTCCTCTTCAAACCCTCGTATCCCGACTTTTACTCCCAACCTCTCTTATCTATATCTCCTCTCTCTCTCCGCCGTACCCAGGCGGCGATCTAGGCTGTTCCCTGGTCGGATCACCGGCTAATCTATCCTTATTTATATCCTTCCCTCTCCTATCTCTCTCTCTATCTCTCTTATAACAGAAAAACAAAAAAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1959 bp · TkA04G426950|TK1151|CDS

ATGGCGGCTCAGGTTCAAGTTCAACCTCAGGCGGTGAGTGCTGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCTGGTGCTCAGCAGTTTGTACCGACTTCATTGTATGTTGGCGATCTGGAGTGGAATGTGACGGATTCGCAATTGTATGATCTGTTTAATCAGTTAGGCCAGGTGGTTTCTGTTCGAGTTTGCAGGGACTTGTCTACTCGACGATCGCTCGGCTATGGCTATGTCAACTACGCTAATCCTCAAGATGCTGCAAGGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

652 aa · TkA04G426950|TK1151|PROTEIN

MAAQVQVQPQAVSAGGGGAAPAGAQQFVPTSLYVGDLEWNVTDSQLYDLFNQLGQVVSVRVCRDLSTRRSLGYGYVNYANPQDAARAMEVLNFTPLNGKPIRIMYSHRDPSTRKSGSGNIFIKNLDKAIDQKALHDTFSTFGNILSCKIATDSTGQSKGYGFVQYDAEEAAQKAIEKLNGMLLNDKQVYVGPFLRKQERDLAVDKTKFTNIYVKNLSESTTDEDLNKTFSEYGTVTSAVVMRDSEGNSKGFGFVNFENAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G426950
TK1151 IDTkA04G426950
OH-1004 IDLXL04_001595
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)85.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G426950
位置Chr04:107759674-107763005 (-)
描述Similar to PAB2: Polyadenylate-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g34110 结合 mRNA 的聚 尾。 暂无已核实直接文献
At1g49760 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At2g23350 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At1g71770 结合 mRNA 的聚 尾。
Differential organ-specific expression of three poly(A)-binding-protein genes from Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1073/pnas.90.14.6686
A pollen-, ovule-, and early embryo-specific poly(A) binding protein from Arabidopsis complements essential functions in yeast.1996 · DOI: 10.1105/tpc.8.8.1261
At1g22760 结合 mRNA 的聚 尾。
Unexpected complexity of poly(A)-binding protein gene families in flowering plants: three conserved lineages that are at least 200 million years old and possible auto- and cross-regulation.2003 · DOI: 10.1093/genetics/163.1.311
Evidence that poly(A) binding protein has an evolutionarily conserved function in facilitating mRNA biogenesis and export.2003 · DOI: 10.1261/rna.5128903

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001595 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006413 translational initiation 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0060211 regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:1900151 regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22760
ath:AT1G49760
ath:AT1G71770
ath:AT2G23350
ath:AT4G34110
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.656
排名 1 · TkA04G426950 · TK1151
细胞核0.459
排名 2 · TkA04G426950 · TK1151
细胞膜0.072
排名 3 · TkA04G426950 · TK1151
线粒体0.057
排名 4 · TkA04G426950 · TK1151
内质网0.054
排名 5 · TkA04G426950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_132-102 aa
PF13893RRM_532-108 aa
PF16367RRM_732-57 aa
PF22976RRM_1038-102 aa
PF16842RRM_occluded40-103 aa
PF08777RRM_341-90 aa
PF05172RRM_Nup3544-89 aa
PF14605Nup35_RRM_250-87 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G426950PF00076RRM_1321023.6e-92303.0
TkA04G426950PF13893RRM_5321081.9e-1350.9
TkA04G426950PF16367RRM_732576e-0833.3
TkA04G426950PF22976RRM_10381021.9e-1454.2
TkA04G426950PF16842RRM_occluded401031.8e-1454.1
TkA04G426950PF08777RRM_341903e-0937.6
TkA04G426950PF05172RRM_Nup3544891.1e-0732.4
TkA04G426950PF14605Nup35_RRM_250870.003418.0
TkA04G426950PF28977DUF848955920.2512.3
TkA04G426950PF29326RRM_MUD2_C691061.8e-0938.3
TkA04G426950PF11608RRM_MARF1721020.02415.5
TkA04G426950PF28976RRM_ACIN173921.6e-0938.4
TkA04G426950PF25015RBD_AKAP-17A74920.00417.3
TkA04G426950PF11767SET_assoc75960.0005220.3
TkA04G426950PF29396F07F6_N751090.04414.2
TkA04G426950PF24099RBD_DGKtheta751010.06814.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P42731拟南芥sp|P42731|PABP2_ARATH Polyadenylate-binding protein 270.300%Swiss-Prot高置信
Q9FXA2拟南芥sp|Q9FXA2|PABP8_ARATH Polyadenylate-binding protein 870.900%Swiss-Prot高置信
O22173拟南芥sp|O22173|PABP4_ARATH Polyadenylate-binding protein 460.400%Swiss-Prot高置信
Q05196拟南芥sp|Q05196|PABP5_ARATH Polyadenylate-binding protein 555.200%Swiss-Prot高置信
O64380拟南芥sp|O64380|PABP3_ARATH Polyadenylate-binding protein 355.600%Swiss-Prot高置信

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