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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G418130
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 105251490-105252680 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1191 bp · TkA04G418130|TK1151|cDNA

ATGATCACCGTCTCGCCGGCACCTTCACCGAATTATAATCTTCATCGTCAAGCTCCAGCTTCAGCTCCGGCTTCATGGCTTCCTAATTCCTCGTCAAAACCGCCTGTTCGATTCAGCCCGCCTTTGATAGCTATGGTTGTGATCATCGCCACTGCTTTTATCACAATCACATACTCCCGAGCCATTTCCCGACGATTCCTCCGTTTACGACGGAGCTGGCGACAGTGGCGGAGACGGCGACGCCTTCTCCGTTCATACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1191 bp · TkA04G418130|TK1151|CDS

ATGATCACCGTCTCGCCGGCACCTTCACCGAATTATAATCTTCATCGTCAAGCTCCAGCTTCAGCTCCGGCTTCATGGCTTCCTAATTCCTCGTCAAAACCGCCTGTTCGATTCAGCCCGCCTTTGATAGCTATGGTTGTGATCATCGCCACTGCTTTTATCACAATCACATACTCCCGAGCCATTTCCCGACGATTCCTCCGTTTACGACGGAGCTGGCGACAGTGGCGGAGACGGCGACGCCTTCTCCGTTCATACGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

396 aa · TkA04G418130|TK1151|PROTEIN

MITVSPAPSPNYNLHRQAPASAPASWLPNSSSKPPVRFSPPLIAMVVIIATAFITITYSRAISRRFLRLRRSWRQWRRRRRLLRSYVPSSVGNGDIESPVYTGEELYDPTYGYQMFSPYGLDDAVIKTIPLSVHSRKSSVHECAVCLLEFEDNDCVRTLPVCYHAFHVECIDVWLRCHANCPLCRASVFRPESPFIPVMSARIRPNFEDVMIESPIIEPSPVPEHDQQVDSAVSVSEITQETSPLRIPSEDRFSRRDFLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G418130
TK1151 IDTkA04G418130
OH-1004 IDLXL04_038327
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G418130
位置Chr04:105251490-105252680 (+)
描述Similar to ATL65: RING-H2 finger protein ATL65
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g18930 RING-H2 指蛋白 ATL65。 暂无已核实直接文献
At5g17600 RING-H2 指蛋白 ATL52。 暂无已核实直接文献
At3g03550 RING-H2 指蛋白 ATL51。 暂无已核实直接文献
At1g23980 RING-H2指蛋白ATL47。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0590900 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038327 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0031982 vesicle 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04360
ath:AT1G23980
ath:AT3G18930
ath:AT4G17905
dosa:Os04g0590900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.346
排名 1 · TkA04G418130 · TK1151
细胞核0.330
排名 2 · TkA04G418130 · TK1151
细胞质0.249
排名 3 · TkA04G418130 · TK1151
内质网0.138
排名 4 · TkA04G418130 · TK1151
溶酶体／液泡0.085
排名 5 · TkA04G418130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07219HemY_N35-84 aa
PF12678zf-rbx1138-185 aa
PF05883Baculo_RING139-198 aa
PF13639zf-RING_2142-185 aa
PF17123zf-RING_11142-171 aa
PF13923zf-C3HC4_2142-184 aa
PF14634zf-RING_5142-185 aa
PF00097zf-C3HC4143-184 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G418130PF07219HemY_N35840.001719.1
TkA04G418130PF12678zf-rbx11381859.3e-0936.1
TkA04G418130PF05883Baculo_RING1391980.07213.8
TkA04G418130PF13639zf-RING_21421852.8e-1144.2
TkA04G418130PF17123zf-RING_111421719.5e-0935.5
TkA04G418130PF13923zf-C3HC4_21421845.1e-0523.7
TkA04G418130PF14634zf-RING_51421850.2712.0
TkA04G418130PF00097zf-C3HC41431840.001119.5
TkA04G418130PF13445zf-RING_UBOX1431821.99.3
TkA04G418130PF12861zf-ANAPC111501870.001519.3
TkA04G418130PF25143Zn_ribbon_IFT122_C1601862.09.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q67YI6拟南芥sp|Q67YI6|ATL65_ARATH RING-H2 finger protein ATL6544.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LF64拟南芥sp|Q9LF64|ATL52_ARATH RING-H2 finger protein ATL5235.200%Swiss-Prot低置信
Q9SRQ8拟南芥sp|Q9SRQ8|ATL51_ARATH RING-H2 finger protein ATL5150.000%Swiss-Prot低置信
Q8GW38拟南芥sp|Q8GW38|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL4738.700%Swiss-Prot低置信
Q7XLY8水稻sp|Q7XLY8|ATL41_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase Os04g059090035.100%Swiss-Prot低置信

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