TkA04G415970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G415970

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 104765175-104772971 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2353 bp · TkA04G415970|TK1151|cDNA

TCACCACCACGGTGGTTTCCGGTTGGGGTCCACCATATCTAGATGGAGAGCAGGAGATGCCACAACTGCAACGCTGAATAAAGTAACCATAAACAAGTAGATATCACACGTTAGCGCGCTTTCTCTCTCACACACACAAACTGAAATTCAACTTTGATCCGAAGCATTAATGGAGCTTCGGTCAATTCAGTCTCCGGTCGTTAGTAGCATACCTGCAAAAGGCTTTAAGGAATCGCAGCAATTCATATGCTACCGCAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2505 bp · TkA04G415970|TK1151|CDS

ATGGAGCTTCGGTCAATTCAGTCTCCGGTCGTTAGTAGCATACCTGCAAAAGGCTTTAAGGAATCGCAGCAATTCATATGCTACCGCAACCTTATCAAATCCTTCGGAACGAAGTCAATAGCTCAGACAAATGCTATAAAGCTTAGACCAGTTCGATTCAAGGTCCAAGCCTCAGTTTATGCTTTGACTTTCAACTTTCAAGTAATCGGTTTCGATGTTTCATTCATGATTAGTGAGAATTTCGCGAGCAATTTCAATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

834 aa · TkA04G415970|TK1151|PROTEIN

MELRSIQSPVVSSIPAKGFKESQQFICYRNLIKSFGTKSIAQTNAIKLRPVRFKVQASVYALTFNFQVIGFDVSFMISENFASNFNCATTTGTQPAESETKDGEEVVFVAGATGKVGSRTVRELLKLKFNVRAGVRSIQRAQSLVKSVQQMKLDGSQPIEKLELVECDLEKPEQIKSALGKASTVICCIGASEKEIFDVTGPYRIDFQATKNLIDAAAAAKAKHFILVTSLGTNKFGFPAAILNLFWGVLCWKRKAEEAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G415970`
TK1151 ID	TkA04G415970
OH-1004 ID	LXL04_038309
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.343 / OH-1004 91.493 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G415970

位置 Chr04:104765175-104772971 (+)

描述 Similar to TIC62: Protein TIC 62, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18890`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At2g37660`	未表征蛋白 At2g37660，叶绿体的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0100300`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0098807 chloroplast thylakoid membrane protein complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18890

dosa:Os10g0100300

osa:4347935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · TkA04G415970 · TK1151

细胞质0.027

排名 2 · TkA04G415970 · TK1151

线粒体0.027

排名 3 · TkA04G415970 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA04G415970 · TK1151

细胞核0.017

排名 5 · TkA04G415970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA105-282 aa

PF00106adh_short106-182 aa

PF01370Epimerase107-230 aa

PF02719Polysacc_synt_2107-229 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd108-184 aa

PF010733Beta_HSD109-231 aa

PF07993NAD_binding_4109-230 aa

PF13460NAD_binding_10111-317 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G415970	`PF05368`	NmrA	105	282	1.7e-15	58.1
TkA04G415970	`PF00106`	adh_short	106	182	0.0072	16.5
TkA04G415970	`PF01370`	Epimerase	107	230	6.4e-08	33.0
TkA04G415970	`PF02719`	Polysacc_synt_2	107	229	0.061	13.2
TkA04G415970	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	108	184	0.0063	16.7
TkA04G415970	`PF01073`	3Beta_HSD	109	231	9.5e-07	28.8
TkA04G415970	`PF07993`	NAD_binding_4	109	230	0.0015	18.4
TkA04G415970	`PF13460`	NAD_binding_10	111	317	2.9e-32	112.7
TkA04G415970	`PF08732`	HIM1	174	275	0.0006	20.1
TkA04G415970	`PF07993`	NAD_binding_4	262	275	0.0015	18.4
TkA04G415970	`PF01370`	Epimerase	623	637	6.4e-08	33.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0U5`	拟南芥	sp\|Q8H0U5\|TIC62_ARATH Protein TIC 62, chloroplastic	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`O80934`	拟南芥	sp\|O80934\|Y2766_ARATH Uncharacterized protein At2g37660, chloroplastic	42.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q10A77`	水稻	sp\|Q10A77\|TIC62_ORYSJ Protein TIC 62, chloroplastic	50.200%	Swiss-Prot	中等置信

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