TkA04G407660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G407660

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 102474464-102480288 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3304 bp · TkA04G407660|TK1151|cDNA

CACTCCTTAAAACCCAGAGGCCAAAACCCCGCCGCGACTTTGGAGCTGCGAGTTTTTAGGTTCAAATCATAAGTGACAGACATGGGGAAGAAGAAGAAGATGATGAGGCAAGAAGCCGGTGGTAGCCAGCACAGTCCGGCTACCGTTTTCGTTACCAATTTGCCATATACTTTCACTAATCCTCAGCTGGAGGAAACATTCAGCGATGTTGGACCAGTTAGGCGGTGCTTTATGGTTACGCAGAAAGGATCGACTGAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2121 bp · TkA04G407660|TK1151|CDS

ATGGCAGATGAAGTTCACCGTATTGCTAGGGAGTGTGGGTCCGTCTCTTCCATAACTTACCCTCTTCCTAAAGACGAGACAGCTCATCATGGGCTTCTTCAAGATGGATGCAGATTGGGTTCATCATCTATAGTTTACACCAGTGTCAAATCAGCACGTGCTTGTGTGGCAAAATTACATCAGAAAAATTTAAGTGGTGGCACTGTTTGGGCCCGCCAGTTAGGTGGAGAAGGTTCTAAGGTACAGAAATGGAAGCTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

706 aa · TkA04G407660|TK1151|PROTEIN

MADEVHRIARECGSVSSITYPLPKDETAHHGLLQDGCRLGSSSIVYTSVKSARACVAKLHQKNLSGGTVWARQLGGEGSKVQKWKLIIRNLPFKADVKEIKEMFSPAGFVWDVFIPKKPDSGQSKGFAFVKFTCKQDAENAIQKFNGKSFGKRPIAVDWAVPKKIYTAGTQATLQNDGQKESDDEDSSSDMEDDDMETDKTTTQCSQKPADIPEGSGSDSEQANFDEEADVTKKVLNNFLSSSNEPIASIIDVHMSPQKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G407660`
TK1151 ID	TkA04G407660
OH-1004 ID	LXL04_038224
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 70.238 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G407660`
位置	Chr04:102474464-102480288 (-)
描述	Similar to Rbm28: RNA-binding protein 28
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038224` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:55131 mmu:68272 spo:2540871 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919

排名 1 · TkA04G407660 · TK1151

细胞质0.130

排名 2 · TkA04G407660 · TK1151

线粒体0.037

排名 3 · TkA04G407660 · TK1151

细胞膜0.021

排名 4 · TkA04G407660 · TK1151

内质网0.011

排名 5 · TkA04G407660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29326RRM_MUD2_C10-69 aa

PF28441RRM_1130-64 aa

PF16367RRM_739-58 aa

PF00076RRM_140-66 aa

PF28976RRM_ACIN145-62 aa

PF16367RRM_785-138 aa

PF17799RRM_Rrp785-105 aa

PF00076RRM_186-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G407660	`PF29326`	RRM_MUD2_C	10	69	0.00064	20.5
TkA04G407660	`PF28441`	RRM_11	30	64	3e-07	31.4
TkA04G407660	`PF16367`	RRM_7	39	58	0.00099	19.8
TkA04G407660	`PF00076`	RRM_1	40	66	1.1e-39	134.8
TkA04G407660	`PF28976`	RRM_ACIN1	45	62	0.24	12.2
TkA04G407660	`PF16367`	RRM_7	85	138	0.00099	19.8
TkA04G407660	`PF17799`	RRM_Rrp7	85	105	0.0055	17.3
TkA04G407660	`PF00076`	RRM_1	86	155	1.1e-39	134.8
TkA04G407660	`PF28441`	RRM_11	88	157	3e-07	31.4
TkA04G407660	`PF22976`	RRM_10	90	146	0.00099	19.9
TkA04G407660	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	94	139	0.0043	18.2
TkA04G407660	`PF28976`	RRM_ACIN1	97	150	0.24	12.2
TkA04G407660	`PF07576`	BRAP2	123	151	0.22	12.5
TkA04G407660	`PF29326`	RRM_MUD2_C	125	157	0.00064	20.5
TkA04G407660	`PF29396`	F07F6_N	129	182	0.086	13.3
TkA04G407660	`PF22976`	RRM_10	228	268	0.00099	19.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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