TkA04G404930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G404930

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 101826437-101828657 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1822 bp · TkA04G404930|TK1151|cDNA

AAAGACTTCAACACAAAACCACTCCTTCCAGTTTCAGCCCCCATTCTAAACTCCACAATCTCCCAATCCTCCATTAAAATCCATTCCAAAAGCTTCCTAGAAATAATCTACCAACATCTATTTCCTCATTTCTTTCATATGAGAATTTATTGAAAACGAGGGTGAATCAATATGGCTCCAGAGGATCGCGCCACCTCGGCAGGAAGAAACACGGCTGGCGGTGGTGGTAGTTGTGCACGGGTAAACAACGGACAGGTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA04G404930|TK1151|CDS

ATGGCTCCAGAGGATCGCGCCACCTCGGCAGGAAGAAACACGGCTGGCGGTGGTGGTAGTTGTGCACGGGTAAACAACGGACAGGTCTTGAAAAAAGGGCCATGGACAGCGGCGGAAGATGCGATTTTAATGGAGTATGTGAAGAAACACGGCGAAGGGAATTGGAATGCTGTTCAACGGAATTCCGGGTTGATGAGATGCGGCAAAAGTTGCAGGCTCCGATGGGCGAACCATTTAAGACCGAATCTCAAGAAAGGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

483 aa · TkA04G404930|TK1151|PROTEIN

MAPEDRATSAGRNTAGGGGSCARVNNGQVLKKGPWTAAEDAILMEYVKKHGEGNWNAVQRNSGLMRCGKSCRLRWANHLRPNLKKGAFTPEEERQIIELHSKFGNKWARMALHLQGRTDNEIKNYWNTRLKRRLRAGLPIYPVDFQQQHHHHRRHLEQPVQNQPLPFPTSSSSTNHAHAALNSISPMLFSPINYPVLNTPLYYPNSQSHYKLLRDNNGGVALSLPSHSNPQFNNSTPSSMSFYNQGLPSSDHGMSPIPTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G404930`
TK1151 ID	TkA04G404930
OH-1004 ID	LXL04_038186
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G404930

位置 Chr04:101826437-101828657 (+)

描述 Similar to MYB101: Transcription factor MYB101

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32460`	转录激活因子。	ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630 MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933 The over-expression of two transcription factors, ABS5/bHLH30 and ABS7/MYB101, leads to upwardly curly leaves.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0107637
`At5g06100`	α-淀粉酶表达的转录激活剂，与靶基因启动子中的 5'-CAACTGTC-3' 基序结合。	The Arabidopsis GAMYB-like genes, MYB33 and MYB65, are microRNA-regulated genes that redundantly facilitate anther development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027920 ABA induction of miR159 controls transcript levels of two MYB factors during Arabidopsis seed germination.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02980.x The microRNA159-regulated GAMYB-like genes inhibit growth and promote programmed cell death in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.160630
`At4g26930`	转录激活因子。	MYB97, MYB101 and MYB120 function as male factors that control pollen tube-synergid interaction in Arabidopsis thaliana fertilization.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003933

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WW87`	激活糊粉层细胞中赤霉素依赖的α-淀粉酶表达的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0812000`	糊粉细胞中赤霉素依赖性 α-淀粉酶表达的转录激活剂。	Loss-of-function mutations of the rice GAMYB gene impair alpha-amylase expression in aleurone and flower development.2004 · DOI: 10.1105/tpc.017327 Gibberellin modulates anther development in rice via the transcriptional regulation of GAMYB.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062935 Identification of gamyb-4 and analysis of the regulatory role of GAMYB in rice anther development.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00959.x Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038186 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32460

ath:AT4G26930

ath:AT5G06100

dosa:Os01g0812000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · TkA04G404930 · TK1151

细胞质0.104

排名 2 · TkA04G404930 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA04G404930 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA04G404930 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA04G404930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding32-79 aa

PF13921Myb_DNA-bind_635-95 aa

PF08914Myb_Rap135-85 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp335-64 aa

PF00249Myb_DNA-binding85-129 aa

PF13921Myb_DNA-bind_688-134 aa

PF08914Myb_Rap188-105 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G404930	`PF00249`	Myb_DNA-binding	32	79	2e-34	118.2
TkA04G404930	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	35	95	9.5e-21	74.5
TkA04G404930	`PF08914`	Myb_Rap1	35	85	0.011	16.8
TkA04G404930	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	35	64	0.034	14.9
TkA04G404930	`PF00249`	Myb_DNA-binding	85	129	2e-34	118.2
TkA04G404930	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	88	134	9.5e-21	74.5
TkA04G404930	`PF08914`	Myb_Rap1	88	105	0.011	16.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80883`	拟南芥	sp\|O80883\|MB101_ARATH Transcription factor MYB101	75.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q8W1W6`	拟南芥	sp\|Q8W1W6\|MYB33_ARATH Transcription factor MYB33	72.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S773`	拟南芥	sp\|Q9S773\|MYB97_ARATH Transcription factor MYB97	63.900%	Swiss-Prot	低置信
`A2WW87`	水稻	sp\|A2WW87\|GAM1_ORYSI Transcription factor GAMYB	78.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JIC2`	水稻	sp\|Q0JIC2\|GAMYB_ORYSJ Transcription factor GAMYB	78.900%	Swiss-Prot	低置信

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