TkA04G403270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G403270

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 101422611-101423117 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

507 bp · TkA04G403270|TK1151|cDNA

ATGGCCACCGGTGGTTCGCCGTGGGTAAACGTGAACGACGCTGTATCAGTTCTTTACAGAATTGCGTTTTCCGGGGAAATTCCAGAAATCCCGGAAGAATTTTCCGATAAAGGAAAGGACTTTATTAAAAAGTGTTTGATTCGGGATCCAAGAGAGAGGTGGACGGCGAAACAGCTTCTCAATCACCCGTATCTTCAACAATTCGACGACAATTCAAACGAAATCATCTCTGAAAAGATCTATACGGATTCTCCGACGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

507 bp · TkA04G403270|TK1151|CDS

ATGGCCACCGGTGGTTCGCCGTGGGTAAACGTGAACGACGCTGTATCAGTTCTTTACAGAATTGCGTTTTCCGGGGAAATTCCAGAAATCCCGGAAGAATTTTCCGATAAAGGAAAGGACTTTATTAAAAAGTGTTTGATTCGGGATCCAAGAGAGAGGTGGACGGCGAAACAGCTTCTCAATCACCCGTATCTTCAACAATTCGACGACAATTCAAACGAAATCATCTCTGAAAAGATCTATACGGATTCTCCGACGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

168 aa · TkA04G403270|TK1151|PROTEIN

MATGGSPWVNVNDAVSVLYRIAFSGEIPEIPEEFSDKGKDFIKKCLIRDPRERWTAKQLLNHPYLQQFDDNSNEIISEKIYTDSPTSILDQDVWNSMEEPCSSSSTVGSDFAQSTCSSNYLRQRIKQLADKSEIPKWRCEREETKWITIRINEDVTEKQLWGGERCGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G403270`
TK1151 ID	TkA04G403270
OH-1004 ID	LXL04_038177
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.667 / OH-1004 40.849 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G403270

位置 Chr04:101422611-101423117 (-)

描述 Similar to MAPKKK18: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05100`	脱落酸信号通路的组成部分，在非生物胁迫下充当 ABA 信号转导器。	An abscisic acid inducible Arabidopsis MAPKKK, MAPKKK18 regulates leaf senescence via its kinase activity.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0295-0 Arabidopsis ABA-Activated Kinase MAPKKK18 is Regulated by Protein Phosphatase 2C ABI1 and the Ubiquitin-Proteasome Pathway.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv146
`At2g32510`	脱落酸（ABA）信号通路的组成部分，在非生物胁迫情况下可能作为ABA信号转导子。	暂无已核实直接文献
`At1g63700`	在 MAP 激酶级联反应中发挥作用，作为分子开关调节受精卵和早期胚胎的第一次细胞命运决定。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038177 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05100

ath:AT1G54960

ath:AT2G32510

ath:AT3G50310

ddi:DDB_G0283265

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541

排名 1 · TkA04G403270 · TK1151

细胞核0.472

排名 2 · TkA04G403270 · TK1151

细胞膜0.099

排名 3 · TkA04G403270 · TK1151

线粒体0.051

排名 4 · TkA04G403270 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA04G403270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase26-65 aa

PF23974DUF7300134-159 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G403270	`PF00069`	Pkinase	26	65	1.8e-07	31.6
TkA04G403270	`PF23974`	DUF7300	134	159	0.088	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVP5`	拟南芥	sp\|Q9ZVP5\|M3K18_ARATH Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 18	46.200%	Swiss-Prot	中等置信
`O80888`	拟南芥	sp\|O80888\|M3K17_ARATH Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 17	46.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9CAD5`	拟南芥	sp\|Q9CAD5\|YODA_ARATH Mitogen-activated protein kinase kinase kinase YODA	40.300%	Swiss-Prot	低置信

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