TkA04G390660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G390660

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 98243435-98245539 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1601 bp · TkA04G390660|TK1151|cDNA

GTTTTATAAAAGTTGTAACTCAAATCACAGCGACCCAATATCAAATACCCGGCCCATGTGGGATGGAGCTGGGTCTATCATATATACCCGACGAGGTCGATACGTGAACTCTCACGCAAGAAAACCAAAAATGGAAGAAACTCCGACAACCAACATCGGCGGAGACGCCCATCAGGAAATGATCGCAGCATTCTCAGAGATAACTTCTGCTTCCAAAGAAGAAGCCTCATTCTTCCTCGAATCGCACAACTTCGATCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

879 bp · TkA04G390660|TK1151|CDS

ATGTGGGATGGAGCTGGGTCTATCATATATACCCGACGAGGTCGATACGTGAACTCTCACGCAAGAAAACCAAAAATGGAAGAAACTCCGACAACCAACATCGGCGGAGACGCCCATCAGGAAATGATCGCAGCATTCTCAGAGATAACTTCTGCTTCCAAAGAAGAAGCCTCATTCTTCCTCGAATCGCACAACTTCGATCTCGATTCCGCCATCTCCACCTTCTTCGAAAACGCTGCTGTCGCAGAAGAGGCTCCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

292 aa · TkA04G390660|TK1151|PROTEIN

MWDGAGSIIYTRRGRYVNSHARKPKMEETPTTNIGGDAHQEMIAAFSEITSASKEEASFFLESHNFDLDSAISTFFENAAVAEEAPIAALPARNPNRPSDTHSPSFSPSSSPSRSRSASPPPSLGLQQMAGGNPYNLRSRNPATDKKPSGSRSTGRIRTFADLNRPDDDSGSDSDEPQEYYTGGEKSGMLVQDPTRANDVESLFNQARQAGAEEGTLEQLQPSSSTRSFAGRGRLLSGETTSATPQQSEPDVHTHTITFW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G390660`
TK1151 ID	TkA04G390660
OH-1004 ID	LXL04_038122
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.973 / OH-1004 65.385 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G390660

位置 Chr04:98243435-98245539 (+)

描述 Similar to PUX5: Plant UBX domain-containing protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15410`	含UBX结构域的植物蛋白5。	暂无已核实直接文献
`At4g04210`	含UBX结构域的植物蛋白4。	暂无已核实直接文献
`At4g22150`	含UBX结构域的植物蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0046604 positive regulation of mitotic centrosome separation 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:1904780 negative regulation of protein localization to centrosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G04210

ath:AT4G15410

ath:AT4G22150

hsa:55968

pon:100172420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.750

排名 1 · TkA04G390660 · TK1151

细胞核0.471

排名 2 · TkA04G390660 · TK1151

内质网0.057

排名 3 · TkA04G390660 · TK1151

线粒体0.047

排名 4 · TkA04G390660 · TK1151

过氧化物酶体0.043

排名 5 · TkA04G390660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22566UBA_839-81 aa

PF14555UBA_440-79 aa

PF03943TAP_C41-80 aa

PF28536DUF843253-78 aa

PF08059SEP257-289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G390660	`PF22566`	UBA_8	39	81	7.4e-07	29.6
TkA04G390660	`PF14555`	UBA_4	40	79	1e-12	48.3
TkA04G390660	`PF03943`	TAP_C	41	80	0.084	13.2
TkA04G390660	`PF28536`	DUF8432	53	78	0.26	11.6
TkA04G390660	`PF08059`	SEP	257	289	1.2e-12	49.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y175`	拟南芥	sp\|Q7Y175\|PUX5_ARATH Plant UBX domain-containing protein 5	48.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWU7`	拟南芥	sp\|Q8RWU7\|PUX4_ARATH Plant UBX domain-containing protein 4	65.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SUG6`	拟南芥	sp\|Q9SUG6\|PUX3_ARATH Plant UBX domain-containing protein 3	64.600%	Swiss-Prot	低置信

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