RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G390560
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 98219515-98223690 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2545 bp · TkA04G390560|TK1151|cDNA

AGTAAGATGCTATTGGTGACTGGACCCATTCAGTCATTCATCCACATAGAGATTGGATCCAAATTCCCATTGTACTAACCAACTAACCCTAGGGTCCAACAAAGGACCACCATTGGCTTGATTAGGTGTAAACAGTTCATCCACAAAAAATATTAATTTTCATCACATGCCACACACACAAGAAAATCAATACAGGACAAAACCAATTAGTTATTAAATCAAAACTCATCACCACCACTTACTTCATGACCGGCTGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1071 bp · TkA04G390560|TK1151|CDS

ATGATTTTGGCGGTTGTTGTTTTGGTTTGTGGGACCATGTTGTATCGGTTTAAGAAACCGCAAGGGAGCCCGTTGACGGTAATTTGGCGGGTGGTGTTTTTGGCGATAAAGAACCGGAAGCTTACGTATTCGAAACCCGAGTTTCTTAATGATTATATCAACTCAAAAGTTCCACATACAAAGAGATTCAGGTGTCTCGACAAGGCGGCCGTGCTAGACGATTATGCATCTACAGAAGAAAACCGAAACAATCCATGGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

356 aa · TkA04G390560|TK1151|PROTEIN

MILAVVVLVCGTMLYRFKKPQGSPLTVIWRVVFLAIKNRKLTYSKPEFLNDYINSKVPHTKRFRCLDKAAVLDDYASTEENRNNPWIVSTVTQVEEVKMVINLIPIWSTCILFWTVYSQMNTFTIEQATLMNRNVSSFTIPAGSFSVFLFISILLFTSLNERVVIPLARKITHDPKGLRSLQRVGIGLVLSIFGMVASAIVEKRRRVMHSETTEISAFWLVPQFFLVGAGEAFAYVGQLEFFIREAPERMKSMSTGLFLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G390560
TK1151 IDTkA04G390560
OH-1004 IDLXL04_038117
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 61.379
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G390560
位置Chr04:98219515-98223690 (+)
描述Similar to NPF6.4: Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g21670 低亲和力硝酸盐转运蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g26690 低亲和力质子依赖性硝酸盐转运蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g12110 双亲和力硝酸盐转运蛋白。
CHL1 is a dual-affinity nitrate transporter of Arabidopsis involved in multiple phases of nitrate uptake.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.5.865
The nitrate transporter AtNRT1.1 (CHL1) functions in stomatal opening and contributes to drought susceptibility in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.006312
Switching between the two action modes of the dual-affinity nitrate transporter CHL1 by phosphorylation.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg118
Transcript profiling in the chl1-5 mutant of Arabidopsis reveals a role of the nitrate transporter NRT1.1 in the regulation of another nitrate transporter, NRT2.1.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024380
The Arabidopsis NRT1.1 transporter participates in the signaling pathway triggering root colonization of nitrate-rich patches.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0605275103
A genetic screen for nitrate regulatory mutants captures the nitrate transporter gene NRT1.1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.140434
Nitrate-regulated auxin transport by NRT1.1 defines a mechanism for nutrient sensing in plants.2010 · DOI: 10.1016/j.devcel.2010.05.008
The herbicide sensitivity gene CHL1 of Arabidopsis encodes a nitrate-inducible nitrate transporter.1993 · DOI: 10.1016/0092-8674(93)90399-b
The Arabidopsis CHL1 protein plays a major role in high-affinity nitrate uptake.1998 · DOI: 10.1073/pnas.95.25.15134
At3g54140 肽转运蛋白。
AtPTR1, a plasma membrane peptide transporter expressed during seed germination and in vascular tissue of Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02224.x
AtPTR1 and AtPTR5 transport dipeptides in planta.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123844
At1g62200 蛋白质NRT1/PTR家族8.5。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038117 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009635 response to herbicide 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010167 response to nitrate 生物过程
GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程
GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12110
ath:AT2G26690
ath:AT3G21670
ath:AT3G54140
ath:AT5G01180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.782
排名 1 · TkA04G390560 · TK1151
内质网0.081
排名 2 · TkA04G390560 · TK1151
细胞质0.076
排名 3 · TkA04G390560 · TK1151
溶酶体／液泡0.062
排名 4 · TkA04G390560 · TK1151
线粒体0.030
排名 5 · TkA04G390560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00854PTR21-280 aa
PF07690MFS_12-268 aa
PF15420Abhydrolase_9_N2-22 aa
PF09716ETRAMP3-19 aa
PF15420Abhydrolase_9_N125-201 aa
PF13273DUF4064138-153 aa
PF09716ETRAMP147-158 aa
PF05978UNC-93170-218 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G390560PF00854PTR212804.9e-61207.5
TkA04G390560PF07690MFS_122687.5e-0625.8
TkA04G390560PF15420Abhydrolase_9_N2220.1712.6
TkA04G390560PF09716ETRAMP3191.79.4
TkA04G390560PF15420Abhydrolase_9_N1252010.1712.6
TkA04G390560PF13273DUF40641381534.68.2
TkA04G390560PF09716ETRAMP1471581.79.4
TkA04G390560PF05978UNC-931702180.0004220.3
TkA04G390560PF13273DUF40641862074.68.2
TkA04G390560PF05978UNC-932263270.0004220.3
TkA04G390560PF13273DUF40642592664.68.2
TkA04G390560PF15420Abhydrolase_9_N2613360.1712.6
TkA04G390560PF07690MFS_12623257.5e-0625.8
TkA04G390560PF09716ETRAMP2933361.79.4
TkA04G390560PF13273DUF40642993334.68.2
TkA04G390560PF14466PLCC3153490.1912.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LVE0拟南芥sp|Q9LVE0|PTR33_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.462.700%Swiss-Prot高置信
Q9SZY4拟南芥sp|Q9SZY4|PTR27_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.247.700%Swiss-Prot中等置信
Q05085拟南芥sp|Q05085|PTR7_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 6.345.500%Swiss-Prot中等置信
Q9M390拟南芥sp|Q9M390|PTR1_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.139.100%Swiss-Prot中等置信
Q93Z20拟南芥sp|Q93Z20|PTR17_ARATH Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.540.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看