TkA04G377140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G377140

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 95045449-95047691 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1465 bp · TkA04G377140|TK1151|cDNA

CAAACCCTCGCCCTCCAGCCGCTCGTTTCTTCTTCCTGGCGACATCTCAACCAACCCTACCTTCCTCCATCTTTGCGGCTGCTGCGGACCACCATGAACGACCATCATAGCTTCGCAAACCGGCAACCACCTCCTTTATCTCTGGTCGCCGACGACACTTCCAAATCTGTGAGAACTGTTGAGGGTGGAGGTCGGCATTCCCGGCTACACCTCGATTCCCCTACGCGACGACTGGCTGAGCCGGTCTTTGTGCGGCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

546 bp · TkA04G377140|TK1151|CDS

ATGTCTAAAGAACCAACAGACGAACCCTTAACATCCGCAATTCGAAATACTATTAAAAAAACTGTTCAGAACAAGTCTGTGGCTGCAATTCACGATACACCATCACCGTCTATAACACCAGCACTATCTAAAACCACCAAAAAAGTATTTGTTCCTAAAACTGCAACTACAATTCCTGATGTACCAGCAATCTTAACAAAAAATTCACTTAATCAGCAAATCATGTGTTCTCTATCTTATCCTGATAAGAGGAACATCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

181 aa · TkA04G377140|TK1151|PROTEIN

MSKEPTDEPLTSAIRNTIKKTVQNKSVAAIHDTPSPSITPALSKTTKKVFVPKTATTIPDVPAILTKNSLNQQIMCSLSYPDKRNIVARGEIHLSSQRQLIHGVPLQDDCYKVSILEMVQNVKPSNVVKTPEGNEAAVKQVVKSAVKQVVKSAVKQVVKSAVKQVVKSAVKPVNVPVVQPS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G377140`
TK1151 ID	TkA04G377140
OH-1004 ID	LXL04_034503
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.558 / OH-1004 21.452 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G377140`
位置	Chr04:95045449-95047691 (+)
描述	Similar to COP1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_034503` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程 GO:0009637 response to blue light 生物过程 GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程 GO:0009641 shade avoidance 生物过程 GO:0009647 skotomorphogenesis 生物过程 GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程 GO:0009963 positive regulation of flavonoid biosynthetic process 生物过程 GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G53090 ath:AT2G32950 hsa:64326 mmu:26374 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.501

排名 1 · TkA04G377140 · TK1151

细胞核0.407

排名 2 · TkA04G377140 · TK1151

线粒体0.056

排名 3 · TkA04G377140 · TK1151

细胞膜0.049

排名 4 · TkA04G377140 · TK1151

内质网0.037

排名 5 · TkA04G377140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14845Glycohydro_20b26-48 aa

PF12842DUF38198-28 aa

PF18326RFX5_N10-26 aa

PF18659CelTOS10-48 aa

PF11247Phage_T7_5512-25 aa

PF22734NNH212-28 aa

PF05542DUF76020-47 aa

PF26133DUF803970-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G377140	`PF14845`	Glycohydro_20b2	6	48	2.2	9.7
TkA04G377140	`PF12842`	DUF3819	8	28	0.64	10.8
TkA04G377140	`PF18326`	RFX5_N	10	26	0.16	12.5
TkA04G377140	`PF18659`	CelTOS	10	48	0.26	12.5
TkA04G377140	`PF11247`	Phage_T7_55	12	25	0.0062	17.6
TkA04G377140	`PF22734`	NNH2	12	28	0.097	13.1
TkA04G377140	`PF05542`	DUF760	20	47	0.23	12.6
TkA04G377140	`PF26133`	DUF8039	70	145	1.2e-07	32.8
TkA04G377140	`PF05542`	DUF760	116	161	0.23	12.6
TkA04G377140	`PF11247`	Phage_T7_55	131	163	0.0062	17.6
TkA04G377140	`PF14845`	Glycohydro_20b2	133	163	2.2	9.7
TkA04G377140	`PF18659`	CelTOS	136	175	0.26	12.5
TkA04G377140	`PF22734`	NNH2	137	171	0.097	13.1
TkA04G377140	`PF12842`	DUF3819	138	169	0.64	10.8
TkA04G377140	`PF18326`	RFX5_N	145	158	0.16	12.5
TkA04G377140	`PF26133`	DUF8039	153	167	1.2e-07	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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