TkA04G369350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G369350

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 92861079-92862590 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1072 bp · TkA04G369350|TK1151|cDNA

TCCCCCACAAAACTTATTTGATCCCCAATTCCTAATTTCTTGTCGGAACCTTCATCACCGACACCGGTGACTTTTCCCGCTGCCGGACAATTTCAGTTCCTTATTCCATCGCCAAAGTGCAACGAAGTAGAGACTGTATAGTAAGAAACACACACCAGATCTTTCTTGCTACCCTGAACTAACGGAAATGATACAAATTCGAAATATTTTTATGAGAAGCCATTGAAGCTCCCAAGTACATCTGACCAGGTCATTGATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

372 bp · TkA04G369350|TK1151|CDS

ATGGCTGAAAATACGACGACACAGGAACGCGACGAACTCACTGAAGCTCTCAATGATCTATTCACCGATGTTTCCACCATGATTAAAGGCGATCTTCAGGGTACAAACAATGTTCTCAAGTTGCTGGAAAACATGAATTTGAAAGTTGCAGAAGAGTACGAAGGATTTGGTGACGTTGCTTCTGGTTTGAGGGTTTTTGTGGAACGATTAAAGGCCAAAAGTGAGAATTATGATGAGTATGTTCAACAAATTGATGCGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

123 aa · TkA04G369350|TK1151|PROTEIN

MAENTTTQERDELTEALNDLFTDVSTMIKGDLQGTNNVLKLLENMNLKVAEEYEGFGDVASGLRVFVERLKAKSENYDEYVQQIDAIEKQITDLEVVISMLDKYVCLLESKVQSVYQMPASSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G369350`
TK1151 ID	TkA04G369350
OH-1004 ID	LXL04_037980
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 67.213 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G369350

位置 Chr04:92861079-92862590 (+)

描述 Similar to BLOS2: Biogenesis of lysosome-related organelles complex 1 subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49550`	溶酶体相关细胞器生物发生复合物1（BLOC-1）的组分；该复合物经由内体至液泡的细胞内囊泡运输，介导液泡降解性运输。	BLOS1, a putative BLOC-1 subunit, interacts with SNX1 and modulates root growth in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.069732

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007020 microtubule nucleation 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0032418 lysosome localization 生物过程

GO:0032438 melanosome organization 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051036 regulation of endosome size 生物过程

GO:0060155 platelet dense granule organization 生物过程

GO:0062196 regulation of lysosome size 生物过程

GO:0072384 organelle transport along microtubule 生物过程

GO:0000930 gamma-tubulin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G49550

ddi:DDB_G0278387

hsa:282991

mcf:102120191

xtr:493563

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.688

排名 1 · TkA04G369350 · TK1151

细胞核0.333

排名 2 · TkA04G369350 · TK1151

高尔基体0.060

排名 3 · TkA04G369350 · TK1151

溶酶体／液泡0.054

排名 4 · TkA04G369350 · TK1151

细胞膜0.041

排名 5 · TkA04G369350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09321DUF19783-96 aa

PF28159CEP894-103 aa

PF18041MapZ_EC14-42 aa

PF05791Bacillus_HBL4-46 aa

PF06810Phage_scaffold4-52 aa

PF23991DUF73107-24 aa

PF24611Spectrin_Anc-18-46 aa

PF04513Baculo_PEP_C9-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G369350	`PF09321`	DUF1978	3	96	0.076	13.1
TkA04G369350	`PF28159`	CEP89	4	103	0.022	14.0
TkA04G369350	`PF18041`	MapZ_EC1	4	42	0.033	15.2
TkA04G369350	`PF05791`	Bacillus_HBL	4	46	0.084	13.4
TkA04G369350	`PF06810`	Phage_scaffold	4	52	0.34	11.6
TkA04G369350	`PF23991`	DUF7310	7	24	0.0093	17.1
TkA04G369350	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	8	46	0.0048	17.9
TkA04G369350	`PF04513`	Baculo_PEP_C	9	96	0.05	14.4
TkA04G369350	`PF05531`	NPV_P10	11	40	0.13	13.5
TkA04G369350	`PF10046`	BLOC1_2	19	112	1.8e-27	96.2
TkA04G369350	`PF05791`	Bacillus_HBL	26	87	0.084	13.4
TkA04G369350	`PF00261`	Tropomyosin	29	98	0.055	13.6
TkA04G369350	`PF25926`	DUF7971	42	86	0.12	13.3
TkA04G369350	`PF02284`	COX5A	58	97	0.11	13.3
TkA04G369350	`PF06810`	Phage_scaffold	61	96	0.34	11.6
TkA04G369350	`PF18041`	MapZ_EC1	63	97	0.033	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K657`	拟南芥	sp\|F4K657\|BL1S2_ARATH Biogenesis of lysosome-related organelles complex 1 subunit 2	62.500%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情