TkA04G367870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G367870

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 92479988-92482214 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1701 bp · TkA04G367870|TK1151|cDNA

TTATTAAATTAGCGAAAGTATCTCATACTGTAAGAATATATGAAAGTAATGGTGACCGGGATAGCCGTGGAGTAAAAATCCCATGGCCCGAAGCTGAATCGATTCCCAGAGAGAAGGGCAGAAAGAAGATAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAGAGATAGAGAGAGAGATGGGAGAGGAAGATGGGCCAGGGCTATTCCATCACAAGAAACAAACACTAATCGATGAAATCTCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · TkA04G367870|TK1151|CDS

ATGGGAGAGGAAGATGGGCCAGGGCTATTCCATCACAAGAAACAAACACTAATCGATGAAATCTCCGGTAAGATCATCAACGGTGATCTCCTCACCAAGATTCAGGCCGCAAGGGAGATTCGGAGCATGATTCGCAATAGAATTTCCTCCGACAAGATTCGTACTAAGCTCGCTGCTGCTGGCGTTATTCAGCCTCTTGTTCTCATGCTCTACTCCAGAAACCACGATGCTCGCGAAGTTTCCTTACTTGCACTTCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · TkA04G367870|TK1151|PROTEIN

MGEEDGPGLFHHKKQTLIDEISGKIINGDLLTKIQAAREIRSMIRNRISSDKIRTKLAAAGVIQPLVLMLYSRNHDAREVSLLALLNLASRNERNKEQIVTCGGIPPLVDLLKFQNTNTLRELATAAILTLSTASPNKKTIIDSGVIPLLIQILSCGTVQGRVDSVTALHNLLTSQQQQQPPLIPDSKAIPPLINLLKECKKSSKFAEKTTSLIQIISQSEEGKSAISNTQDAILTLVETIEDGSLISTEHAVTVLLELV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G367870`
TK1151 ID	TkA04G367870
OH-1004 ID	LXL04_037956
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 87.321 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G367870`
位置	Chr04:92479988-92482214 (+)
描述	Similar to PUB3: U-box domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037956` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程 GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009877 nodulation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程 GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G23030 ath:AT1G24330 ath:AT3G46510 ath:AT3G54790 mtr:11430446 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.554

排名 1 · TkA04G367870 · TK1151

细胞核0.386

排名 2 · TkA04G367870 · TK1151

细胞膜0.162

排名 3 · TkA04G367870 · TK1151

内质网0.050

排名 4 · TkA04G367870 · TK1151

溶酶体／液泡0.043

排名 5 · TkA04G367870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25598ARM_PUB23-135 aa

PF24768ARM_ARMC542-129 aa

PF22964ZER1-like_2nd48-165 aa

PF30699ARM_GAC_249-158 aa

PF05804KAP55-188 aa

PF00514Arm57-90 aa

PF09759Atx10homo_assoc85-142 aa

PF00514Arm92-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G367870	`PF25598`	ARM_PUB	23	135	2.2e-17	64.2
TkA04G367870	`PF24768`	ARM_ARMC5	42	129	1.3e-14	55.1
TkA04G367870	`PF22964`	ZER1-like_2nd	48	165	0.0001	21.8
TkA04G367870	`PF30699`	ARM_GAC_2	49	158	0.0076	15.3
TkA04G367870	`PF05804`	KAP	55	188	0.023	13.6
TkA04G367870	`PF00514`	Arm	57	90	7.5e-29	99.5
TkA04G367870	`PF09759`	Atx10homo_assoc	85	142	0.023	15.3
TkA04G367870	`PF00514`	Arm	92	126	7.5e-29	99.5
TkA04G367870	`PF12939`	DUF3837	95	138	0.12	13.6
TkA04G367870	`PF04826`	Arm_2	108	180	0.073	13.3
TkA04G367870	`PF24768`	ARM_ARMC5	131	306	1.3e-14	55.1
TkA04G367870	`PF00514`	Arm	135	173	7.5e-29	99.5
TkA04G367870	`PF25598`	ARM_PUB	145	310	2.2e-17	64.2
TkA04G367870	`PF12939`	DUF3837	162	215	0.12	13.6
TkA04G367870	`PF09759`	Atx10homo_assoc	165	180	0.023	15.3
TkA04G367870	`PF22964`	ZER1-like_2nd	166	217	0.0001	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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