TkA04G365530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G365530

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 91872829-91878570 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2723 bp · TkA04G365530|TK1151|cDNA

TTTAGCATAACTTGAACTGAATCGCTCATCTGAGACATAGCCCAGACTCGATAGCAGCAATACTCACCCTCCTTCCCTCTCTAGATTCTCTCTCTACCCCGAAAATCAGTCCCACACTCGTTAACCCTCACAATTAGAAATAATATTTACAGATTCAGGTGTTGGAATTCTAGGTTTGAATCGCTTAATTTGTTGTTCGTGACGCAGATGTGATTGTTTCAACGGTGGAGGGATAAGAAGGTTAGGGTTTTTATATCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2259 bp · TkA04G365530|TK1151|CDS

ATGGACTCGTCATCAGTGACTCCGGCAAACAACAACAGTAGGGTGGATGCATCGTTAGTGTCTGACACCGACTTGATTTCTGTTACTCAAACGCTAGCGAAGGAGGCGTATGTGCTTTTTCAGTTGGGGAAGTATGTTGAATGCCTGAAGGTCTTGAATCAGATCTTGGAAAAGAAAGCCGATGATCCGAAGGTTCTTCATAACATGGCTATAGTGGAGAACTTTCAAGATGGATTTTCAAATCCAAAGAGATTCTTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

752 aa · TkA04G365530|TK1151|PROTEIN

MDSSSVTPANNNSRVDASLVSDTDLISVTQTLAKEAYVLFQLGKYVECLKVLNQILEKKADDPKVLHNMAIVENFQDGFSNPKRFLEALDNLKKRSEKLAHSSGENAEALNNRIKAVGNKGNNAVSADYFDVSVIMFNISVILYHLHEYEKSFSILERLYQNIEPIDERVARHVCLLLLDVSLVCHHASRAADVINYLERVGGNSLGSQGDSGTFIQQPNLVTKSTSAPTNVLISSDLDNTNNNGPESPLSRTLSEETLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G365530`
TK1151 ID	TkA04G365530
OH-1004 ID	LXL04_002731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G365530`
位置	Chr04:91872829-91878570 (+)
描述	Similar to Cnot10: CCR4-NOT transcription complex subunit 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002731` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程 GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0030014 CCR4-NOT complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:540938 gga:420669 hsa:25904 mmu:78893 rno:316034 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.425

排名 1 · TkA04G365530 · TK1151

细胞核0.363

排名 2 · TkA04G365530 · TK1151

高尔基体0.143

排名 3 · TkA04G365530 · TK1151

溶酶体／液泡0.092

排名 4 · TkA04G365530 · TK1151

细胞膜0.075

排名 5 · TkA04G365530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17004SRP_TPR_like29-60 aa

PF04733Coatomer_E29-91 aa

PF28749YPL108W_C30-96 aa

PF27626CNOT10_TPR31-58 aa

PF07719TPR_233-58 aa

PF31234TPR_Psidin_N33-72 aa

PF13181TPR_834-57 aa

PF13424TPR_1235-57 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G365530	`PF17004`	SRP_TPR_like	29	60	0.00049	20.9
TkA04G365530	`PF04733`	Coatomer_E	29	91	0.0033	17.6
TkA04G365530	`PF28749`	YPL108W_C	30	96	0.012	16.2
TkA04G365530	`PF27626`	CNOT10_TPR	31	58	1.7e-56	191.3
TkA04G365530	`PF07719`	TPR_2	33	58	1.2e-13	50.7
TkA04G365530	`PF31234`	TPR_Psidin_N	33	72	0.062	13.5
TkA04G365530	`PF13181`	TPR_8	34	57	0.0014	19.3
TkA04G365530	`PF13424`	TPR_12	35	57	2.3e-13	50.8
TkA04G365530	`PF13428`	TPR_14	35	71	4e-07	30.8
TkA04G365530	`PF07721`	TPR_4	35	51	0.0047	18.1
TkA04G365530	`PF22860`	DUF7017	35	72	0.16	12.7
TkA04G365530	`PF00515`	TPR_1	36	57	2.4e-11	43.6
TkA04G365530	`PF14559`	TPR_19	36	65	8.2e-07	30.0
TkA04G365530	`PF13431`	TPR_17	36	49	0.00014	22.5
TkA04G365530	`PF13174`	TPR_6	36	58	0.027	15.8
TkA04G365530	`PF12895`	ANAPC3	36	55	0.056	14.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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